De niño se trasladó a Argentina viviendo allí entre los 7 y los 18 años.
Ese mismo año debutó en la primera división Carlos Alberto Aguilera, bajo la conducción de Markarián.
[11] En Paraguay, logró siete campeonatos a nivel nacional, tres subcampeonatos, fue semifinalista de la Copa Libertadores de América con Olimpia y disputó tres veces los cuartos del final del torneo continental con tres clubes diferentes (Sol de América, Cerro Porteño y Club Libertad).
Aquella plantilla del Panathinaikos contaba con algunos futbolistas de la selección griega que posteriormente resultó campeona de la Eurocopa 2004 (Georgios Seitaridis, Angelos Basinas, Konstantinos Chalkias, Yannis Goumas, Dimitrios Papadopoulos).
[21] Entre los años 2007 y 2008 estuvo al frente del Cruz Azul de México, llegando a la final de la Liga Mexicana, instancia a cuál hacía nueve años que la institución no accedía.
Con Cruz Azul fue tres veces finalista (Liguilla, Liga, y Copa Panamericana).
Ganó la Copa Panamericana 2007, jugando la final del torneo contra Boca Juniors de Argentina.
[24] Consumada la eliminación, Markarián confirmó que dejaría la selección después del último partido ante Bolivia,[25] arrojando un balance estadístico de 45 partidos dirigidos, 17 victorias, 14 empates y 14 derrotas (48,14 % de rendimiento).