El general José María Flores (1818–1866) fue capitán del ejército mexicano y miembro de la otra banda . Fue nombrado gobernador y comandante general pro témpore de Alta California desde noviembre de 1846 hasta enero de 1847, y defendió a California contra los estadounidenses durante la guerra entre México y Estados Unidos .
El capitán José María Flores llegó a California en 1842. Era secretario del gobernador Manuel Micheltorena . Era capitán del ejército militar del comandante general José Castro. En agosto de 1846, Castro envió a Flores a entregar un mensaje a Stockton indicando que Castro estaba dispuesto a acceder a los deseos de los Estados Unidos. Stockton no reconoció la autoridad de Castro y la rechazó. Castro, al no ver otra alternativa, huyó de California. El gobernador Pío Pico lo siguió poco después. Flores y otros oficiales militares se quedaron en Los Ángeles.
Stockton puso al teniente Archibald H. Gillespie a cargo de Los Ángeles. Gillespie ejerció un control tiránico sobre la población. Los californianos, molestos por el férreo control de Gillespie, reunieron una fuerza para retomar Los Ángeles. El capitán José María Flores, uno de los oficiales, fue elegido para actuar como comandante general . El capitán José Antonio Carrillo fue nombrado segundo al mando, mientras que el capitán Andrés Pico , como comandante de escuadrón , ocupó el tercer lugar.
Las tropas de Flores superaban en número a las de Gillespie. Flores exigió que los estadounidenses se fueran. En septiembre de 1846, Gillespie aceptó abandonar Los Ángeles. Gillespie mandó llamar a Benjamin Wilson al área de San Bernardino para que trajera una fuerza de simpatizantes estadounidenses para ayudar a asegurar Los Ángeles. A José del Carmen Lugo le llegó la noticia de que Wilson estaba buscando a Lugo para arrestarlo. Lugo armó una milicia californiana y fue tras Wilson. Las dos fuerzas se encontraron en la batalla de Chino . Después, Lugo tomó cuarenta prisioneros y se los entregó a Flores. Flores le pidió a Lugo que uniera fuerzas con él, pero Lugo se negó. Flores quería enviar a los prisioneros a la Ciudad de México , pero muchas personas se opusieron a la idea. Benjamin Wilson envió un mensaje a Gillespie pidiéndole que abandonara California por completo. El 4 de octubre de 1846, Gillespie abandonó San Pedro . Algunos prisioneros de Chino fueron intercambiados por prisioneros de California.
Flores comenzó a recuperar California. Flores envió a Manuel Garfias para retomar Santa Bárbara . Garfias cumplió su misión sin luchar. Manuel Castro fue enviado a asegurar el norte. Ocupó San Luis Obispo . Francisco Rico fue enviado al sur para retomar San Diego . No llegó allí, porque lo llamaron de regreso a Los Ángeles. Rico envió a algunos californianos para vigilar San Diego y mantener a raya a los estadounidenses.
Flores tenía ahora el control de California desde San Luis Obispo hasta San Diego, pero su ejército tenía pocas armas y municiones. A todos los habitantes varones del sur de California se les pidió que se convirtieran en soldados. Sin embargo, sólo unos 200 hombres se mantuvieron en servicio activo.
El 6 de octubre de 1846, 420 estadounidenses, incluidos 203 marines de los Estados Unidos , liderados por el capitán William Mervine , desembarcaron en San Pedro. Flores envió a José Antonio Carrillo con cincuenta lanceros de California para enfrentar a las fuerzas estadounidenses que avanzaban, mientras que las fuerzas militares regulares restantes permanecieron para asegurar Los Ángeles.
El 7 de octubre de 1846, las fuerzas estadounidenses avanzaron hacia los edificios de adobe españoles del Rancho Domínguez . Flores y algunas de sus tropas se unieron a las fuerzas de Carrillo, en su mayoría ganaderos locales de California, para enfrentarse a las fuerzas de Mervine. El 8 de octubre derrotaron a los marines en una batalla de una hora, matando a cuatro sin sufrir bajas y haciendo retroceder a los estadounidenses a la bahía de San Pedro. Esta fue la Batalla del Rancho Domínguez y, en la historia, una de las pocas veces que los marines estadounidenses han sido derrotados en batalla. Esta victoria también fue un punto culminante para el control de los californianos sobre su territorio.
El 26 de octubre de 1846, Flores convocó a la Asamblea Departamental de California y reorganizó el gobierno restante de California. El 1 de noviembre, Flores se convirtió en gobernador temporal y comandante general . El 3 de diciembre, Francisco Rico y José Antonio Carrillo se rebelaron contra Flores. Flores fue puesto bajo arresto por su supuesto plan contra los prisioneros de Chino y por supuestamente robar fondos de guerra. Flores decidió no enviar a los prisioneros de Chino a la Ciudad de México y no se encontró evidencia con respecto a los fondos faltantes. El 5 de diciembre fue restaurado en el poder. Rico y Carrillo fueron encarcelados por la revuelta, pero liberados poco después.
Flores necesitaba la ayuda del gobierno nacional mexicano. Envió al capitán Antonio Coronel y algunos hombres a Sonora para conseguir refuerzos. En el camino, los hombres se enteraron del avance del general Stephen W. Kearny . Se envió un mensajero a Flores. Flores envió a Andrés Pico a enfrentarse a los estadounidenses. Pronto se produjo la batalla de San Pascual .
Después de la batalla victoriosa, Flores solicitó que Pico regresara a Los Ángeles, pero que dejara hombres en el sur para observar los movimientos estadounidenses. Después de la batalla, algunos californios murieron en la Masacre de Pauma . Flores envió a José del Carmen Lugo y su milicia a Temecula para vengar los asesinatos. La Masacre de Temecula se produjo poco después.
Para el 4 de enero de 1847, Stockton y Kearny habían unido sus fuerzas (un total de 660 hombres) y marchaban hacia el área de Los Ángeles. En el norte, John Charles Fremont avanzaba con 320 hombres hacia el sur, rumbo a Los Ángeles. Flores envió mensajeros solicitando una tregua que durara hasta que finalmente se supiera de la Ciudad de México que se pondría fin a la guerra. Era una táctica dilatoria. Stockton se negó. Solicitó la rendición incondicional . Afirmó que todos serían amnistiados excepto Flores, que sería fusilado o hecho prisionero.
El 8 de enero de 1847, el ejército de Stockton se enfrentó a los californios de Flores en la batalla de Río San Gabriel . Los estadounidenses ganaron una batalla muy reñida y Flores se reagrupó.
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El 9 de enero de 1847, las tropas de Flores se enfrentaron a las fuerzas de Stockton por última vez en la batalla de La Mesa . El 12 de enero, las tropas de Flores ofrecieron una bandera de tregua.
El 10 de enero de 1847, Flores salió de Los Ángeles y se quedó en Los Verdugos. Celebró un último consejo, en el que decidió abandonar California. Traspasó el mando a Andrés Pico y partió esa noche del 11 hacia Sonora . Antes de salir de Los Ángeles liberó a todos los prisioneros.