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Tim Hubbard

Timothy John Phillip Hubbard es profesor de bioinformática en el King's College de Londres , jefe de análisis del genoma en Genomics England y profesor honorario del Wellcome Trust Sanger Institute en Cambridge, Reino Unido. [2] [8] [9] [10] [11] [12] [13] Desde el 1 de marzo de 2024, Hubbard se convirtió en director de ELIXIR, la infraestructura de datos de ciencias biológicas de Europa . [14]

Educación

Hubbard se educó en la Universidad de Cambridge, donde obtuvo una licenciatura en Ciencias Naturales (Bioquímica) en 1985. Continuó investigando el diseño de proteínas en el Departamento de Cristalografía del Birkbeck College de Londres, donde obtuvo una Doctorado en 1988 [15] por investigación supervisada por Tom Blundell .

Investigación y carrera

Los intereses de investigación de Hubbard se encuentran en bioinformática , biología computacional e informática del genoma . [1] Durante su mandato en WTSI supervisó a varios estudiantes de doctorado exitosos hasta su finalización en estas áreas de investigación. [16] [17] [18] [19] [20] [21]

Tras una beca postdoctoral en el Instituto de Investigación en Ingeniería de Proteínas de Osaka en el marco del programa de formación científica de la UE en Japón (1989-90), regresó a Cambridge y se convirtió en miembro Zeneca del Centro de Ingeniería de Proteínas del Consejo de Investigación Médica (MRC) . En 1997 se incorporó al Instituto Wellcome Trust Sanger para convertirse en Jefe de Análisis del Genoma Humano . Tim fue Jefe de Informática de 2007 a 2013, cuando fue adscrito a tiempo parcial como asesor especializado del NHS de Inglaterra , involucrado en la implementación de genómica para programas de salud. [22]

Hubbard fue nombrado profesor de Bioinformática en King's en octubre de 2013. [23] Su investigación ha sido publicada en revistas científicas líderes revisadas por pares, incluida Nature , [24] [25] [26] Journal of Molecular Biology , [3] [27] Investigación de ácidos nucleicos , [5] [6] Biología del genoma , [4] Métodos de la naturaleza , [28] Reseñas de la naturaleza sobre el cáncer [29] y bioinformática . [30] Su investigación ha sido financiada por el Consejo de Investigación Médica (MRC) y el Consejo de Investigación de Biotecnología y Ciencias Biológicas (BBSRC) . [31]

