El frágil gobierno de Son Sann debió enfrentarse insurgencias y revueltas menores incitadas por los Jemeres Rojos, hasta que el 17 de enero de 1968, los guerrilleros comunistas lanzaron su primera ofensiva a gran escala (luego de que la primera insurrección de marzo de 1967 fracasara), dando inicio formal a la guerra civil camboyana, que a su término en 1975 llevaría al establecimiento la dictadura totalitaria de Pol Pot.
Ante su incapacidad para controlar a la guerrilla, Son Sann fue reemplazado por Penn Nouth el 31 de enero.
Debió exiliarse del país en 1970 tras el golpe palaciego de Lon Nol, por lo que no estaba en el país al momento de la victoria de los Jemeres Rojos, ni cuando estos fueron derrocados en 1979.
Tras la caída del segundo régimen socialista, en 1992,[1] Son Sann fundó el Partido Liberal Democrático Budista, con el que participó en las primeras elecciones libres del país en 1993.
Quedó en tercer lugar con 10 escaños, pero formó parte del gobierno de coalición posterior, ocupando el cargo de Presidente de la Asamblea Nacional.