[2] Finalmente, se retiró en 2009, siendo jugador del Red Bull Salzburg.
A nivel internacional, Kovač jugó para Croacia en cinco partidos de clasificación para la Copa del Mundo 2002 y marcó un gol en la victoria de Croacia 4-0 contra San Marino.
En el torneo final, apareció como jugador titular en los tres partidos de grupo antes de que Croacia fuera eliminada del torneo con un tercer lugar en su grupo.
Sin embargo, Croacia perdió el partido 4-2 y una vez más fue eliminada del torneo como la tercera nación en su grupo.
Kovač anotó el gol que puso a Croacia 2-1 en el juego final del grupo contra Australia.
Con los azules juego un total de 14 partidos y marco solo un gol contra en UE Prat.
Sus excelentes actuaciones ante Alemania y Turquía finalmente no fueron recompensadas en lo que podría ser su último gran torneo.
Contra Alemania, no tenía paralelo, produciendo un juego en la pantalla junto a Luka Modrić, mientras que contra Turquía, redujo a sus oponentes a tiros de bote desde la distancia, ya que rara vez rompieron la protección de los cuatro corredores.
[7] Dirigió al equipo alemán en las 9 últimas jornadas de la Bundesliga, logrando evitar el descenso directo y jugándose la permanencia en el "play-off" de ascenso y descenso,[8] saliendo vencedor del duelo contra el Núremberg.
[9] El 8 de diciembre, tras completar un gran arranque de temporada en el que situó al Eintracht Fráncfort en la lucha por las primeras posiciones, renovó su contrato con el club hasta 2019.