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Mark B. Gerstein

Mark Bender Gerstein es un científico estadounidense que trabaja en bioinformática y ciencia de datos . Desde 2009 es codirector del programa de Biología Computacional y Bioinformática de Yale .

Mark Gerstein es profesor Albert L. Williams de Informática Biomédica , profesor de Biofísica Molecular y Bioquímica , profesor de Estadística y Ciencia de Datos y profesor de Ciencias de la Computación en la Universidad de Yale . [8] En 2018, Gerstein fue nombrado codirector del Centro de Yale para la Ciencia de Datos Biomédicos. [9]

Educación

Después de graduarse summa cum laude de Harvard College con una licenciatura en Artes en física en 1989, Gerstein hizo un doctorado co-supervisado por Ruth Lynden-Bell [5] en la Universidad de Cambridge y Cyrus Chothia en el Laboratorio de Biología Molecular sobre el cambio conformacional en proteínas, graduándose en 1993. [10] Luego pasó a una investigación postdoctoral en bioinformática en la Universidad de Stanford de 1993 a 1996 supervisado por el premio Nobel Michael Levitt .

Investigación

Gerstein realiza investigaciones en el campo de la bioinformática . [3] [11] [12] Esto implica aplicar una variedad de enfoques computacionales a problemas en biología molecular , incluyendo minería de datos y aprendizaje automático, simulación molecular y diseño de bases de datos. Su grupo de investigación tiene varios focos que incluyen la anotación del genoma humano, [13] genómica personal , genómica del cáncer , construcción de herramientas en apoyo de tecnologías genómicas (como secuenciación de próxima generación), análisis de redes moleculares y simulación de movimientos macromoleculares. Las bases de datos y herramientas notables que el grupo ha desarrollado incluyen la Base de datos de movimientos macromoleculares , [6] [7] que categoriza el cambio conformacional macromolecular ; tYNA, [14] que ayuda a analizar redes moleculares; PubNet, [15] que analiza redes de publicación; PeakSeq, [16] que identifica regiones en el genoma unidas por factores de transcripción particulares; y CNVnator, [17] que categoriza variantes de bloque en el genoma. Gerstein también ha escrito extensamente sobre cómo las cuestiones generales de la ciencia de datos impactan en la genómica, en particular, en relación con la privacidad [18] y la estructuración de la comunicación científica. [19]

El trabajo de Gerstein ha sido publicado en revistas científicas revisadas por pares [20] [21] [22] y publicaciones no científicas en foros más populares. [23] Su trabajo ha sido ampliamente citado, con una H mayor que 100. [3] Forma parte de varios consejos editoriales y asesores, incluidos los de PLoS Computational Biology , Genome Research , Genome Biology y Molecular Systems Biology . Ha sido citado en el New York Times, [24] [25] [26] incluso en la portada, [13] y en otros periódicos importantes. [27]

Premios y honores

Además de un premio WM Keck Foundation Distinguished Young Scholars, [28] Gerstein ha recibido premios de la Marina de los EE. UU. , IBM , Pharmaceutical Research and Manufacturers of America y la Fundación Donaghue. [29] Es miembro de la AAAS . [1] Otros premios incluyen una beca Herchel-Smith que apoya su trabajo de doctorado en Emmanuel College, Cambridge y una beca postdoctoral de la Damon Runyon Cancer Research Foundation . Es colaborador de varios consorcios científicos, incluidos ENCODE , [30] modENCODE , [31] [32] [33] 1000 Genomes Project , Brainspan, [34] y DOE Kbase. [ cita requerida ] Fue nombrado miembro de la Sociedad Internacional de Biología Computacional en 2015. [2]

