En 1789 fue designado como un demostrador de anatomía en el Hospital St Thomas, donde en 1791 se convirtió en conferenciante conjunto con Cline en anatomía y cirugía , y en 1800 fue nombrado cirujano del Guy's Hospital en la muerte de su tío, William Cooper.
En 1805 tomó parte activa en la formación de la Sociedad Médica y Quirúrgica de Londres, y en 1804 sacó la primera, y en 1807 la segunda, parte de su gran obra sobre la hernia, que añadió en gran medida su reputación que en 1813 sus ingresos profesionales anuales ascendieron a 21.000 libras esterlinas.
En el mismo año fue nombrado profesor de anatomía comparativa al Royal Collage of Surgeons y fue muy popular como conferencista.
Aproximadamente seis meses después recibió un título del baronet , que, como él no tenía hijo, debía descender a su sobrino y hijo adoptivo, Astley Cooper.
Cooper fue un anatomista infatigable y original e identificó varias estructuras anatómicas no descritas anteriormente, muchas de las cuales fueron nombradas después de él: También describió una serie de nuevas enfermedades, que también se convirtió en epónimo: Sus principales trabajos fueron: Constribuyó con artículos a la Rees's Cyclopædia, indudablemente sobre cirugía, pero los temas son desconocidos.