ChEMBL o ChEMBLdb es una base de datos química seleccionada manualmente de moléculas bioactivas con propiedades inductoras de fármacos. [1] Es mantenido por el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI), del Laboratorio Europeo de Biología Molecular ( EMBL ), con sede en el Wellcome Trust Genome Campus , Hinxton, Reino Unido.
La base de datos, originalmente conocida como StARlite, fue desarrollada por una empresa de biotecnología llamada Inpharmatica Ltd. posteriormente adquirida por Galapagos NV . Los datos fueron adquiridos para EMBL en 2008 con un premio de The Wellcome Trust , [2] lo que resultó en la creación del grupo de quimiogenómica ChEMBL en EMBL-EBI, dirigido por John Overington. [3] [4]
La base de datos ChEMBL contiene datos de bioactividad de compuestos contra objetivos farmacológicos. La bioactividad se informa en Ki, Kd, IC50 y EC50. [5] Los datos se pueden filtrar y analizar para desarrollar bibliotecas de detección de compuestos para la identificación de clientes potenciales durante el descubrimiento de fármacos. [6]
La versión 2 de ChEMBL (ChEMBL_02) se lanzó en enero de 2010 e incluye 2,4 millones de mediciones de bioensayos que cubren 622.824 compuestos, incluidos 24.000 productos naturales. Esto se obtuvo a partir de la curación de más de 34.000 publicaciones en doce revistas de química medicinal . La cobertura de ChEMBL de los datos de bioactividad disponibles ha crecido hasta convertirse en "la más completa jamás vista en una base de datos pública". [3] En octubre de 2010 se lanzó ChEMBL versión 8 (ChEMBL_08), con más de 2,97 millones de mediciones de bioensayos que cubren 636.269 compuestos. [7]
ChEMBL_10 vio la adición de los ensayos de confirmación PubChem , para integrar datos que sean comparables al tipo y clase de datos contenidos en ChEMBL. [8]
Se puede acceder a ChEMBLdb a través de una interfaz web o descargarlo mediante el Protocolo de transferencia de archivos . Tiene un formato que permite la extracción de datos computarizada e intenta estandarizar las actividades entre diferentes publicaciones para permitir el análisis comparativo. [1] ChEMBL también está integrado en otros recursos químicos a gran escala, incluidos PubChem y el sistema ChemSpider de la Royal Society of Chemistry .
Además de la base de datos, el grupo ChEMBL ha desarrollado herramientas y recursos para la minería de datos. [9] Estos incluyen Kinase SARfari, un banco de trabajo de quimiogenómica integrado centrado en quinasas . El sistema incorpora y vincula secuencias, estructuras, compuestos y datos de detección .
GPCR SARfari es un banco de trabajo similar centrado en GPCR , y ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) es un depósito de datos de detección primaria y química medicinal de acceso abierto dirigido a enfermedades tropicales endémicas de las regiones en desarrollo de África, Asia y el Américas. El objetivo principal de ChEMBL-NTD es proporcionar un centro de distribución y archivo permanente y de libre acceso para los datos depositados. [3]
En julio de 2012 se lanzó un nuevo servicio de datos sobre malaria Archivado el 30 de julio de 2016 en Wayback Machine , patrocinado por Medicines for Malaria Venture (MMV), dirigido a investigadores de todo el mundo. Los datos de este servicio incluyen compuestos del conjunto de detección de Malaria Box, así como otros datos de malaria donados que se encuentran en ChEMBL-NTD.
myChEMBL, la máquina virtual ChEMBL, se lanzó en octubre de 2013 para permitir a los usuarios acceder a una infraestructura quimioinformática completa, gratuita y fácil de instalar.
En diciembre de 2013, las operaciones de la base de datos informática de patentes SureChem se transfirieron al EMBL-EBI. En un acrónimo, SureChem pasó a llamarse SureChEMBL.
En 2014 se introdujo el nuevo recurso ADME SARfari, una herramienta para predecir y comparar objetivos ADME entre especies. [10]
ChEMBL ID (P592) (ver usos )