PubMed Central ( PMC ) es un repositorio digital gratuito que archiva artículos académicos de texto completo de acceso abierto que se han publicado en revistas biomédicas y de ciencias biológicas . Como una de las principales bases de datos de investigación desarrolladas por el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), PubMed Central es más que un repositorio de documentos. Los envíos a PMC se indexan y formatean para mejorar los metadatos , la ontología médica y los identificadores únicos que enriquecen los datos estructurados en XML de cada artículo. [1] El contenido dentro de PMC se puede vincular a otras bases de datos del NCBI y se puede acceder a él a través de los sistemas de búsqueda y recuperación de Entrez , lo que mejora aún más la capacidad del público para descubrir, leer y desarrollar su conocimiento biomédico. [2]
PubMed Central es distinto de PubMed . [3] PubMed Central es un archivo digital gratuito de artículos completos, accesible para cualquier persona desde cualquier lugar a través de un navegador web (con distintas disposiciones para su reutilización). Por el contrario, aunque PubMed es una base de datos de citas y resúmenes biomédicos en la que se pueden realizar búsquedas, el artículo de texto completo se encuentra en otro lugar (en forma impresa o en línea, gratis o detrás de un muro de pago para suscriptores ).
En diciembre de 2018 [actualizar], el archivo de PMC contenía más de 5,2 millones de artículos, [4] con contribuciones provenientes de editores o autores que depositaron sus manuscritos en el repositorio según la Política de acceso público de los NIH . Datos anteriores muestran que desde enero de 2013 hasta enero de 2014, los depósitos iniciados por los autores superaron los 103 000 artículos durante un período de 12 meses. [5] PMC identifica alrededor de 4000 revistas que participan de alguna manera para depositar su contenido publicado en el repositorio de PMC. [6] Algunos editores retrasan la publicación de sus artículos en PubMed Central durante un tiempo determinado después de la publicación, conocido como "período de embargo", que varía de unos meses a unos años según la revista. (Los embargos de seis a doce meses son los más comunes). PubMed Central es un ejemplo clave de "distribución externa sistemática por parte de un tercero", [7] que todavía está prohibida por los acuerdos de contribución de muchos editores.
PubMed Central comenzó como E-biomed , inicialmente propuesto en mayo de 1999 por el entonces director del NIH Harold Varmus . [8] La idea se le ocurrió "abruptamente" en diciembre de 1998, inspirada por el uso temprano de arXiv para preprints después de una presentación de Pat Brown de Stanford y David Lipman , director de NCBI : [9] [10]
Pero mis puntos de vista se ampliaron abruptamente una mañana de diciembre de 1998, cuando me encontré con Pat Brown para tomar un café en el café que antes era la famosa Tassajara Bakery, en la esquina de Cole y Parnassus, durante una visita a San Francisco. [...] Unas semanas antes de nuestro café, Pat había aprendido acerca de los métodos que utilizaban el físico Paul Ginsparg y sus colegas en Los Alamos para permitir que los físicos y matemáticos compartieran su trabajo entre sí a través de Internet. Estaban publicando "preprints" (artículos que aún no habían sido enviados o aceptados para su publicación) en un sitio web de acceso público (llamado LanX o arXiv) para que cualquiera pudiera leerlos y criticarlos. [...] Cuanto más pensaba en esto, más me convencía de que una reestructuración radical de los métodos para publicar, transmitir, almacenar y utilizar los informes de investigación biomédica podría ser posible y beneficiosa. Con un espíritu de entusiasmo e inocencia política, escribí un extenso manifiesto, proponiendo la creación de un sistema en línea apoyado por el NIH, llamado E-biomed.
