Los isosquizómeros son pares de enzimas de restricción específicas de la misma secuencia de reconocimiento . Por ejemplo, SphI (CGTAC/G) y BbuI (CGTAC/G) son isosquizómeros entre sí. La primera enzima descubierta que reconoce una secuencia dada se conoce como prototipo ; todas las enzimas identificadas posteriormente que reconocen esa secuencia son isosquizómeros. Los isosquizómeros se aíslan de diferentes cepas de bacterias y, por lo tanto, pueden requerir diferentes condiciones de reacción .
En algunos casos, solo uno de un par de isosquizómeros puede reconocer tanto las formas metiladas como las no metiladas de los sitios de restricción . Por el contrario, la otra enzima de restricción puede reconocer solo la forma no metilada del sitio de restricción. Esta propiedad de algunos isosquizómeros permite la identificación del estado de metilación del sitio de restricción mientras se lo aísla de una cepa bacteriana . Por ejemplo, las enzimas de restricción HpaII y MspI son isosquizómeros, ya que ambos reconocen la secuencia 5'-CCGG-3' cuando no está metilada. Pero cuando la segunda C de la secuencia está metilada, solo MspI puede reconocerla mientras que HpaII no.
Una enzima que reconoce la misma secuencia pero la corta de forma diferente es un neoesquizómero . Los neoesquizómeros son un tipo específico (subconjunto) de isoesquizómero. Por ejemplo, SmaI (CCC/GGG) y XmaI (C/CCGGG) son neoesquizómeros entre sí. De forma similar, KpnI (GGTAC/C) y Acc65I (G/GTACC) son neoesquizómeros entre sí. Una enzima que reconoce una secuencia ligeramente diferente, pero produce los mismos extremos es un isocaudómero .
isoesquizómero (P4873) (ver usos )