stringtranslate.com

Susanna Lewis

Suzanna (Suzi) E. Lewis fue científica e investigadora principal en el Proyecto de código abierto de bioinformática de Berkeley con sede en el Laboratorio Nacional Lawrence Berkeley hasta su jubilación en 2019. Lewis lideró el desarrollo de estándares abiertos y software para ontologías y anotaciones del genoma . [2] [3] [4]

Educación

Lewis tiene una Maestría en Ciencias en Biología e Informática . [5]

Investigación

Dirigió el equipo responsable de la anotación sistemática [6] del genoma de Drosophila melanogaster , que incluyó el desarrollo del proceso de anotación y el marco de la base de datos Gadfly [7] , y la herramienta de curación de anotaciones Apollo. [8] El trabajo de Lewis en la anotación del genoma también incluye desempeñar papeles instrumentales en los ejercicios de evaluación de la comunidad GASP [9] para evaluar el estado del arte en la anotación del genoma, el desarrollo del navegador del genoma Gbrowse [10] y el centro de coordinación de datos para el proyecto modENCODE . [11] Además de su trabajo en anotación genómica, Lewis ha sido líder en el desarrollo de Ontologías Biomédicas Abiertas (OBO), [12] Centro Nacional de Ontología Biomédica (NCBO), [13] [14] contribuyendo al Gene Ontología [15] Ontología de secuencia , [16] Ontologías de anatomía Uberon, [17] y desarrollo de software abierto para editar y navegar ontologías como AmiGO, [18] OBO-Edit [19] y Phenote.

Premios y honores

En 2005, Lewis fue elegida miembro de la Asociación Estadounidense para el Avance de la Ciencia en reconocimiento a sus contribuciones a la ciencia en los campos de la información, la informática y la comunicación. [1]