El objetivo de E-biomed era proporcionar acceso gratuito a toda la investigación biomédica. Los artículos enviados a E-biomed podían tomar una de dos rutas: publicarse inmediatamente como preimpresión o a través de un proceso tradicional de revisión por pares . El proceso de revisión por pares debía parecerse a las revistas contemporáneas superpuestas , con un consejo editorial externo que conservaba el control sobre el proceso de revisión, curaduría y listado de artículos que de otro modo serían de libre acceso en el servidor central de E-biomed. Varmus pretendía hacer realidad las nuevas posibilidades que presentaba la comunicación de resultados científicos de forma digital, imaginando una conversación continua sobre el trabajo publicado, documentos versionados y formatos enriquecidos "en capas" que permitieran múltiples niveles de detalle. [8]
La propuesta de crear un índice central de la investigación biomédica fue un cambio radical con respecto a las normas de publicación vigentes. Antes de Internet, los índices de publicaciones funcionaban en gran medida como los ISBN : los organismos de registro los asignaban a los editores secundarios. La idea de que cualquiera pudiera poseer su propio espacio de direcciones a través de un nombre de dominio y crear su propio sistema de indexación era una idea completamente nueva. [11] [12] Los principales editores comerciales habían comenzado a experimentar con un sistema de indexación para artículos científicos compartido entre editores ya en 1993, y se vieron impulsados a actuar tras la propuesta de E-biomed. En la Conferencia Anual de Frankfurt de la STM de octubre de 1999 , varios editores encabezados por Springer-Verlag llegaron a un apresurado consenso en la sala de conferencias para lanzar su prototipo competidor: [13]
En la reunión de la Junta Directiva de la asociación STM, celebrada la tarde del lunes 11 de octubre, antes de la inauguración de la feria el miércoles, el debate se centró en una iniciativa emergente de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos (NLM) llamada E-Biomed (posteriormente PubMed Central) que había sido propuesta por Harold Varmus de los Institutos Nacionales de Salud en la primavera de 1999. Varmus imaginaba un archivo digital de revistas, accesible de forma gratuita y con el valor añadido de la vinculación de referencias. "Nuestro consenso fue que los editores deberían ser los que hicieran la vinculación", dijo Bob Campbell, que presidió la reunión. "Como estábamos 'más arriba en la cadena', por así decirlo, deberíamos poder vincular nuestros artículos antes que la NLM como parte del proceso de producción de los mismos. Stefan von Holtzbrinck dio entonces el puntapié inicial al ofrecer vincular las publicaciones de Nature con las de cualquier otro. Decidimos emitir un anuncio de una amplia iniciativa de vinculación de referencias STM. Por supuesto, fue sólo una medida estratégica, ya que no teníamos ni un plan ni un prototipo".
Un pequeño grupo dirigido por Arnoud de Kemp, de Springer-Verlag, se reunió en una sala adyacente inmediatamente después de la reunión de la Junta Directiva para redactar el anuncio, que se distribuyó a todos los asistentes a la reunión anual de la STM al día siguiente y se publicó en una publicación para miembros de la STM. [...] El beneficio potencial del servicio que se convertiría en CrossRef fue evidente de inmediato. Organizaciones como AIP e IOP (Institute of Physics) habían comenzado a vincularse con las publicaciones de cada una de ellas, y la imposibilidad de replicar tales acuerdos únicos en toda la industria era obvia. Como Tim Ingoldsby dijo más tarde: "Todos esos acuerdos de vinculación nos iban a matar".
