La comunidad jesuita tuvo un fuerte espíritu misionero, que comenzó en 1625 con su primera misión a Nueva Francia, e incluyó al misionero pionero Énemond Massé y, posteriormente, a Juan de Brébeuf.
Lallement tuvo dos hermanos y un sobrino sirviendo como misioneros en la colonia de Nueva Francia.
[1] Jogues profesó votos simples en 1626 y fue a estudiar filosofía en el Real Colegio de La Flèche.
A Jogues se le asignó ser misionero de los hurones y los algonquinos, ambos aliados del Quebec francés.
Al llegar, Jogues escribió a su madre: "No sé si es entrar al Cielo, pero sé que sería difícil experimentar en este mundo una alegría más excesiva y desbordante de lo que sentí al pisar el Nuevo Mundo y celebrar mi primera misa en el Día de la Visitación".
[7] Jogues viajó con Garnier al territorio de los tionontati, aunque por su actitud pensaron que sería imposible hacer algún trabajo misionero con ellos.
Al parecer, Jogues se escondió entre juncos y arbustos pero decidió dejar su escondite para unirse a los prisioneros para así reconfortarles y asegurarse de que su fe cristiana permaneciese fuerte.
Poco después, y como represalia por consolar a un francés torturado, los mohawk apalearon a Jogues, le arrancaron las uñas y mordieron las puntas de sus dedos hasta que sus huesos quedaron visibles.
Durante su cautiverio, Jogues consoló, bautizó, escuchó confesiones y absolvió a los otros prisioneros.
En lugar de ser ejecutado o integrado en una familia mohawk, Jogues permaneció como prisionero durante largo tiempo.
Su cautiverio se prolongó durando aproximadamente un año, agravado por la desnutrición severa y la exposición al frío.
El papa Urbano VIII consideró a Jogues un "mártir viviente" y le dio una dispensa para decir misa con su mano mutilada.
En la iglesia de aquel tiempo, el Santísimo Sacramento solo podía tocarse con los dedos pulgar e índice.
Los europeos transmitieron enfermedades europeas, como la viruela y el sarampión, que se dinfundieron entre los nativos americanos.
Cuando los mohawk sufrieron otro brote de enfermedades infeccciosas y hubo una mala cosecha en Ossernenon culparon de estos eventos a lo que habían traído los jesuitas, que percibían como magia perjudicial.
[10] Los aliados aborígenes de los franceses capturaron al asesino del padre Jogues en 1647 y lo condenaron a muerte.
Mientras esperaban su ejecución, este hombre fue bautizado y renombrado con el nombre cristiano de Isaac.
Esto indicaba su aceptación de estar entre los héroes que, con su fuerza física y espiritual, habían soportado la tortura en la Iglesia primitiva.
[12] Una cita de Jogues dice: "El buen Jesús nos estaba haciendo compartir sus sufrimientos y admitiéndonos a participar en sus cruces".