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banco de medicamentos

La base de datos DrugBank es una base de datos en línea integral y de libre acceso que contiene información sobre medicamentos y objetivos farmacológicos creada y mantenida por la Universidad de Alberta y el Centro de Innovación en Metabolómica ubicado en Alberta , Canadá. [1] Como recurso bioinformático y quimioinformático , DrugBank combina datos detallados de fármacos (es decir, químicos, farmacológicos y farmacéuticos) con información completa sobre el objetivo del fármaco (es decir, secuencia, estructura y vía). [1] [2] DrugBank ha utilizado contenido de Wikipedia ; [3] Wikipedia también suele enlazar con Drugbank, lo que plantea posibles problemas de informes circulares . [3]

El sitio web de DrugBank Online está disponible para el público como recurso de acceso gratuito. Sin embargo, el uso y la redistribución del contenido de DrugBank Online o los datos subyacentes de DrugBank, en su totalidad o en parte, y para cualquier propósito requiere una licencia. Los usuarios académicos pueden solicitar una licencia gratuita para determinados casos de uso, mientras que todos los demás usuarios requieren una licencia paga.

La última versión de la base de datos (versión 5.0) contiene 9591 entradas de medicamentos, incluidos 2037 medicamentos de molécula pequeña aprobados por la FDA , 241 medicamentos biotecnológicos ( proteínas / péptidos ) aprobados por la FDA , 96 nutracéuticos y más de 6000 medicamentos experimentales . [4] Además, 4270 secuencias de proteínas no redundantes (es decir, objetivo del fármaco/ enzima /transportador/portador) están vinculadas a estas entradas de fármaco. Cada entrada de DrugCard (Fig. 1) contiene más de 200 campos de datos; la mitad de la información está dedicada a datos de fármacos/químicos y la otra mitad a datos de proteínas o objetivos de fármacos. [4]

Cuatro bases de datos adicionales, HMDB, [5] T3DB, [6] SMPDB [7] y FooDB también forman parte de un conjunto general de bases de datos metabolómicas / quimioinformáticas . HMDB contiene información equivalente sobre más de 40 000 metabolitos humanos, T3DB contiene información sobre 3100 toxinas comunes y contaminantes ambientales , SMPDB contiene diagramas de rutas para casi 700 vías metabólicas humanas y vías de enfermedades, mientras que FooDB contiene información equivalente sobre ~28 000 componentes y aditivos alimentarios .

Historial de versiones

La primera versión de DrugBank se publicó en 2006. [1] Esta primera versión contenía información relativamente modesta sobre 841 medicamentos de molécula pequeña aprobados por la FDA y 113 medicamentos biotecnológicos. También incluía información sobre 2133 objetivos farmacológicos. La segunda versión de DrugBank se lanzó en 2009. [2] Esta versión enormemente ampliada y mejorada de la base de datos incluía 1344 medicamentos de molécula pequeña aprobados y 123 medicamentos biotecnológicos, así como 3037 objetivos farmacológicos únicos. La versión 2.0 también incluyó, por primera vez, drogas retiradas y drogas ilícitas , extensas interacciones entre alimentos y medicamentos, así como parámetros ADMET (absorción, distribución, metabolismo, excreción y toxicidad). La versión 3.0 se lanzó en 2011. [8] Esta versión contenía 1424 fármacos de molécula pequeña aprobados y 132 fármacos biotecnológicos, así como >4000 objetivos farmacológicos únicos. La versión 3.0 también incluía datos sobre transportadores de medicamentos, datos sobre rutas de medicamentos, precios de medicamentos, datos de patentes y fabricación, así como datos sobre más de 5000 medicamentos experimentales. La versión 4.0 se lanzó en 2014. [4] Esta versión incluía 1558 medicamentos de molécula pequeña aprobados por la FDA, 155 medicamentos biotecnológicos y 4200 objetivos farmacológicos únicos. La versión 4.0 también incorporó amplia información sobre metabolitos de fármacos (estructuras y reacciones), taxonomía de fármacos, espectros de fármacos, constantes de unión de fármacos e información sobre síntesis de fármacos. La Tabla 1 proporciona un resumen estadístico más completo de la historia del desarrollo de DrugBank.

