Lista de sitios de corte de endonucleasas localizadas

Las endonucleasas homing son un tipo especial de enzimas de restricción codificadas por intrones o inteínas . Actúan sobre el ADN celular de la célula que los sintetiza; concretamente, en el alelo opuesto del gen que los codifica. ^[1]

Endonucleasas dirigidas

La lista incluye algunos de los ejemplos más estudiados. Se han detallado los siguientes conceptos:

• Enzima : Nombre aceptado de la molécula, según la nomenclatura adoptada internacionalmente. Referencias bibliográficas. (Lectura adicional: Endonucleasa dirigida § Nomenclatura ).
• SF ( familia estructural ): Cualquiera de las familias establecidas para este tipo de proteínas, en función de sus motivos estructurales compartidos : H1: familia LAGLIDADG – H2: familia GIY-YIG – H3: familia HNH – H4: familia His-Cys box – H5: PD-(D /E)xK – H6: EDxHD. (Lectura adicional: Endonucleasa dirigida § Familias estructurales ).
• Código PDB : Código utilizado para identificar la estructura de una proteína en la base de datos PDB . Si no hay ninguna estructura disponible, se proporciona en su lugar un identificador UniProt .
• Fuente : Organismo que produce naturalmente la enzima.
• D : Dominio biológico de la fuente: A: archaea – B: bacterias – E: eukarya .
• SCL : Genoma subcelular: cloro: cloroplasto – chrm: cromosómico – mito: mitocondrial – plásmido: otro extracromosómico – fago: bacteriófago .
• Secuencia de reconocimiento : Secuencia de ADN reconocida por la enzima. La enzima está específicamente unida a esta secuencia.
• Corte : Sitio de corte y productos del corte. Tanto la secuencia de reconocimiento como el sitio de corte coinciden normalmente, pero a veces el sitio de corte puede estar a decenas de nucleótidos del sitio de reconocimiento.

* : Endonucleasa de corte : Estas enzimas cortan solo una hebra de ADN, dejando la otra hebra intacta.
** : Sitio de corte desconocido : Los investigadores aún no han podido determinar el sitio de corte exacto de estas enzimas.

Ver también

• Lista de sitios de corte de enzimas de restricción .
• Endonucleasa dirigida .
• Enzima restrictiva .
• Intrones e inteínas .
• "Conflicto intragenómico: genes de endonucleasas localizadas" .
• "Endonucleasa de localización I-CreI" .
• Isosquizómero .
• Artículos detallados sobre determinadas enzimas de restricción: EcoRI , HindIII , BglII .

Fuentes de información

Bases de datos y listas de enzimas de restricción:

• Base de datos muy completa de enzimas de restricción respaldada por New England Biolabs. Incluye todo tipo de información biológica, estructural, cinética y comercial sobre miles de enzimas. También incluye literatura relacionada para cada molécula: Roberts RJ, Vincze T, Posfai J, Macelis D. "REBASE" . Consultado el 7 de enero de 2010 . Base de datos de enzimas de restricción.
• Base de datos de inteínas, alojada en New England Biolabs. PerlerFB. "En base". Archivado desde el original el 2 de agosto de 2010 . Consultado el 5 de febrero de 2010 . La base de datos y el registro de Intein. ^[41]
• Información detallada para experimentos bioquímicos: "Buscador de enzimas". Archivado desde el original el 8 de enero de 2010 . Consultado el 7 de enero de 2010 . Buscador de enzimas de New England Biolabs.
• Lista alfabética de enzimas y sus sitios de restricción: "Página web de enzimas de restricción GenScript". Archivado desde el original el 4 de julio de 2009 . Consultado el 7 de enero de 2010 .
• Información general sobre sitios de restricción y condiciones bioquímicas para reacciones de restricción: "Recurso de enzimas de restricción". Archivado desde el original el 3 de febrero de 2002 . Consultado el 7 de enero de 2010 . Página web de enzimas de restricción Promega.