Bajo la presión de un fuerte lobby de editoriales comerciales y sociedades científicas que temían pérdidas de beneficios, [14] los funcionarios del NIH anunciaron una propuesta revisada de PubMed Central en agosto de 1999. [9] PMC recibiría presentaciones de editoriales, en lugar de autores como en E-biomed. Las publicaciones podían pagar con un límite de tiempo de hasta un año. PMC sólo permitiría trabajos revisados por pares, no preprints. [15] El sistema de enlaces dirigido por editoriales, que entonces no tenía nombre, poco después se convirtió en CrossRef y en el sistema DOI más amplio . Varmus, Brown y otros, incluido Michael Eisen, fundaron la Biblioteca Pública de Ciencias ( PLoS ) en 2001, y llegaron a la conclusión de que "si realmente queremos cambiar la publicación de la investigación científica, debemos hacer la publicación nosotros mismos". [16]
Lanzado en febrero de 2000, el repositorio ha crecido rápidamente a medida que la Política de Acceso Público del NIH está diseñada para hacer que toda la investigación financiada por los Institutos Nacionales de Salud (NIH) sea de libre acceso para cualquier persona y, además, muchos editores están trabajando en cooperación con el NIH para proporcionar acceso gratuito a sus trabajos. [ cita requerida ] A fines de 2007, se promulgó la Ley de Asignaciones Consolidadas de 2008 (HR 2764) e incluyó una disposición que requiere que el NIH modifique sus políticas y requiera la inclusión en PubMed Central de copias electrónicas completas de su investigación revisada por pares y los hallazgos de la investigación financiada por el NIH. Estos artículos deben incluirse dentro de los 12 meses posteriores a la publicación. Esta es la primera vez que el gobierno de los EE. UU. ha requerido que una agencia proporcione acceso abierto a la investigación y es una evolución de la política de 2005, en la que el NIH pidió a los investigadores que agregaran voluntariamente su investigación a PubMed Central. [17]
El Wellcome Trust y la Biblioteca Británica han desarrollado una versión británica del sistema PubMed Central, UK PubMed Central (UKPMC) , como parte de un grupo de nueve entidades de financiación de la investigación del Reino Unido. Este sistema se puso en marcha en enero de 2007. El 1 de noviembre de 2012, se convirtió en Europe PubMed Central . El miembro canadiense de la red PubMed Central International, PubMed Central Canada , se puso en marcha en octubre de 2009.
El lenguaje de marcado de artículos de revistas "NLM Journal Publishing Tag Set" de la Biblioteca Nacional de Medicina está disponible de forma gratuita. [18] La Asociación de Editores de Sociedades Científicas y Profesionales comenta que "es probable que se convierta en el estándar para preparar contenido académico tanto para libros como para revistas". [19] Hay disponible una DTD relacionada para libros. [20] La Biblioteca del Congreso y la Biblioteca Británica han anunciado su apoyo a la DTD de la NLM. [21] También ha sido popular entre los proveedores de servicios de revistas. [22]
Con la publicación de los planes de acceso público para muchas agencias más allá del NIH, PMC está en proceso de convertirse en el repositorio de una variedad más amplia de artículos. [23] Esto incluye contenido de la NASA, con la interfaz denominada "PubSpace". [24] [25]
Los artículos se envían a PubMed Central por parte de los editores en formato XML o SGML , utilizando una variedad de DTD de artículos . Los editores más antiguos y más grandes pueden tener sus propios DTD internos establecidos, pero muchos editores utilizan el DTD de publicación en revistas de NLM (consulte más arriba).
Los artículos recibidos se convierten mediante XSLT al formato DTD de archivo e intercambio de NLM, que es muy similar. Este proceso puede revelar errores que se informan al editor para su corrección. Los gráficos también se convierten a formatos y tamaños estándar. Los formatos originales y convertidos se archivan. El formato convertido se traslada a una base de datos relacional, junto con los archivos asociados para gráficos, multimedia u otros datos asociados. Muchos editores también proporcionan archivos PDF de sus artículos, que se ponen a disposición sin cambios. [26]
Las citas bibliográficas se analizan y vinculan automáticamente a los resúmenes pertinentes en PubMed, a los artículos en PubMed Central y a los recursos en los sitios web de los editores. Los enlaces de PubMed también conducen a PubMed Central. Las referencias irresolubles, como las de revistas o artículos particulares que aún no están disponibles en una de estas fuentes, se rastrean en la base de datos y se activan automáticamente cuando los recursos están disponibles.
