GROningen MOlecular Simulation (GROMOS) es el nombre de un campo de fuerza para la simulación de dinámica molecular y un paquete de software informático relacionado. Ambos se desarrollan en la Universidad de Groningen y en el Grupo de Química Asistida por Computadora [1] del Laboratorio de Química Física [2] del Instituto Federal Suizo de Tecnología ( ETH Zurich ). En Groningen, Herman Berendsen participó en su desarrollo. [3]
El campo de fuerza del átomo unido se optimizó con respecto a las propiedades de la fase condensada de los alcanos .
Versiones
GROMOS87
Los átomos de hidrógeno alifáticos y aromáticos se incluyeron de manera implícita al representar el átomo de carbono y los átomos de hidrógeno unidos como un grupo centrado en el átomo de carbono, un campo de fuerza atómico unido. Los parámetros de fuerza de van der Waals se derivaron de cálculos de las estructuras cristalinas de los hidrocarburos y de los aminoácidos utilizando radios de corte no enlazados cortos (0,8 nm). [4]
GROMOS96
En 1996, se publicó una reescritura sustancial del paquete de software. [5] [6] El campo de fuerza también se mejoró, por ejemplo, de la siguiente manera: los grupos CH n alifáticos se representaron como átomos unidos con interacciones de van der Waals reparametrizadas sobre la base de una serie de simulaciones de dinámica molecular de alcanos líquidos modelo utilizando radios de corte no enlazados largos (1,4 nm). [7] Esta versión se está refinando continuamente y hay varios conjuntos de parámetros diferentes disponibles. GROMOS96 incluye estudios de dinámica molecular, dinámica estocástica y minimización de energía. El componente de energía también era parte del GROMOS anterior, llamado GROMOS87. GROMOS96 se planificó y concibió durante un tiempo de 20 meses. El paquete está compuesto por 40 programas diferentes, cada uno con una función esencial diferente. Un ejemplo de dos programas importantes dentro de GROMOS96 son PROGMT, encargado de construir la topología molecular y también PROPMT, cambiando la topología molecular clásica a la topología molecular integral de trayectorias.
GRUMOS05
En 2005 se introdujo una versión actualizada del paquete de software. [8]
GRUPOS11
La versión actual de GROMOS está fechada en mayo de 2011.
Conjuntos de parámetros
Algunos de los conjuntos de parámetros de campos de fuerza que se basan en el campo de fuerza GROMOS. La versión A se aplica a soluciones acuosas o apolares de proteínas , nucleótidos y azúcares . La versión B se aplica a moléculas aisladas (fase gaseosa).
54
- 54A7 [9] - 53A6 términos de ángulo de torsión tomados y ajustados para reproducir mejor las propensiones helicoidales, repulsión N–H, C=O alterada, nuevo grupo de carga CH 3 , parametrización de Na + y Cl − para mejorar la energía libre de hidratación y nuevos diedros impropios.
- 54B7 [9] - 53B6 tomado al vacío y cambiado de la misma manera que 53A6 a 54A7.
53
- 53A5 [10] - optimizado mediante un primer ajuste para reproducir las propiedades termodinámicas de líquidos puros de una gama de pequeñas moléculas polares y las entalpías libres de solvatación de análogos de aminoácidos en ciclohexano, es una expansión y renumeración de 45A3.
- 53A6 [10] - 53A5 Se tomaron y ajustaron cargas parciales para reproducir entalpías libres de hidratación en agua, recomendadas para simulaciones de biomoléculas en agua explícita.
45
- 45A3 [11] - adecuado para aplicar a agregados lipídicos como membranas y micelas , para sistemas mixtos de alifáticos con o sin agua, para polímeros y otros sistemas apolares que puedan interactuar con diferentes biomoléculas.
- 45A4 [12] - 45A3 reparametrizado para mejorar la representación del ADN .
43
Véase también
Referencias
- ^ Grupo de química asistida por ordenador, ETH Zurich
- ^ Laboratorio de química física, ETH Zurich
- ^ "Premio Berni J. Alder CECAM". Centro europeo de cálculo atómico y molecular. Archivado desde el original el 13 de abril de 2016 . Consultado el 25 de abril de 2016 .
- ^ WF van Gunsteren y HJC Berendsen, Manual de la biblioteca de simulación molecular de Groningen (GROMOS) , BIOMOS bv, Groningen, 1987.
- ^ van Gunsteren, WF; Billeter, SR; Eising, AA; Hünenberger, PH; Krüger, P.; Marcos, AE; Scott, WRP; Tironi, IG Simulación biomolecular: manual y guía del usuario de GROMOS96 ; vdf Hochschulverlag AG an der ETH Zürich y BIOMOS bv: Zürich, Groningen, 1996.
- ^ "El paquete de programas de simulación biomolecular GROMOS", WRP Scott, PH Huenenberger, IG Tironi, AE Mark, SR Billeter, J. Fennen, AE Torda, T. Huber, P. Krueger y WF van Gunsteren. J. Phys. Chem. A , 103 , 3596–3607.
- ^ "Un campo de fuerza GROMOS96 mejorado para hidrocarburos alifáticos en la fase condensada". Journal of Computational Chemistry 22 (11), agosto de 2001, 1205–1218 por Lukas D. Schuler, Xavier Daura, Wilfred F. van Gunsteren.
- ^ "El software GROMOS para simulación biomolecular: GROMOS05". Christen M, Hünenberger PH, Bakowies D, Baron R, Bürgi R, Geerke DP, Heinz TN, Kastenholz MA, Kräutler V, Oostenbrink C, Peter C, Trzesniak D, van Gunsteren WF. J Comput Chem 26 (16): 1719–51 PMID 16211540
- ^ ab Schmid N., Eichenberger A., Choutko A., Riniker S., Winger M., Mark A. y van Gunsteren W., "Definición y prueba de las versiones 54A7 y 54B7 del campo de fuerza GROMOS", European Biophysics Journal , 40(7) , (2011), 843–856 [1].
- ^ ab Oostenbrink C., Villa, A., Mark, AE, y van Gunsteren, W., "Un campo de fuerza biomolecular basado en la entalpía libre de hidratación y solvatación: los conjuntos de parámetros del campo de fuerza GROMOS 53A5 y 53A6", Journal of Computational Chemistry , 25 , (2004), 1656–1676 [2].
- ^ Schuler, LD, Daura, X. y van Gusteren, WF, Un campo de fuerza GROMOS96 mejorado para hidrocarburos alifáticos en la fase condensada, Journal of Computational Chemistry 22(11) , (2001), 1205–1218 [3].
- ^ Soares, TA, Hünenberger, PH, Kastenholz, MA, Kräutler, V., Lenz, T., Lins, RD, Oostenbrink, C. y van Gunsteren, WF, Un conjunto mejorado de parámetros de ácidos nucleicos para el campo de fuerza GROMOS, Journal of Computational Chemistry , 26(7) , (2005), 725–737, [4].
- ^ ab van Gunsteren, WF, Billeter, SR, Eking, AA, Hiinenberger, PH, Kriiger, P., Mark, AE, Scott, WRP y Tironi, IG, Simulación biomolecular, Manual y guía del usuario de GROMOS96 , vdf Hochschulverlag AG an der ETH Ziirich y BIOMOS bv, Zurich, Groningen, 1996.
Enlaces externos
