La Segunda Etapa de la Copa Santander Libertadores 2010 fue una fase de grupos. Se disputó del 9 de febrero al 22 de abril.
A esta ronda se clasificaron directamente veintiséis equipos, más seis que avanzaron desde la Primera Etapa . Esto eleva el número total de equipos en la Segunda Etapa a 32. Los equipos se dividieron en ocho grupos de cuatro. Los equipos de cada grupo jugarán entre sí en un formato de doble todos contra todos , jugando contra los otros equipos del grupo una vez en casa y otra fuera. Los equipos recibirán 3 puntos por victoria, 1 punto por empate y 0 puntos por derrota. Para desempatar a puntos se utilizarán los siguientes criterios:
El mejor equipo de cada grupo avanza a los octavos de final, acompañado de los 6 mejores segundos.