Alcance y acceso

Todos los datos de DrugBank se derivan de fuentes públicas no privadas. Casi todos los elementos de datos son totalmente rastreables y se hace referencia explícita a la fuente original. Los datos de DrugBank están disponibles a través de una interfaz web pública. [9]

Ver también

Wikidata tiene la propiedad:
  • ID de DrugBank (P715) (ver usos )

Referencias

  1. ^ abcd Wishart, DS ; KnoxC; Guo AC; et al. (Enero de 2006). "DrugBank: un recurso integral para el descubrimiento y la exploración de fármacos in silico". Investigación de ácidos nucleicos . 34 (Problema de base de datos): D668-72. doi : 10.1093/nar/gkj067. PMC  1347430 . PMID  16381955.
  2. ^ ab Wishart, DS; KnoxC; Guo AC; et al. (Enero de 2008). "DrugBank: una base de conocimientos sobre fármacos, acciones farmacológicas y objetivos farmacológicos". Investigación de ácidos nucleicos . 36 (Problema de base de datos): D901-6. doi : 10.1093/nar/gkm958. PMC 2238889 . PMID  18048412. 
  3. ^ ab Harrison, Stephen (7 de marzo de 2019). "El vertiginoso problema de los" hechos "de Wikipedia sin citas que cobran vida propia". Revista Pizarra . Consultado el 9 de noviembre de 2019 .
  4. ^ Ley abc, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D; Wilson, M; Neveu, V; Tang, A; Gabriel, G; Ly, C; Adamjee, S; Dama, ZT; Han, B; Zhou, Y; Wishart, DS (enero de 2014). "DrugBank 5.0: arrojando nueva luz sobre el metabolismo de los fármacos". Investigación de ácidos nucleicos . 42 (Problema de base de datos): D1091-7. doi : 10.1093/nar/gkt1068. PMC 3965102 . PMID  24203711. 
  5. ^ Wishart, DS; Guo, AC; Eisner, R; Joven, N; Gautama, B; Hau, DD; Psicólogos, N; Dong, E; Bouatra, S; Mandal, R; Sinelnikov, yo; Xia, J; Jia, L; Cruz, JA; Cal; Sobsey, California; Shrivastava, S; Huang, P; Liu, P; Colmillo, L; Peng, J; Fradette, R; Cheng, D; Tzur, D; Clementes, M; Luis, A; De Souza, A; Zúñiga, A; Dawe, M; Xiong, Y; Clive, D; Greiner, R; Nazirova, A; Shaykhutdinov, R; Pequeño; Vogel, HJ; Forsythe, yo (enero de 2009). "HMDB: una base de conocimientos para el metaboloma humano". Investigación de ácidos nucleicos . 37 (Problema de base de datos): D603-10. doi : 10.1093/nar/gkn810. PMC 2686599 . PMID  18953024. 
  6. ^ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; KnoxC; Srivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Enero de 2010). "T3DB: una base de datos completamente comentada sobre toxinas comunes y sus objetivos". Investigación de ácidos nucleicos . 38 (Problema de base de datos): D781-6. doi : 10.1093/nar/gkp934. PMC 2808899 . PMID  19897546. 
  7. ^ judío, T; SuY; Disfany FM; et al. (Enero de 2014). "Base de datos de rutas de moléculas pequeñas". Investigación de ácidos nucleicos . 42 (Problema de base de datos): D478-84. doi : 10.1093/nar/gkt1067. PMC 3965088 . PMID  24203708. 
  8. ^ Knox, C; Ley, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (Enero de 2011). "DrugBank 3.0: un recurso integral para la investigación 'ómica' sobre drogas". Investigación de ácidos nucleicos . 39 (Problema de base de datos): D1035-41. doi : 10.1093/nar/gkq1126. PMC 3013709 . PMID  21059682. 
  9. ^ Wishart, David S. (2006). "DrugBank: un recurso integral para el descubrimiento y la exploración de fármacos in silico". Investigación de ácidos nucleicos . 34 (suplemento_1): 668–672. doi : 10.1093/nar/gkj067. PMC 1347430 . PMID  16381955.