Bases de datos de proteínas:

• Base de datos de estructuras de proteínas, resueltas a resolución atómica: "PDB". Colaboratorio de Investigación en Bioinformática Estructural (RCSB). Archivado desde el original el 7 de abril de 2015 . Consultado el 25 de enero de 2010 . Banco de datos de proteínas RCSB.
• Bases de datos de proteínas: Instituto Suizo de Bioinformática (SIB) ; Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) . "UniProtKB/Swiss-Prot & TrEMBL" . Consultado el 25 de enero de 2010 . Swiss-Prot es una base de datos de secuencias de proteínas seleccionada que se esfuerza por proporcionar un alto nivel de anotación (como la descripción de la función de una proteína, la estructura de sus dominios, modificaciones postraduccionales, variantes, etc.), un nivel mínimo de redundancia. y alto nivel de integración con otras bases de datos. TrEMBL es un suplemento anotado por computadora de Swiss-Prot que contiene todas las traducciones de las entradas de secuencias de nucleótidos de EMBL que aún no están integradas en Swiss-Prot.

notas y referencias

1. Lambowitz AM, Belfort M (1993). "Los intrones como elementos genéticos móviles". Annu Rev Bioquímica . 62 : 587–622. doi :10.1146/annurev.bi.62.070193.003103. PMID  8352597.
2. Naito T, Kusano K, Kobayashi I (febrero de 1995). "Comportamiento egoísta de los sistemas de modificación de restricciones". Ciencia . 267 (5199): 897–99. Código bibliográfico : 1995Sci...267..897N. doi : 10.1126/ciencia.7846533. PMID  7846533. S2CID  31128438.
3. Jacquier A, Dujon B (junio de 1985). "Una proteína codificada por un intrón está activa en un proceso de conversión de genes que propaga un intrón a un gen mitocondrial". Celúla . 41 (2): 383–94. doi :10.1016/S0092-8674(85)80011-8. PMID  3886163. S2CID  20519242.
4. Gauthier A, Turmel M, Lemieux C (enero de 1991). "Un intrón del grupo I en el gen de ARNr de la subunidad grande del cloroplasto de Chlamydomonas eugametos codifica una endonucleasa de doble hebra que escinde el sitio de localización de este intrón". Curr Genet . 19 (1): 43–47. doi :10.1007/BF00362086. PMID  2036685. S2CID  19785524.
5. Marshall P, Lemieux C (agosto de 1991). "Patrón de escisión de la endonucleasa homing codificada por el quinto intrón en el gen codificador de ARNr de la subunidad grande del cloroplasto de Chlamydomonas eugametos". Gen.​ 104 (2): 241–5. doi :10.1016/0378-1119(91)90256-B. PMID  1916294.
6. Turmel M, Boulanger J, Schnare MN, Gray MW, Lemieux C (marzo de 1991). "Seis intrones del grupo I y tres espaciadores transcritos internos en el gen del ARN ribosomal de la subunidad grande del cloroplasto del alga verde Chlamydomonas eugametos". J Mol Biol . 218 (2): 293–311. doi :10.1016/0022-2836(91)90713-G. PMID  1849178.
7. Côté V, Mercier JP, Lemieux C, Turmel M (julio de 1993). "El intrón único del grupo I en el gen rrnL del cloroplasto de Chlamydomonas humicola codifica una endonucleasa de ADN específica de sitio (I-ChuI)". Gen.​ 129 (1): 69–76. doi :10.1016/0378-1119(93)90697-2. PMID  8335261.
8. Turmel M, Gutell RR, Mercier JP, Otis C, Lemieux C (julio de 1993). "Análisis del gen del ARN ribosómico de la subunidad grande del cloroplasto de 17 taxones de Chlamydomonas. Tres espaciadores transcritos internos y 12 sitios de inserción de intrones del grupo I". J Mol Biol . 232 (2): 446–67. doi :10.1006/jmbi.1993.1402. PMID  8393936.
