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Riboswitch

Una representación 3D del riboswitch de lisina

En biología molecular , un riboswitch es un segmento regulador de una molécula de ARN mensajero que se une a una molécula pequeña , lo que resulta en un cambio en la producción de las proteínas codificadas por el ARNm. [1] [2] [3] [4] Por lo tanto, un ARNm que contiene un riboswitch está directamente involucrado en la regulación de su propia actividad, en respuesta a las concentraciones de su molécula efectora . El descubrimiento de que los organismos modernos usan ARN para unirse a moléculas pequeñas y discriminar análogos estrechamente relacionados, amplió las capacidades naturales conocidas del ARN más allá de su capacidad para codificar proteínas , catalizar reacciones o unirse a otras macromoléculas de ARN o proteínas .

La definición original del término "riboswitch" especificaba que detectan directamente las concentraciones de metabolitos de moléculas pequeñas . [5] Aunque esta definición sigue siendo de uso común, algunos biólogos han utilizado una definición más amplia que incluye otros ARN reguladores cis . Sin embargo, este artículo analizará únicamente los riboswitches que se unen a metabolitos.

La mayoría de los riboswitches conocidos se encuentran en bacterias , pero se han descubierto riboswitches funcionales de un tipo (el riboswitch TPP ) en arqueas, plantas y ciertos hongos . También se ha predicho la presencia de riboswitches TPP en arqueas , [6] pero no se han probado experimentalmente.

Historia y descubrimiento

Antes del descubrimiento de los riboswitches, el mecanismo por el cual se regulaban algunos genes involucrados en múltiples vías metabólicas seguía siendo un misterio. La acumulación de evidencia sugería cada vez más la idea, entonces sin precedentes, de que los ARNm involucrados podrían unirse a metabolitos directamente, para afectar su propia regulación. Estos datos incluían estructuras secundarias de ARN conservadas que a menudo se encuentran en las regiones no traducidas ( UTR ) de los genes relevantes y el éxito de los procedimientos para crear ARN artificiales de unión a moléculas pequeñas llamados aptámeros . [7] [8] [9] [10] [11] En 2002, se publicaron las primeras pruebas integrales de múltiples clases de riboswitches, incluidos ensayos de unión sin proteínas, y los riboswitches de unión a metabolitos se establecieron como un nuevo mecanismo de regulación genética. [5] [12] [13] [14]

Muchos de los primeros riboswitches que se descubrieron correspondían a "motivos" (patrones) de secuencias conservadas en los UTR 5' que parecían corresponder a un ARN estructurado. Por ejemplo, el análisis comparativo de las regiones anteriores de varios genes que se esperaba que estuvieran co-regulados condujo a la descripción de la caja S [15] (ahora el riboswitch SAM-I), la caja THI [9] (una región dentro del riboswitch TPP), el elemento RFN [8] (ahora el riboswitch FMN) y la caja B 12 [16] (una parte del riboswitch de cobalamina), y en algunos casos demostraciones experimentales de que estaban involucrados en la regulación genética a través de un mecanismo desconocido. La bioinformática ha desempeñado un papel en los descubrimientos más recientes, con una creciente automatización de la estrategia básica de genómica comparativa . Barrick et al. (2004) [17] utilizaron BLAST para encontrar UTR homólogos a todos los UTR en Bacillus subtilis . Algunos de estos conjuntos homólogos se inspeccionaron para detectar una estructura conservada, lo que dio como resultado 10 motivos similares al ARN. Tres de estos se confirmaron experimentalmente más tarde como los riboswitches glmS, glicina y PreQ1-I (ver a continuación). Los esfuerzos posteriores de genómica comparativa que utilizan taxones adicionales de bacterias y algoritmos informáticos mejorados han identificado más riboswitches que se confirman experimentalmente, así como estructuras de ARN conservadas que se plantea la hipótesis de que funcionan como riboswitches. [18] [19] [20]

Mecanismos

Los riboswitches suelen dividirse conceptualmente en dos partes: un aptámero y una plataforma de expresión. El aptámero se une directamente a la molécula pequeña y la plataforma de expresión sufre cambios estructurales en respuesta a los cambios en el aptámero. La plataforma de expresión es lo que regula la expresión génica.

Las plataformas de expresión suelen desactivar la expresión génica en respuesta a la molécula pequeña, pero algunas la activan. Se han demostrado experimentalmente los siguientes mecanismos de riboswitch.

Tipos

Estructura secundaria de un riboswitch de purina de Bacillus subtilis

La siguiente es una lista de riboswitches validados experimentalmente, organizados por ligando.

Riboconmutadores presuntos:

Se han identificado riboswitches candidatos a unirse a metabolitos utilizando bioinformática, y tienen estructuras secundarias moderadamente complejas y varias posiciones de nucleótidos altamente conservadas , ya que estas características son típicas de los riboswitches que deben unirse específicamente a una molécula pequeña. Los candidatos a riboswitches también se ubican consistentemente en los 5' UTR de los genes codificadores de proteínas, y estos genes son indicativos de la unión de metabolitos, ya que estas también son características de la mayoría de los riboswitches conocidos. Los candidatos a riboswitches hipotéticos altamente consistentes con los criterios anteriores son los siguientes: crcB RNA Motif , manA RNA reason , pfl RNA reason , ydaO/yuaA leader , yjdF RNA reason , ykkC-yxkD leader (y relacionado con el motivo de ARN ykkC-III) y el líder yybP-ykoY . Las funciones de estos riboswitches hipotéticos siguen siendo desconocidas.

Modelos computacionales

Los riboswitches también se han investigado utilizando enfoques in silico. [29] [30] [31] En particular, las soluciones para la predicción de riboswitches se pueden dividir en dos amplias categorías:

La herramienta SwiSpot [39] de alguna manera cubre ambos grupos, ya que utiliza predicciones conformacionales para evaluar la presencia de riboswitches.

La hipótesis del mundo del ARN

Los riboswitches demuestran que el ARN natural puede unirse específicamente a moléculas pequeñas, una capacidad que muchos creían que era el dominio de las proteínas o de los ARN construidos artificialmente llamados aptámeros . Por lo tanto, la existencia de riboswitches en todos los dominios de la vida añade cierto respaldo a la hipótesis del mundo del ARN , que sostiene que la vida existió originalmente utilizando solo ARN, y las proteínas llegaron después; esta hipótesis requiere que todas las funciones críticas realizadas por las proteínas (incluida la unión de moléculas pequeñas) puedan ser realizadas por el ARN. Se ha sugerido que algunos riboswitches podrían representar sistemas reguladores antiguos, o incluso restos de ribozimas del mundo del ARN cuyos dominios de unión se conservan. [13] [18] [40]

Como objetivos de los antibióticos

Los riboswitches podrían ser un objetivo para nuevos antibióticos . De hecho, se ha demostrado que algunos antibióticos cuyo mecanismo de acción se desconocía durante décadas funcionan dirigiéndose a los riboswitches. [41] Por ejemplo, cuando el antibiótico pirithiamina ingresa a la célula, se metaboliza en pirofosfato de piritiamina. Se ha demostrado que el pirofosfato de piritiamina se une y activa el riboswitch TPP, lo que hace que la célula detenga la síntesis e importación de TPP. Debido a que el pirofosfato de piritiamina no sustituye a la TPP como coenzima, la célula muere.

Riboconmutadores diseñados

Dado que los riboswitches son un método eficaz para controlar la expresión genética en organismos naturales, ha habido interés en diseñar riboswitches artificiales [42] [43] [44] para aplicaciones industriales y médicas como la terapia genética . [45] [46]

Véase también

Referencias

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Lectura adicional