La identidad de Ii Naotora no está del todo clara, habiendo dos vertientes principales, una de ellas dice que Ii Naotora y Jirō Hōshi (次郎法師, Jirō Hōshi?
), hija del anterior jefe del clan Ii, Ii Naomori, fueron la misma persona, y que Ii Naotora escaló de ser una criada del Clan Imagawa de Mikawa hasta convertirse en daimio por derecho propio y ser conocida como «Mujer propietaria» (女地頭, «Mujer propietaria»?).
La otra versión más extendida es que Ii Naotora fue hija de un criado del Clan Imagawa llamado Sekiguchi Ujitsune (関口氏経, Sekiguchi Ujitsune?).
Según esta versión, la hija de Ujitsune se convirtió en jefa temporal del clan Ii hasta que Ii Naomasa, el hijo de Ii Naochika, alcanzó la edad adulta y pudo heredar el puesto.
Más tarde, Michiyoshi fue finalmente capturado por el clan Tokugawa y fue ejecutado.