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Surfista libre

Una captura de pantalla de la aplicación FreeView incluida en FreeSurfer.

FreeSurfer es un software de imágenes cerebrales desarrollado originalmente por Bruce Fischl, Anders Dale , Martin Sereno y Doug Greve. [2] El desarrollo y mantenimiento de FreeSurfer ahora es responsabilidad principal del Laboratorio de Neuroimagen Computacional [3] en el Centro Athinoula A. Martinos para Imágenes Biomédicas . FreeSurfer contiene un conjunto de programas con un enfoque común de analizar exploraciones de imágenes por resonancia magnética (IRM) del tejido cerebral. Es una herramienta importante en el mapeo cerebral funcional y contiene herramientas para realizar análisis basados ​​​​en volumen y superficie. [4] FreeSurfer incluye herramientas para la reconstrucción de modelos topológicamente correctos y geométricamente precisos tanto de las superficies gris/blanca como pial , para medir el grosor cortical, el área de superficie y el plegamiento, y para calcular el registro intersujeto basado en el patrón de pliegues corticales.

Se han registrado 57.541 copias del paquete de software FreeSurfer para su uso hasta abril de 2022 [5] y es una herramienta fundamental en los procesos de procesamiento del Proyecto Conectoma Humano , [6] el Biobanco del Reino Unido , [7] el Estudio del Desarrollo Cognitivo del Cerebro Adolescente, [8] y la Iniciativa de Neuroimagen de la Enfermedad de Alzheimer . [9]

FreeSurfer transforma las superficies corticales en esferas para facilitar las comparaciones entre sujetos.

Uso

El flujo de procesamiento de FreeSurfer está controlado por un script de shell llamado recon-all . [10] El script llama a programas componentes que organizan imágenes de MRI sin procesar en formatos que se pueden usar fácilmente para análisis morfométricos y estadísticos. FreeSurfer segmenta automáticamente el volumen y parcela la superficie en regiones de interés (ROI) estandarizadas. Freesurfer utiliza un método esférico transformado para promediar entre sujetos para el análisis estadístico ( modelo lineal general ) con la herramienta mri_glmfit [11] . FreeSurfer contiene una gama de paquetes que permiten un amplio espectro de usos, incluidos:

Interoperación

FreeSurfer interopera fácilmente con FMRIB Software Library (FSL), una biblioteca integral para análisis de imágenes escrita por el grupo Functional MRI of the Brain (FMRIB) en Oxford, Reino Unido. Los resultados de activación funcional obtenidos utilizando FreeSurfer Functional Analysis Stream (FS-FAST) o las herramientas FSL se pueden superponer sobre superficies corticales infladas, esféricas o aplanadas utilizando FreeSurfer. Los datos de Statistical Parametric Mapping (SPM) se pueden integrar en los conjuntos de datos de FreeSurfer a través de herramientas incluidas en el paquete FreeSurfer. [18] FreeSurfer también utiliza kits de herramientas de MNI MINC, VXL , Tcl / Tk /Tix/BLT, VTK ., KWWidgets y Qt, [19] que están todos disponibles con la distribución. Otros programas de neuroimagen como Caret , AFNI/SUMA , MNE y 3D Slicer también pueden importar datos procesados ​​por FreeSurfer.

Descargar

FreeSurfer funciona en Mac OS y Linux. El registro gratuito y la instalación de los binarios están disponibles sin costo, pero se necesita una clave de licencia (archivo de texto) para ejecutar los binarios de FreeSurfer. [20] Se puede encontrar documentación en la Wiki de FreeSurfer [21] y se ofrece soporte limitado de los desarrolladores y la comunidad a través de la lista de correo de FreeSurfer.

Referencias seleccionadas

A continuación, se incluye una muestra de referencias que el equipo de FreeSurfer recomienda que los investigadores citen al publicar hallazgos obtenidos a través de FreeSurfer. [22] Los recuentos de citas se obtuvieron a través de Google Scholar a agosto de 2019.

Véase también

Referencias

  1. ^ [1] Página de licencia del software FreeSurfer
  2. ^ Fischl, Bruce (15 de agosto de 2012). "FreeSurfer". NeuroImage . 62 (2): 774–781. doi :10.1016/j.neuroimage.2012.01.021. ISSN  1053-8119. PMC  3685476 . PMID  22248573.
  3. ^ "Laboratorio de Neuroimagen Computacional | Centro Martinos de Imágenes Biomédicas MGH/HST".
  4. ^ Dale, Anders M.; Fischl, Bruce; Serenob, Martin I. (febrero de 1999). "Análisis basado en la superficie cortical: I. Segmentación y reconstrucción de la superficie" (PDF) . NeuroImage . 9 (2): 179–194. doi :10.1006/nimg.1998.0395. PMID  9931268. S2CID  2807360 . Consultado el 29 de agosto de 2018 .
  5. ^ [2] Estadísticas de FreeSurfer de la wiki oficial de FreeSurfer
  6. ^ Glasser, Matthew F.; Sotiropoulos, Stamatios N; Wilson, J Anthony; Coalson, Timothy S; Fischl, Bruce; Andersson, Jesper L; Xu, Junqian; Jbabdi, Saad; Webster, Matthew; Polimeni, Jonathan R; Van Essen, David C; Jenkinson, Mark (15 de octubre de 2013). "Las líneas de preprocesamiento mínimas para el proyecto del conectoma humano". NeuroImage . 80 : 105–124. doi :10.1016/j.neuroimage.2013.04.127. ISSN  1053-8119. PMC 3720813 . PMID  23668970. 
  7. ^ Smith, Stephen M.; Miller, Karla L.; Matthews, Paul M.; Dragonu, Iulius; Zhang, Hui; Alexander, Daniel C.; Daducci, Alessandro; Rorden, Christopher; McCarthy, Paul; Webster, Matthew; Vidaurre, Diego; Vallee, Emmanuel; Hernandez-Fernandez, Moises; Jbabdi, Saad; Sotiropoulos, Stamatios N.; Douaud, Gwenaëlle; Griffanti, Ludovica; Andersson, Jesper LR; Bangerter, Neal K.; Jenkinson, Mark; Alfaro-Almagro, Fidel (24 de abril de 2017). "Procesamiento de imágenes y control de calidad para los primeros 10 000 conjuntos de datos de imágenes cerebrales del Biobanco del Reino Unido". bioRxiv : 130385. doi : 10.1101/130385 . tamaño de archivo : 11343/256303 .
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  19. ^ [4] Guía del desarrollador
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  21. ^ [6] Wiki de FreeSurfer
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