9. Turmel M, Côté V, Otis C, Mercier JP, Gray MW, Lonergan KM, Lemieux C (julio de 1995). "Transferencia evolutiva de intrones del grupo I que contienen ORF entre diferentes compartimentos subcelulares (cloroplasto y mitocondria)". Mol Biol Evol . 12 (4): 533–45. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040234 . PMID  7659010.
10. Turmel M, Mercier JP, Côté V, Otis C, Lemieux C (julio de 1995). "La endonucleasa de ADN de sitio específico codificada por un intrón del grupo I en el gen de ARNr de la subunidad pequeña del cloroplasto de Chlamydomonas pallidostigmatica introduce una rotura monocatenaria a bajas concentraciones de Mg2+". Ácidos nucleicos Res . 23 (13): 2519–25. doi :10.1093/nar/23.13.2519. PMC 307060 . PMID  7630730. 
11. Jurica MS, Monnat RJ, Stoddard BL (octubre de 1998). "Reconocimiento y escisión del ADN por la endonucleasa I-CreI homing de LAGLIDADG". Mol. Celúla . 2 (4): 469–76. doi : 10.1016/S1097-2765(00)80146-X . PMID  9809068.
12. Chevalier BS, Kortemme T, Chadsey MS, Baker D, Monnat RJ, Stoddard BL (octubre de 2002). "Diseño, actividad y estructura de una endonucleasa artificial altamente específica". Mol. Celúla . 10 (4): 895–905. doi : 10.1016/S1097-2765(02)00690-1 . PMID  12419232.
13. Goodrich-Blair H, Scarlato V, Gott JM, Xu M, Shub DA (octubre de 1990). "Un intrón del grupo I de autoempalme en el gen de la ADN polimerasa del bacteriófago SPO1 de Bacillus subtilis". Celúla . 63 (2): 417–24. doi :10.1016/0092-8674(90)90174-D. PMID  2119891. S2CID  35873609.
14. Goodrich-Blair H, Shub DA (enero de 1996). "Más allá de la localización: la competencia entre endonucleasas intrón confiere una ventaja selectiva a los marcadores genéticos flanqueantes". Celúla . 84 (2): 211–21. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80976-9 . PMID  8565067.
15. Goodrich-Blair H, Shub DA (septiembre de 1994). "Los genes de la ADN polimerasa de varios bacteriófagos HMU tienen intrones del grupo I similares con marcos de lectura abiertos muy divergentes". Ácidos nucleicos Res . 22 (18): 3715–21. doi :10.1093/nar/22.18.3715. PMC 308352 . PMID  7937082. 
16. Shearman C, Godon JJ, Gasson M (julio de 1996). "Empalme de un intrón del grupo II en un gen de transferencia funcional de Lactococcus lactis". Mol Microbiol . 21 (1): 45–53. doi :10.1046/j.1365-2958.1996.00610.x. PMID  8843433. S2CID  382897.
17. Mills DA, McKay LL, Dunny GM (junio de 1996). "Empalme de un intrón del grupo II implicado en la transferencia conjugativa de pRS01 en lactococos". J Bacteriol . 178 (12): 3531–8. doi :10.1128/jb.178.12.3531-3538.1996. PMC 178122 . PMID  8655550. 
18. Lykke-Andersen J, Thi-Ngoc HP, Garrett RA (noviembre de 1994). "Especificidad del sustrato de ADN y cinética de escisión de una endonucleasa de tipo buscador de arqueas de Pyrobaculum organotrophum". Ácidos nucleicos Res . 22 (22): 4583–90. doi :10.1093/nar/22.22.4583. PMC 308504 . PMID  7984405. 
19. Dalgaard JZ, Garrett RA (noviembre de 1992). "Los intrones que codifican proteínas del gen que codifica el ARNr 23S forman círculos estables en la arqueona hipertermófila Pyrobaculum organotrophum". Gen.​ 121 (1): 103–10. doi :10.1016/0378-1119(92)90167-N. PMID  1427083.
