El Refugio Nacional de Vida Silvestre Lewis y Clark , cerca de la desembocadura del río Columbia , ofrece áreas de invernada y descanso para aproximadamente 1.000 cisnes de tundra , 5.000 gansos y 30.000 patos . Otras especies incluyen aves playeras y águilas calvas.
Las aguas del estuario proporcionan recursos alimenticios vitales para los salmones juveniles mientras hacen una pausa para aclimatarse al agua salada antes de ingresar al Océano Pacífico . Las águilas calvas están presentes todo el año; Hay de 30 a 35 sitios de anidación activos.
Otras especies de peces que utilizan el estuario incluyen el sábalo americano , el eperlano, la perca, la platija estrellada , la lubina , el bagre y la lamprea del Pacífico . Las focas comunes utilizan bancos de arena y marismas como lugares de descanso durante la marea baja, mientras que las focas y los leones marinos de California se alimentan de peces en el estuario. En las islas también viven castores , mapaches , comadrejas , visones , ratas almizcleras , nutrias de río , venados de cola blanca colombianos y nutrias invasoras.
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