La ciudad fue fundada en el siglo XIII por colonos eslavos procedentes de Rügen.
Durante los años siguientes llegaron comerciantes alemanes y la ciudad comenzó a prosperar.
Esto molestó a la poderosa ciudad de Lübeck, la cual incendió Stralsund en 1249.
Tras la guerra, la Paz de Westfalia (1648) convirtió Pomerania Occidental en la Pomerania Sueca y la ciudad permaneció bajo dominio sueco hasta 1807, perdida tras el asedio de tropas napoleónicas.
Sin embargo, la ciudad destaca por ser una de las que mejor ha sabido adaptarse a la Nueva Economía aprovechando las constantes subvenciones del gobierno federal y de la Unión Europea (UE).