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Heng Li

Heng Li es un científico bioinformático chino . Es profesor asociado en el departamento de Informática Biomédica de la Facultad de Medicina de Harvard y en el departamento de Ciencia de Datos del Dana-Farber Cancer Institute. [3] [4] [5] Anteriormente fue un científico investigador que trabajó en el Broad Institute en Cambridge, Massachusetts, con David Reich y David Altshuler . [6] El trabajo de Li ha realizado varias contribuciones importantes en el campo de la secuenciación de próxima generación .

Educación

Li se especializó en física en la Universidad de Nanjing de 1997 a 2001. [7] Recibió su doctorado en el Instituto de Física Teórica de la Academia de Ciencias de China en 2006. Su tesis, titulada "Construcción de la base de datos TreeFam ", fue supervisada por Wei- Mou Zheng. [2]

Investigación

Li participó en varios proyectos mientras trabajaba en el Instituto de Genómica de Beijing de 2002 a 2006. Estos incluyeron el estudio del acabado del arroz, [8] la secuenciación de gusanos de seda , [9] y la variación genética en los pollos. [10]

De 2006 a 2009, Li trabajó en una beca de investigación postdoctoral con Richard M. Durbin en el Wellcome Trust Sanger Institute . [11] Durante este tiempo, Li hizo varias contribuciones importantes al campo de la secuenciación de próxima generación (NGS) a través del desarrollo de software como las utilidades SAMtools NGS, [12] el alineador Burrows-Wheeler (BWA), [13] MAQ , [14] TreeSoft y TreeFam. [15]

Li se unió al Broad Institute en 2009, trabajando en el laboratorio central de la facultad de David Altshuler , [11] [16] que investiga el descubrimiento y la comprensión de las causas genéticas de las enfermedades.

Hasta diciembre de 2018, los artículos de Li sobre SAMtools [12] y BWA [13] (alineación de secuencias utilizando la transformada de Burrows-Wheeler ) han sido citados más de 16.000 veces. [17]

Premios

En 2012, Li ganó el premio Benjamin Franklin [1] en bioinformática . Li se convirtió en el cuarto ex miembro del laboratorio de Richard Durbin en ganar el premio, después de Sean Eddy , Ewan Birney y Alex Bateman . [18]

Personal

Li vive en Boston con su esposa, su hija y su pescado. [6]

Referencias

  1. ^ ab "Heng Li de Broad gana el premio Benjamin Franklin 2012 - Bio-IT World". Archivado desde el original el 1 de abril de 2012.
  2. ^ ab Li, Heng (2006). Construcción de la base de datos TreeFam (PDF) (tesis doctoral). Academia china de ciencias.
  3. ^ "Heng Li | Departamento de Informática Biomédica". dbmi.hms.harvard.edu . Consultado el 30 de octubre de 2018 .
  4. ^ "El destacado biólogo computacional Heng Li se une a la facultad". harvard.edu . Consultado el 30 de octubre de 2018 .
  5. ^ "Laboratorio HLi - Inicio". hlilab.github.io . Consultado el 30 de octubre de 2018 .
  6. ^ ab "Página de inicio de Heng Li". fuenteforge.net . Archivado desde el original el 19 de abril de 2012.
  7. ^ https://www.linkedin.com/in/lh3lh3 [ fuente autoeditada ]
  8. ^ Yu, junio; et al. (2005). "Los genomas de Oryza sativa: una historia de duplicaciones". Más biología . 3 (2): e38. doi : 10.1371/journal.pbio.0030038 . PMC 546038 . PMID  15685292. 
  9. ^ Xia, Q; et al. (10 de diciembre de 2004). "Un borrador de secuencia del genoma del gusano de seda domesticado (Bombyx mori)". Ciencia . 306 (5703): 1937–40. Código bibliográfico : 2004 Ciencia... 306.1937X. doi : 10.1126/ciencia.1102210. PMID  15591204. S2CID  7227719.
  10. ^ Ka-Shu Wong, Gane; et al. (9 de diciembre de 2004). "Un mapa de variación genética para pollos con 2,8 millones de polimorfismos de un solo nucleótido". Naturaleza . 432 (7018): 717–722. Código Bib :2004Natur.432..717B. doi : 10.1038/naturaleza03156. PMC 2263125 . PMID  15592405. 
  11. ^ ab "ID del investigador: Heng Li". investigadorid.com . Consultado el 11 de septiembre de 2014 .
  12. ^ ab Li, H.; Handsaker, B.; Wysoker, A.; Fennell, T.; Ruan, J.; Homero, N.; Marth, G.; Abecasis, G .; Durbin, R .; Subgrupo de procesamiento de datos del Proyecto 1000 Genoma (2009). "El formato de mapa / alineación de secuencia y SAMtools". Bioinformática . 25 (16): 2078-2079. doi : 10.1093/bioinformática/btp352. PMC 2723002 . PMID  19505943. {{cite journal}}: Mantenimiento CS1: nombres numéricos: lista de autores ( enlace )
  13. ^ ab Li, H.; Durbin, R. (2009). "Alineación de lectura breve rápida y precisa con la transformada de Burrows-Wheeler". Bioinformática . 25 (14): 1754-1760. doi : 10.1093/bioinformática/btp324. PMC 2705234 . PMID  19451168. 
  14. ^ Li, H.; Ruan, J.; Durbin, R. (2008). "Mapeo de lecturas cortas de secuenciación de ADN y llamadas de variantes utilizando puntuaciones de calidad de mapeo". Investigación del genoma . 18 (11): 1851–1858. doi :10.1101/gr.078212.108. PMC 2577856 . PMID  18714091. 
  15. ^ Li, H.; Coghlan, A.; Ruan, J.; Moneda, LJ; Heriché, JK; Osmotherly, L.; Li, R.; Liu, T.; Zhang, Z.; Bolund, L.; Wong, GK; Zheng, W.; Dehal, P.; Wang, J.; Durbin, R. (2006). "TreeFam: una base de datos seleccionada de árboles filogenéticos de familias de genes animales". Investigación de ácidos nucleicos . 34 (90001): D572–D580. doi : 10.1093/nar/gkj118. PMC 1347480 . PMID  16381935. 
  16. ^ "Miembros actuales del laboratorio - Altshuler Lab". broadinstitute.org . 25 de mayo de 2010 . Consultado el 11 de septiembre de 2014 .
  17. ^ "Heng Li - Citas de Google Scholar". academic.google.co.uk . Consultado el 16 de abril de 2015 .
  18. ^ "Heng Li le da crédito al pedigrí de Durbin por aceptar el premio Franklin". bio-itworld.com . Consultado el 11 de septiembre de 2014 .