La Copa Intertoto de la UEFA de 2006 fue la primera edición en la que se produjo un importante cambio en el formato de la competición. Solo hubo tres rondas en lugar de cinco, y once co-ganadores del torneo se clasificaron para la segunda ronda clasificatoria de la Copa de la UEFA (en lugar de tres equipos que se clasificaron para la primera ronda propiamente dicha). Además, por primera vez en la historia moderna de la competición, se destacó a un ganador absoluto entre los 11 co-ganadores de la Copa, y ese honor recayó en el ganador de la ronda final de la Intertoto que avanzó más lejos en la Copa de la UEFA. Este honor recayó en el Newcastle United .
Farul Constanţa ganó 4-2 en el global.
El Maribor ganó 8-0 en el global.
Ethnikos Achna ganó 5-4 en total.
Zrinjski ganó 4-1 en el global.
El Dinamo Tbilisi ganó 8-1 en el global.
El MTZ-RIPO Minsk ganó en el global 6-4.
Nitra ganó 12-2 en el global.
El Tiraspol ganó 2-1 en el global.
Keflavík ganó 4-1 en el global.
Dinaburg ganó 2-1 en el global.
El Tampere United ganó 8-1 en el global.
El Kalmar FF ganó 8-1 en el global.
Shelbourne ganó 5-0 en el global.
* El FK Zeta se clasificó para las competiciones de la UEFA de esta temporada como miembro de la Asociación de Fútbol de Serbia y Montenegro durante la temporada 2005/06, pero en el momento de ese partido ya era miembro de la Asociación de Fútbol de Montenegro . [3]
1 El partido se jugó en el campo del FK Partizan en Belgrado , Serbia , porque el campo del FK Zeta en Golubovci no cumple con los estándares de la UEFA . 2 El partido se jugó en Herzliya porque el campo del Maccabi Petah Tikva en Petah Tikva está en renovaciones.
El Kayserispor ganó 4-3 en el global.
Farul Constanţa ganó 3-2 en el global.
El Maribor ganó 4-1 en el global.
El Maccabi Petah Tikva ganó 4-2 en el global.
Con un resultado global de 2-2, el Ethnikos Achna ganó gracias a los goles de visitante.
Los Grasshoppers ganaron 4-0 en el global.
El Dnipro Dnipropetrovsk ganó 3-2 en el global.
El SV Ried ganó 4-1 en el global.
El Tiraspol ganó 4-1 en el global.
El FC Moscú ganó 3-0 en el global.
Kalmar FF ganó 5-3 en el global.
OB ganó 3-1 en el global.
Lillestrøm ganó 6-3 en el global.
El Hibernian ganó 8-0 en el global.
Los once equipos ganadores se clasificaron para la segunda ronda de clasificación de la Copa de la UEFA 2006-07 .
^jugado el 16 de julio
* Después de consultas con la UEFA , el 6 de junio de 2006, la Federación Italiana de Fútbol (FIGC) retiró al Palermo de la clasificación italiana . Debido al escándalo de arreglo de partidos en curso en Italia , la FIGC no pudo confirmar oficialmente la clasificación de la Serie A 2005-06 a tiempo para que el Palermo compitiera en la Copa Intertoto y, por lo tanto, el club francés Auxerre reemplazó al Palermo, de acuerdo con las regulaciones de la UEFA que rigen la Copa Intertoto.
El AJ Auxerre ganó 4-2 en el global.
El Kayserispor ganó 2-0 en el global.
El Maribor ganó 3-2 en el global.
Ethnikos Achna ganó 4-3 en el global.
Los Grasshoppers ganaron 3-2 en el global.
Con un resultado global de 2-2, el Marsella ganó gracias a los goles de visitante.
El Hertha BSC ganó 2-0 en el global.
El SV Ried ganó 4-2 en el global.
El Newcastle United ganó 4-1 en el global.
El Twente ganó 3-2 en el global.
2-2 en el global, OB ganó gracias a la regla de los goles de visitante.
Ocho de los once equipos que participaron en la Copa de la UEFA a través de la Copa Intertoto ganaron sus eliminatorias y avanzaron a la primera ronda. La mitad de estos ocho equipos sobrevivieron a la primera ronda y avanzaron a la fase de grupos. Solo el Newcastle United se aseguró un lugar en los dieciseisavos de final de la Copa de la UEFA y fue el último equipo restante de la Copa Intertoto, lo que lo convirtió en el ganador absoluto. Luego se clasificaron para los octavos de final. El capitán Scott Parker recibió un certificado conmemorativo del triunfo en St James Park antes de su eliminatoria contra el AZ .
Newcastle United (ganador general) (octavos de final, perdió ante el AZ )
Auxerre (Fase de grupos, cuarto puesto en el Grupo A).svg/1280px-Flag_of_Switzerland_(Pantone).svg.png){kind=small}
Grasshopper Zúrich (fase de grupos, quinto en el grupo C)
Odense (Fase de grupos, cuarto puesto en el Grupo D) Marsella (Primera ronda, perdió ante Mladá Boleslav )
Hertha BSC (Primera ronda, perdió contra Odense )
Kayserispor (Primera ronda, perdió ante el AZ ).svg/1280px-Flag_of_Cyprus_(1960%E2%80%932006).svg.png){kind=small}
Ethnikos Achna (Primera ronda, perdió ante Lens )
Twente (Segunda ronda de clasificación, perdió ante el Levadia Tallinn )
Ried (Segunda ronda de clasificación, perdió contra Sion )
Maribor (Segunda ronda de clasificación, perdió ante Partizan )