Un sistema de indexación interno proporciona capacidad de búsqueda y tiene en cuenta la terminología biológica y médica , como nombres de medicamentos genéricos y patentados , y nombres alternativos para organismos, enfermedades y partes anatómicas.
Cuando un usuario accede a un número de una revista, se genera automáticamente una tabla de contenidos recuperando todos los artículos, cartas, editoriales, etc. de ese número. Cuando se llega a un elemento concreto, como un artículo, PubMed Central convierte el marcado NLM a HTML para su entrega y proporciona enlaces a objetos de datos relacionados. Esto es posible porque la variedad de datos entrantes se ha convertido primero a formatos DTD y gráficos estándar.
En un flujo de envío independiente, los autores financiados por el NIH pueden depositar artículos en PubMed Central mediante el sistema de envío de manuscritos del NIH (NIHMS). Los artículos enviados de esta manera suelen pasar por un marcado XML para convertirse a formato DTD de NLM.
Las reacciones a PubMed Central entre la comunidad editorial académica varían entre un entusiasmo genuino por parte de algunos [27] y una preocupación cautelosa por parte de otros. [28]
Si bien PMC es un socio bienvenido para los editores de acceso abierto en su capacidad de aumentar el descubrimiento y la difusión del conocimiento biomédico, esa misma verdad hace que otros se preocupen por el tráfico que se desvía de la versión publicada del registro , las consecuencias económicas de una menor cantidad de lectores, así como el efecto en el mantenimiento de una comunidad de académicos dentro de las sociedades científicas. [29] [30] Un análisis de 2013 encontró evidencia sólida de que los repositorios públicos de artículos publicados eran responsables de "atraer a un número significativo de lectores de los sitios web de las revistas" y que "el efecto de PMC está creciendo con el tiempo". [30]
Las bibliotecas, universidades, defensores del acceso abierto, grupos de defensa de la salud de los consumidores y organizaciones de derechos de los pacientes han aplaudido a PubMed Central y esperan ver repositorios de acceso público similares desarrollados por otras agencias de financiación federal para compartir libremente cualquier publicación de investigación que sea el resultado del apoyo de los contribuyentes. [31]
El estudio de Antelman sobre publicaciones de acceso abierto concluyó que en filosofía, ciencias políticas, ingeniería eléctrica y electrónica y matemáticas, los artículos de acceso abierto tenían un mayor impacto en la investigación. [32] Un ensayo aleatorio encontró un aumento en las descargas de contenido de artículos de acceso abierto, sin ninguna ventaja de citación sobre el acceso por suscripción un año después de la publicación. [33]
La política del NIH y el trabajo sobre repositorios de acceso abierto han inspirado una directiva presidencial de 2013 que también ha provocado acciones en otras agencias federales.
En marzo de 2020, PubMed Central aceleró sus procedimientos de depósito del texto completo de las publicaciones sobre el coronavirus . La NLM lo hizo a pedido de la Oficina de Política Científica y Tecnológica de la Casa Blanca y científicos internacionales para mejorar el acceso para científicos, proveedores de atención médica, innovadores en minería de datos , investigadores de inteligencia artificial en el cuidado de la salud y el público en general. [34]
El PMCID ( identificador de PubMed Central ), también conocido como número de referencia PMC, es un identificador bibliográfico de la base de datos de acceso abierto PubMed Central, de forma similar a como el PMID es el identificador bibliográfico de la base de datos PubMed . Sin embargo, los dos identificadores son distintos. Consiste en "PMC" seguido de una cadena de números. El formato es: [35]
Los autores que soliciten premios del NIH deben incluir el PMCID en su solicitud.
Para apoyar esta iniciativa, la NLM está adaptando sus procedimientos estándar para depositar artículos en PMC para brindar una mayor flexibilidad que garantice que la investigación sobre el coronavirus esté fácilmente disponible.
Identificación de publicación de PMC (P932) (ver usos )