Referencias

Scholia tiene un perfil de autor para Tim Hubbard .
  1. ^ ab Publicaciones de Tim Hubbard indexadas por Google Scholar
  2. ^ ab "Genomics England publica los resultados de su evaluación de anotaciones". Genómica Inglaterra. 2014. Archivado desde el original el 12 de enero de 2015.
  3. ^ ab Murzin, AG; Brenner, S .; Hubbard, T.; Chothia, C. (1995). "SCOP: una base de datos de clasificación estructural de proteínas para la investigación de secuencias y estructuras" (PDF) . Revista de biología molecular . 247 (4): 536–540. doi :10.1016/S0022-2836(05)80134-2. PMID  7723011. Archivado desde el original (PDF) el 26 de abril de 2012.
  4. ^ ab Harrow, J; Denoeud, F; Franco, A; Reymond, A; Chen, CK; Chrast, J; Lagarde, J; Gilbert, JG; Piso, R; Swarbreck, D; Rossier, C; Ucla, C; Hubbard, T; Antonarakis, SE; Guigo, R (2006). "GENCODE: Generación de una anotación de referencia para ENCODE". Biología del genoma . 7 (Suplemento 1): S4.1–9. doi : 10.1186/gb-2006-7-s1-s4 . PMC 1810553 . PMID  16925838. 
  5. ^ ab Hubbard, T.; Barker, D.; Birney, E .; Cameron, G.; Chen, Y.; Clark, L.; Cox, T.; Puño, J.; Curwen, V.; Abajo, T.; Durbin, R.; Eyras, E.; Gilbert, J.; Hammond, M.; Huminiecki, L.; Kasprzyk, A.; Lehvaslaiho, H.; Lijnzaad, P.; Melsopp, C.; Mongin, E.; Pettett, R.; Pocock, M.; Alfarero, S.; Óxido, A.; Schmidt, E.; Searle, S.; Más tarde, G.; Smith, J.; Spooner, W.; Stabenau, A. (2002). "El proyecto de base de datos del genoma Ensembl". Investigación de ácidos nucleicos . 30 (1): 38–41. doi :10.1093/nar/30.1.38. PMC 99161 . PMID  11752248. 
  6. ^ ab Farrell, CM; O'Leary, NA; Harte, RA; Loveland, JE; Wilming, LG; Wallin, C.; Diekhans, M.; Barril, D.; Searle, SMJ; Aken, B.; Hiatt, SM; Franco, A.; Súner, M.-M.; Rajput, B.; Mayordomo, California; Marrón, GR; Bennett, R.; Murphy, M.; Wu, W.; Kay, diputado; Hart, J.; Rajan, J.; Weber, J.; Nieve, C.; Riddick, LD; cazar, T.; Webb, D.; Tomás, M.; Tamez, P.; Rangwala, SH (2013). "Estado actual y nuevas características de la base de datos Consensus Coding Sequence". Investigación de ácidos nucleicos . 42 (Problema de la base de datos): D865 – D872. doi : 10.1093/nar/gkt1059. PMC 3965069 . PMID  24217909. 
  7. ^ Muda, J; Hubbard, T; Fidelis, K; Pedersen, JT (1999). "Evaluación crítica de métodos de predicción de la estructura de proteínas (CASP): Ronda III". Proteínas . Suplemento 3 (T3): 2–6. doi :10.1002/(sici)1097-0134(1999)37:3+<2::aid-prot2>3.3.co;2-u. PMID  10526346.
  8. ^ Tim Hubbard en Twitter
  9. ^ Hubbard, publicaciones de Tim JP indexadas por la base de datos bibliográfica Scopus . (requiere suscripción)
  10. ^ Página de perfil del autor de Tim JP Hubbard en la Biblioteca digital ACM
  11. ^ Tim JP Hubbard en el servidor de bibliografía DBLP
  12. ^ Hopkin, Karen (1 de octubre de 2009). "Tim Hubbard: gurú del genoma". El científico . Archivado desde el original el 4 de marzo de 2014.
  13. ^ Publicaciones de Tim Hubbard de Europa PubMed Central
  14. ^ "Tim Hubbard será el nuevo director de ELIXIR". 2023-12-01.
  15. ^ Hubbard, Tim (1988). El diseño, expresión y caracterización de una nueva proteína (tesis doctoral). Universidad de londres. Archivado desde el original el 19 de mayo de 2015.
  16. ^ Brosch, Markus (2010). Desarrollo de métodos computacionales para analizar datos proteómicos para la anotación del genoma (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  890149364.
  17. ^ Abajo, Thomas Alexander (2004). Localización computacional de promotores y sitios de inicio de la transcripción en genomas de mamíferos (tesis doctoral). Universidad de Cambridge.
  18. ^ Doğruel, Mutlu (2008). Identificación computacional basada en motivos de la localización subcelular de proteínas (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  890154619.
