En 1976 ingresó en el sistema juvenil del Dinamo Dresde, donde se formó como futbolista, y en 1985 debutó a nivel profesional.
En total disputó 74 partidos, 54 de ellos con la «Mannschaft», y estuvo en el plantel que ganó la Eurocopa 1996.
Sin embargo, la llegada al banquillo de Eduard Geyer en 1986 provocó un cambio en su demarcación.
Para que los arietes Ulf Kirsten y Torsten Gütschow pudiesen jugar juntos, decidió retrasar su posición al centro del campo.
La nueva táctica resultó exitosa, pues mantuvo los mismos registros goleadores y se hizo con un puesto en el combinado nacional.
Su entrenador Christoph Daum le ubicó en el mediocentro para que participase en labores ofensivas, y cuajó un buen debut con 11 goles en 30 partidos.
Aunque asumió la titularidad en los primeros partidos, una lesión le apartó del once inicial.
Además, formó parte de la selección germana que ganó la Eurocopa 1996 ante República Checa.
Fue sometido a cinco operaciones quirúrgicas para intentar curarse, pero sufrió diversas infecciones y solo pudo jugar tres partidos de liga en la campaña 1997-98.
Dos años después formó parte del seleccionado que asistió a la Eurocopa 1992, perdida en la final contra Dinamarca.
Su actuación fue determinante no solo la victoria continental, sino para recibir el Balón de Oro a finales del año.
A pesar de que el seleccionador Berti Vogts tenía confianza ciega en su labor, Sammer renunció por molestias físicas.
A continuación regresó al VfB Stuttgart con el objetivo de clasificar para las competiciones europeas.
Durante las seis temporadas que permaneció allí trabajó junto al seleccionador nacional Joachim Löw.