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Mark B. Gerstein

Mark Bender Gerstein es un científico estadounidense que trabaja en bioinformática y ciencia de datos . A partir de 2009 , es codirector del programa de Biología Computacional y Bioinformática de Yale .

Mark Gerstein es profesor Albert L. Williams de Informática Biomédica , profesor de Biofísica y Bioquímica Molecular , profesor de Estadística y Ciencia de Datos y profesor de Ciencias de la Computación en la Universidad de Yale . [8] En 2018, Gerstein fue nombrado codirector del Centro de Ciencia de Datos Biomédicos de Yale. [9]

Educación

Después de graduarse summa cum laude de la Universidad de Harvard con una Licenciatura en Física en 1989, Gerstein realizó un doctorado co-supervisado por Ruth Lynden-Bell [5] en la Universidad de Cambridge y Cyrus Chothia en el Laboratorio de Biología Molecular sobre el cambio conformacional. en proteínas, graduándose en 1993. [10] Luego realizó una investigación postdoctoral en bioinformática en la Universidad de Stanford de 1993 a 1996, supervisada por el premio Nobel Michael Levitt .

Investigación

Gerstein investiga en el campo de la bioinformática . [3] [11] [12] Esto implica aplicar una variedad de enfoques computacionales a problemas en biología molecular , incluida la minería de datos y el aprendizaje automático, la simulación molecular y el diseño de bases de datos. Su grupo de investigación se centra en una serie de temas que incluyen anotar el genoma humano, [13] genómica personal , genómica del cáncer , crear herramientas que respalden las tecnologías del genoma (como la secuenciación de próxima generación), analizar redes moleculares y simular movimientos macromoleculares. Las bases de datos y herramientas notables que el grupo ha desarrollado incluyen la Base de datos de movimientos macromoleculares , [6] [7] que categoriza el cambio conformacional macromolecular ; tYNA, [14] que ayuda a analizar redes moleculares; PubNet, [15] que analiza las redes de publicación; PeakSeq, [16] que identifica regiones del genoma unidas por factores de transcripción particulares; y CNVnator, [17] que clasifica variantes de bloque en el genoma. Gerstein también ha escrito extensamente sobre cómo las cuestiones generales de la ciencia de datos impactan en la genómica, en particular, en relación con la privacidad [18] y la estructuración de la comunicación científica. [19]

El trabajo de Gerstein se ha publicado en revistas científicas revisadas por pares [20] [21] [22] y publicaciones no científicas en foros más populares. [23] Su trabajo ha sido muy citado, con una H superior a 100. [3] Es miembro de varios consejos editoriales y asesores, incluidos los de PLoS Computational Biology , Genome Research , Genome Biology y Molecular Systems Biology . Ha sido citado en el New York Times, [24] [25] [26] incluso en la portada, [13] y en otros periódicos importantes. [27]

Premios y honores

Además del premio para Jóvenes Académicos Distinguidos de la Fundación WM Keck , [28] Gerstein ha recibido premios de la Marina de los EE. UU. , IBM , Pharmaceutical Research and Manufacturers of America y la Fundación Donaghue. [29] Es miembro de la AAAS . [1] Otros premios incluyen una beca Herchel-Smith que apoya su trabajo doctoral en Emmanuel College, Cambridge y una beca postdoctoral de la Damon Runyon Cancer Research Foundation . Es colaborador de varios consorcios científicos, incluidos ENCODE , [30] modENCODE , [31] [32] [33] 1000 Genomes Project , Brainspan, [34] y DOE Kbase. [ cita necesaria ] Fue nombrado miembro de la Sociedad Internacional de Biología Computacional en 2015. [2]

Referencias

  1. ^ ab "Científicos de Yale reciben una beca AAAS".
  2. ^ ab "Conozca a la promoción de becarios ISCB de 2015". Sociedad Internacional de Biología Computacional . Archivado desde el original el 20 de febrero de 2015.
  3. ^ Publicaciones de abc Mark B. Gerstein indexadas por Google Scholar
  4. ^ Gerstein, M .; Chothia, C. (1991). "Análisis del cierre del bucle de proteínas. Dos tipos de bisagras producen un movimiento en la lactato deshidrogenasa". Revista de biología molecular . 220 (1): 133-149. doi :10.1016/0022-2836(91)90387-L. PMID  2067013.
  5. ^ ab Mark B. Gerstein en el Proyecto de genealogía de matemáticas
  6. ^ ab Krebs, Werner G. (2002). La base de datos de movimientos macromoleculares: un sistema estandarizado para analizar y visualizar movimientos macromoleculares en un marco de base de datos (tesis doctoral). Universidad de Yale. OCLC  54626123.
  7. ^ ab Gerstein, M; Krebs, W (1998). "Una base de datos de movimientos macromoleculares". Investigación de ácidos nucleicos . 26 (18): 4280–90. doi :10.1093/nar/26.18.4280. PMC 147832 . PMID  9722650. 
  8. ^ Publicaciones de Mark B. Gerstein indexadas por la base de datos bibliográfica Scopus . (requiere suscripción)
  9. ^ Xiong, Amy (9 de febrero de 2018). "Yale establece un centro de ciencia de datos biomédicos". yaledailynews.com . Consultado el 27 de septiembre de 2020 .
  10. ^ Gerstein, Mark (1993). Reconocimiento de proteínas: superficies y cambio conformacional (tesis doctoral). Universidad de Cambridge.
  11. ^ Durbin, RM ; Abecasis, GR ; Altshuler, RM; Auton, GAR; Brooks, DR; Durbin, A.; Gibbs, AG; Hurles, FS; McVean, FM; Donnelly, P.; Egholm, M.; Flicek, P.; Gabriel, SB; Gibbs, RA; Knoppers, BM; Lander, ES; Lehrach, H.; Mardis, ER; McVean, Georgia; Nickerson, fiscal del distrito; Peltonen, L.; Schafer, AJ; Jerez, ST; Wang, J.; Wilson, RK; Gibbs, RA; Deiros, D.; Metzker, M.; Muzny, D.; et al. (2010). "Un mapa de la variación del genoma humano a partir de la secuenciación a escala poblacional". Naturaleza . 467 (7319): 1061–1073. Código Bib : 2010Natur.467.1061T. doi : 10.1038/naturaleza09534. PMC 3042601 . PMID  20981092. 
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  21. ^ Publicaciones de Mark B. Gerstein indexadas por Microsoft Academic
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