  19. ^ Mattison, Jenny (2009). Análisis de conjuntos de datos de mutaciones asociadas al cáncer de todo el genoma en ratones y humanos (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  890152898.
  20. ^ Piipari, Matías (2011). Inferencia y clasificación de motivos reguladores cis eucarióticos (tesis doctoral). Universidad de Cambridge.
  21. ^ Pocock, Matthew Richard (2004). Análisis computacional de genomas (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  890159072.
  22. ^ "Facultad honoraria del Instituto Wellcome Trust Sanger - Dr. Tim Hubbard". Archivado desde el original el 23 de marzo de 2015.
  23. ^ "Profesor Tim Hubbard, King's College London". Archivado desde el original el 23 de febrero de 2014.
  24. ^ Consorcio del Proyecto ENCODE, Birney E , Stamatoyannopoulos JA , Dutta A, Guigó R, Gingeras TR, Margulies EH, Weng Z, Snyder M, Dermitzakis ET; et al. (2007). "Identificación y análisis de elementos funcionales en el 1% del genoma humano mediante el proyecto piloto ENCODE". Naturaleza . 447 (7146): 799–816. Código Bib :2007Natur.447..799B. doi : 10.1038/naturaleza05874. PMC 2212820 . PMID  17571346. {{cite journal}}: Mantenimiento CS1: varios nombres: lista de autores ( enlace )
  25. ^ Lander, ES ; Linton, M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; Fitzhugh, W.; Funke, R.; calibre, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann, L.; Lehoczky, J.; Levine, R.; McEwan, P.; McKernan, K.; Meldrim, J.; Mesirov, JP; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J.; Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; et al. (febrero de 2001). «Secuenciación inicial y análisis del genoma humano» (PDF) . Naturaleza . 409 (6822): 860–921. Código Bib :2001Natur.409..860L. doi : 10.1038/35057062 . ISSN  0028-0836. PMID  11237011.
  26. ^ Birney, E ; Bateman, A ; Abrazadera, YO; Hubbard, TJ (2001). "Extracción del borrador del genoma humano". Naturaleza . 409 (6822): 827–8. Código Bib :2001Natur.409..827B. doi :10.1038/35057004. PMC 2658632 . PMID  11236999. 
  27. ^ Parque, J; Teichmann, SA ; Hubbard, T; Chotia, C (1997). "Las secuencias intermedias aumentan la detección de homología entre secuencias". Revista de biología molecular . 273 (1): 349–54. doi :10.1006/jmbi.1997.1288. PMID  9367767.
  28. ^ Engstrom, PRG; Steijger, T.; Sipos, B.; Grant, GR; Kahles, A.; Alioto, T.; Behr, J.; Bertone, P.; Bohnert, R.; Campaña, D.; Davis, California; Dobin, A.; Engstrom, PRG; Gingeras, TR; Goldman, N.; Grant, GR; Guigó, R.; Harrow, J.; Hubbard, TJ; Jean, GR; Kahles, A.; Kosarev, P.; Li, S.; Liu, J.; Masón, CE; Molodtsov, V.; Ning, Z.; Ponstingl, H.; Prins, JF; Ratsch, G. (2013). "Evaluación sistemática de programas de alineación empalmados para datos de RNA-seq". Métodos de la naturaleza . 10 (12): 1185–91. doi :10.1038/nmeth.2722. PMC 4018468 . PMID  24185836. 
  29. ^ Futreal, Pensilvania; Moneda, L; Marshall, M; Abajo, T; Hubbard, T; Wooster, R; Rahman, N ; Stratton, señor (2004). "Un censo de genes de cáncer humano". La naturaleza revisa el cáncer . 4 (3): 177–83. doi :10.1038/nrc1299. PMC 2665285 . PMID  14993899. 
  30. ^ Reeves, Georgia; Eilbeck, K.; Magrané, M.; O'Donovan, C.; Montecchi-Palazzi, L.; Harris, MA; Huerto, S.; Jiménez, RC; Prlic, A.; Hubbard, TJP; Hermjakob, H.; Thornton, JM (2008). "La ontología de características de proteínas: una herramienta para la unificación de anotaciones de características de proteínas". Bioinformática . 24 (23): 2767–2772. doi : 10.1093/bioinformática/btn528. PMC 2912506 . PMID  18936051. 
  31. ^ "Subvenciones del gobierno del Reino Unido otorgadas a Tim Hubbard". Consejos de investigación del Reino Unido . Archivado desde el original el 9 de abril de 2015.