20. Szczepanek T, Lazowska J (julio de 1996). "La sustitución de dos aminoácidos no adyacentes en la ARN madurasa codificada por el intrón bi2 de S.cerevisiae es suficiente para obtener una actividad de endonucleasa de localización". EMBO J. 15 (14): 3758–67. doi :10.1002/j.1460-2075.1996.tb00746.x. PMC 452048 . PMID  8670880. 
21. Lazowska J, Szczepanek T, Macadre C, Dokova M (1992). "Dos intrones mitocondriales homólogos de especies de Saccharomyces estrechamente relacionadas se diferencian sólo en unos pocos reemplazos de aminoácidos en sus marcos de lectura abiertos: uno es móvil y el otro no". CR Acad. Ciencia. París . 315 (2): 37–41. PMID  1330224.
22. Kane PM, Yamashiro CT, Wolczyk DF, Neff N, Goebl M, Stevens TH (noviembre de 1990). "El empalme de proteínas convierte el producto del gen TFP1 de levadura en la subunidad de 69 kD de la H (+) -adenosina trifosfatasa vacuolar". Ciencia . 250 (4981): 651–7. Código Bib : 1990 Ciencia... 250..651K. doi : 10.1126/ciencia.2146742. PMID  2146742.
23. Gimble FS, Thorner J (mayo de 1992). "Localización de un gen de ADN endonucleasa mediante conversión de gen meiótico en Saccharomyces cerevisiae". Naturaleza . 357 (6376): 301–6. Código Bib :1992Natur.357..301G. doi :10.1038/357301a0. PMID  1534148. S2CID  4363512.
24. Bonitz SG, Coruzzi G, Thalenfeld BE, Tzagoloff A, Macino G (diciembre de 1980). "Ensamblaje del sistema de membrana mitocondrial. Estructura y secuencia de nucleótidos del gen que codifica la subunidad 1 de la citocromo oxidasa de levadura". J Biol Chem . 255 (24): 11927–41. doi : 10.1016/S0021-9258(19)70224-5 . PMID  6254986.
25. Hanson DK, Lamb MR, Mahler HR, Perlman PS (marzo de 1982). "Evidencia de secuencias intermedias traducidas en el genoma mitocondrial de Saccharomyces cerevisiae". J Biol Chem . 257 (6): 3218–24. doi : 10.1016/S0021-9258(19)81098-0 . PMID  6277926.
26. Delahodde A, Goguel V, Becam AM, Creusot F, Perea J, Banroques J, Jacq C (febrero de 1989). "Actividades de ADN endonucleasa y ARN maturasa específicas de sitio de dos proteínas homólogas codificadas por intrones de mitocondrias de levadura". Celúla . 56 (3): 431–41. doi :10.1016/0092-8674(89)90246-8. PMID  2536593. S2CID  24082963.
27. Sargueil B, Delahodde A, Hatat D, Tian GL, Lazowska J, Jacq C (febrero de 1991). "Una nueva actividad de ADN endonucleasa específica en mitocondrias de levadura". Mol Gen Genet . 225 (2): 340-1. doi :10.1007/BF00269867. PMID  1848651. S2CID  8873378.
28. Perea J, Desdouets C, Schapria M, Jacq C (enero de 1993). "I-Sce III: una nueva endonucleasa codificada por intrones del grupo I de las mitocondrias de levadura". Ácidos nucleicos Res . 21 (2): 358. doi : 10.1093/nar/21.2.358. PMC 309119 . PMID  8441645. 
29. Moran JV, Wernette CM, Mecklenburg KL, Butow RA, Perlman PS (agosto de 1992). "El intrón 5 alfa del gen COXI del ADN mitocondrial de levadura es un intrón móvil del grupo I". Ácidos nucleicos Res . 20 (15): 4069–76. doi :10.1093/nar/20.15.4069. PMC 334089 . PMID  1324475. 
30. Seraphin B, Faye G, Hatat D, Jacq C (abril de 1992). "El intrón alfa mitocondrial de levadura: actividad endonucleasa asociada y movilidad in vivo". Gen.​ 113 (1): 1–8. doi :10.1016/0378-1119(92)90663-A. PMID  1314207.