Referencias

  1. ^ ab "Noticias y notas de AAAS". Archivado desde el original el 18 de marzo de 2013 . Consultado el 16 de junio de 2012 .
  2. ^ "Nominaciones al Premio Benjamin Franklin de Acceso Abierto en Ciencias de la Vida 2012". Archivado desde el original el 12 de enero de 2013.
  3. ^ "Suzi Lewis - BioPerl". Archivado desde el original el 5 de febrero de 2012.
  4. ^ "Proyecto BDGP del genoma de Berkeley Drosophila: información de contacto". Archivado desde el original el 16 de marzo de 2012.
  5. ^ "Suzanna Lewis: Proyectos de código abierto de bioinformática de Berkeley (BBOP)". Archivado desde el original el 23 de octubre de 2012.
  6. ^ Misra, S.; Crosby, M.; Mungall, C.; Matthews, B.; Campbell, K.; Hradecky, P.; Huang, Y.; Kaminker, J.; Millburn, G.; Prochnik, SE; Smith, CD; Tupy, JL; Whitfied, EJ; Bayraktaroglu, L.; Berman, BP; Bettencourt, BR; Celniker, SE; De Grey, AD; Drysdale, RA; Harris, Países Bajos; Richter, J.; Ruso, S.; Schroeder, AJ; Shu, SQ; Stapleton, M.; Yamada, C.; Ashburner, M.; Gelbart, WM; Rubin, GM; Lewis, SE (2002). "Anotación del genoma eucromatico de Drosophila melanogaster: una revisión sistemática". Biología del genoma . 3 (12): investigación0083.research0081–83.research0081. doi : 10.1186/gb-2002-3-12-research0083 . PMC 151185 . PMID  12537572. 
  7. ^ Mungall, CJ; Misra, S.; Berman, BP; Carlson, J.; Frise, E.; Harris, N.; Marshall, B.; Shu, S.; Kaminker, JS; Prochnik, SE; Smith, CD; Smith, E.; Tupy, JL; Wiel, C.; Rubin, GM; Lewis, SE (2002). "Una base de datos y un proceso computacional integrado para respaldar la anotación de la secuencia del genoma completo". Biología del genoma . 3 (12): investigación0081.research0081–81.research0081. doi : 10.1186/gb-2002-3-12-research0081 . PMC 151183 . PMID  12537570. 
  8. ^ Lewis, SE; Searle, SM; Harris, N.; Gibson, M.; Lyer, V.; Richter, J.; Wiel, C.; Bayraktaroglir, L.; Birney, E .; Crosby, MA; Kaminker, JS; Matthews, BB; Prochnik, SE; Herrería, CD; Tupy, JL; Rubin, GM; Misra, S.; Mungall, CJ; Abrazadera, YO (2002). "Apollo: un editor de anotaciones de secuencias". Biología del genoma . 3 (12): investigación0082.research0081–82.research0081. doi : 10.1186/gb-2002-3-12-research0082 . PMC 151184 . PMID  12537571. 
  9. ^ Reese, MG; Hartzell, G.; Harris, Países Bajos; Ohler, U.; Abril, JF; Lewis, SE (2000). "Evaluación de la anotación del genoma en Drosophila melanogaster". Investigación del genoma . 10 (4): 483–501. doi :10.1101/gr.10.4.483. PMC 310877 . PMID  10779488. 
  10. ^ Stein, LD ; Mungall, C.; Shu, S.; Caudy, M.; Mangone, M.; Día, A.; Nickerson, E.; Stajich, JE; Harris, TW; Arva, A.; Lewis, S. (2002). "El navegador de genoma genérico: un componente básico para una base de datos de sistema de organismo modelo". Investigación del genoma . 12 (10): 1599-1610. doi :10.1101/gr.403602. PMC 187535 . PMID  12368253. 
  11. ^ Washington, Países Bajos; Stinson, EO; Perry, Doctor en Medicina; Ruzanov, P.; Contrino, S.; Smith, R.; Zha, Z.; Lyne, R.; Carr, A.; Lloyd, P.; Kephart, E.; McKay, SJ; Micklem, G.; Stein, LD; Lewis, SE (2011). "El Centro de coordinación de datos modENCODE: lecciones sobre cómo recopilar detalles experimentales completos". Base de datos . 2011 : bar023. doi : 10.1093/base de datos/bar023. PMC 3170170 . PMID  21856757. 
  12. ^ Smith, B .; Ashburner, M .; Rosse, C.; Bardo, J.; Error, W.; Ceusters, W.; Goldberg, LJ; Eilbeck, K.; Irlanda, A.; Mungall, CJ; Leontis, N.; Rocca-Serra, P.; Rutenberg, A.; Sansone, SA; Scheuermann, RH; Shah, N.; Whetzel, PL; Lewis, S. (2007). "The OBO Foundry: evolución coordinada de ontologías para respaldar la integración de datos biomédicos". Biotecnología de la Naturaleza . 25 (11): 1251-1255. doi :10.1038/nbt1346. PMC 2814061 . PMID  17989687.  Icono de acceso abierto
  13. ^ Musen, MA; Noy, NF; Shah, Nuevo Hampshire; Whetzel, PL; Tolva, CG; Historia, M.-A.; Smith, B.; Y El Ncbo, T. (2011). "El Centro Nacional de Ontología Biomédica". Revista de la Asociación Estadounidense de Informática Médica . 19 (2): 190–195. doi :10.1136/amiajnl-2011-000523. PMC 3277625 . PMID  22081220. 
  14. ^ Rubin, DL; Lewis, SE; Mungall, CJ; Misra, S.; Westerfield, M.; Ashburner, M .; Sim, yo; Tolva, CG; Piso, MA; Smith, B.; Día-Richter, J.; Noy, NF; Musen, MA; Musen, MA (2006). "Centro Nacional de Ontología Biomédica: avance de la biomedicina a través de la organización estructurada del conocimiento científico" (PDF) . OMICS: una revista de biología integrativa . 10 (2): 185–198. doi :10.1089/omi.2006.10.185. PMID  16901225. S2CID  14097452.
  15. ^ Botstein, D .; Cereza, JM; Ashburner, M .; Bola, California; Blake, JA; Mayordomo, H.; Davis, AP; Dolinski, K.; Dwight, SS; Eppig, JT; Harris, MA; Hill, DP; Issel-Tarver, L.; Kasarskis, A.; Lewis, S.; Matese, JC; Richardson, JE; Ringwald, M.; Rubin, GM ; Sherlock, G. (2000). "Ontología genética: herramienta para la unificación de la biología. El Consorcio de Ontología Genética". Genética de la Naturaleza . 25 (1): 25–29. doi :10.1038/75556. PMC 3037419 . PMID  10802651.  Icono de acceso abierto
  16. ^ Eilbeck, K.; Lewis, SE; Mungall, CJ; Yandell, M.; Stein, L .; Durbin, R .; Ashburner, M. (2005). "La ontología de secuencia: una herramienta para la unificación de anotaciones del genoma". Biología del genoma . 6 (5): R44. doi : 10.1186/gb-2005-6-5-r44 . PMC 1175956 . PMID  15892872. 
  17. ^ Mungall, CJ; Torniai, C.; Gkoutos, GV; Lewis, SE; Haendel, MA (2012). "Uberon, una ontología anatómica integradora de múltiples especies". Biología del genoma . 13 (1): R5. doi : 10.1186/gb-2012-13-1-r5 . PMC 3334586 . PMID  22293552. 
  18. ^ Carbon S, Irlanda A, Mungall CJ, Shu S, Marshall B, Lewis S; Centro AmiGO; Grupo de Trabajo de Presencia Web (2008). "AmiGO: acceso en línea a datos de anotaciones y ontologías". Bioinformática . 25 (2): 288–289. doi : 10.1093/bioinformática/btn615. PMC 2639003 . PMID  19033274. {{cite journal}}: Mantenimiento CS1: varios nombres: lista de autores ( enlace )
  19. ^ Día-Richter, J.; Harris, MA; Haendel, M.; Lewis, S. (2007). "OBO-Edit un editor de ontologías para biólogos". Bioinformática . 23 (16): 2198–2200. doi : 10.1093/bioinformática/btm112. PMID  17545183.