Referencias

  1. ^ ab "Científicos de Yale reciben beca AAAS".
  2. ^ ab "Conozca a la Clase de Becarios ISCB 2015". Sociedad Internacional de Biología Computacional . Archivado desde el original el 20 de febrero de 2015.
  3. ^ abc Publicaciones de Mark B. Gerstein indexadas por Google Scholar
  4. ^ Gerstein, M. ; Chothia, C. (1991). "Análisis del cierre de bucles de proteínas. Dos tipos de bisagras producen un movimiento en la lactato deshidrogenasa". Journal of Molecular Biology . 220 (1): 133–149. doi :10.1016/0022-2836(91)90387-L. PMID  2067013.
  5. ^ de Mark B. Gerstein en el Proyecto de genealogía matemática
  6. ^ ab Krebs, Werner G. (2002). La base de datos de movimientos macromoleculares: un sistema estandarizado para analizar y visualizar movimientos macromoleculares en un marco de base de datos (tesis doctoral). Universidad de Yale. OCLC  54626123.
  7. ^ ab Gerstein, M; Krebs, W (1998). "Una base de datos de movimientos macromoleculares". Nucleic Acids Research . 26 (18): 4280–90. doi :10.1093/nar/26.18.4280. PMC 147832 . PMID  9722650. 
  8. ^ Publicaciones de Mark B. Gerstein indexadas en la base de datos bibliográfica Scopus . (se requiere suscripción)
  9. ^ Xiong, Amy (9 de febrero de 2018). "Yale establece un centro de ciencia de datos biomédicos". yaledailynews.com . Consultado el 27 de septiembre de 2020 .
  10. ^ Gerstein, Mark (1993). Reconocimiento de proteínas: superficies y cambios conformacionales (tesis doctoral). Universidad de Cambridge.
  11. ^ Durbin, RM ; Abecasis, GR ; Altshuler, RM; Auton, GAR; Brooks, DR; Durbin, A.; Gibbs, AG; Hurles, FS; McVean, FM; Donnelly, P.; Egholm, M.; Flicek, P.; Gabriel, SB; Gibbs, RA; Knoppers, BM; Lander, ES; Lehrach, H.; Mardis, ER; McVean, GA; Nickerson, DA; Peltonen, L.; Schafer, AJ; Sherry, ST; Wang, J.; Wilson, RK; Gibbs, RA; Deiros, D.; Metzker, M.; Muzny, D.; et al. (2010). "Un mapa de la variación del genoma humano a partir de la secuenciación a escala poblacional". Nature . 467 (7319): 1061–1073. Código Bibliográfico : 2010Natur.467.1061T. doi :10.1038/nature09534. PMC 3042601. PMID 20981092  . 
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  14. ^ Yip, KY; Yu, H; Kim, PM; Schultz, M; Gerstein, M (2006). "La plataforma tYNA para interactómica comparativa: una herramienta web para gestionar, comparar y extraer múltiples redes". Bioinformática . 22 (23): 2968–70. doi : 10.1093/bioinformatics/btl488 . PMID  17021160.
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  20. ^ Mark Gerstein en el servidor de bibliografía DBLP
  21. ^ Publicaciones de Mark B. Gerstein indexadas por Microsoft Academic
  22. ^ Giaever, G.; Chu, AM; Ni, L.; Connelly, C.; Riles, L.; Veronneau, S.; Dow, S.; Lucau-Danila, A.; Anderson, K.; André, B.; Arkin, AP; Astromoff, A.; El-Bakkoury, M.; Bangham, R.; Benito, R.; Brachat, S.; Campanaro, S.; Curtiss, M.; Davis, K.; Deutschbauer, A.; Entian, KD; Flaherty, P.; Cuatro, F.; Garfinkel, DJ; Gerstein, M.; Gotte, D.; Güldener, U.; Hegemann, JH; Hempel, S.; Herman, Z. (2002). "Perfil funcional del genoma de Saccharomyces cerevisiae". Naturaleza . 418 (6896): 387–391. Código Bibliográfico : 2002Natur.418..387G. doi :10.1038/nature00935. PMID  12140549. S2CID  4400400.
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