31. Liang F, Romanienko PJ, Weaver DT, Jeggo PA, Jasin M (agosto de 1996). "Reparación de roturas cromosómicas de doble hebra en células con deficiencia de Ku80". PNAS . 93 (17): 8929–33. Código bibliográfico : 1996PNAS...93.8929L. doi : 10.1073/pnas.93.17.8929 . PMC 38571 . PMID  8799130. 
32. Yang J, Zimmerly S, Perlman PS, Lambowitz AM (mayo de 1996). "Integración eficiente de un ARN intrón en ADN bicatenario mediante empalme inverso". Naturaleza . 381 (6580): 332–5. Código Bib :1996Natur.381..332Y. doi :10.1038/381332a0. PMID  8692273. S2CID  4337808.
33. Bell-Pedersen D, Quirk S, Clyman J, Belfort M (julio de 1990). "La movilidad del intrón en el fago T4 depende de una clase distintiva de endonucleasas e independiente de las secuencias de ADN que codifican el núcleo del intrón: implicaciones mecanicistas y evolutivas". Ácidos nucleicos Res . 18 (13): 3763–70. doi : 10.1093/nar/18.13.3763. PMC 331075 . PMID  2165250. 
34. Chu FK, Maley G, Pedersen-Lane J, Wang AM, Maley F (mayo de 1990). "Caracterización del sitio de restricción de una endonucleasa codificada por un intrón procariótico". PNAS . 87 (9): 3574–8. Código bibliográfico : 1990PNAS...87.3574C. doi : 10.1073/pnas.87.9.3574 . PMC 53944 . PMID  2159153. 
35. Bell-Pedersen D, Quirk SM, Aubrey M, Belfort M (octubre de 1989). "Una endonucleasa de sitio específico y co-conversión de exones flanqueantes asociados con el intrón td móvil del fago T4". Gen.​ 82 (1): 119–26. doi :10.1016/0378-1119(89)90036-X. PMID  2555262.
36. Shub DA, Gott JM, Xu MQ, Lang BF, Michel F, Tomaschewski J, Pedersen-Lane J, Belfort M (febrero de 1988). "Conservación estructural entre tres intrones homólogos del bacteriófago T4 y los intrones del grupo I de eucariotas". PNAS . 85 (4): 1151–5. Código bibliográfico : 1988PNAS...85.1151S. doi : 10.1073/pnas.85.4.1151 . PMC 279724 . PMID  3422485. 
37. Eddy SR, Gold L (junio de 1991). "El intrón del fago T4 nrdB: un mutante por eliminación de una versión encontrada en la naturaleza". Desarrollo de genes . 5 (6): 1032–41. doi : 10.1101/gad.5.6.1032 . PMID  2044951.
38. Xu M, Southworth MW, Mersha FB, Hornstra LJ, Perler FB (diciembre de 1993). "Empalme de proteínas in vitro de precursor purificado e identificación de un intermediario ramificado". Celúla . 75 (7): 1371–7. doi :10.1016/0092-8674(93)90623-X. PMID  8269515. S2CID  33579721.
39. Perler FB, Comb DG, Jack WE, Moran LS, Qiang B, Kucera RB, Benner J, Slatko BE, Nwankwo DO, Hempstead SK, Carlow CK, Jannasch H (junio de 1992). "Secuencias intermedias en un gen de la ADN polimerasa de Archaea". PNAS . 89 (12): 5577–81. Código bibliográfico : 1992PNAS...89.5577P. doi : 10.1073/pnas.89.12.5577 . PMC 49335 . PMID  1608969. 
40. Hirata R, Ohsumk Y, Nakano A, Kawasaki H, Suzuki K, Anraku Y (abril de 1990). "Estructura molecular de un gen, VMA1, que codifica la subunidad catalítica de la adenosina trifosfatasa translocadora de H (+) de las membranas vacuolares de Saccharomyces cerevisiae". J Biol Chem . 265 (12): 6726–33. doi : 10.1016/S0021-9258(19)39210-5 . PMID  2139027.
41. Perler FB (enero de 2002). "InBase: la base de datos Intein". Ácidos nucleicos Res . 30 (1): 383–4. doi :10.1093/nar/30.1.383. PMC 99080 . PMID  11752343.