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QST (genética)

En genética cuantitativa , Q ST es una estadística destinada a medir el grado de diferenciación genética entre poblaciones con respecto a un rasgo cuantitativo . Fue desarrollado por Ken Spitze en 1993. [1] Su nombre refleja que Q ST pretendía ser análogo al índice de fijación para un único locus genético (F ST ). [2] [3] Q ST a menudo se compara con F ST de loci neutrales para probar si la variación en un rasgo cuantitativo es el resultado de una selección divergente o deriva genética, un análisis conocido como comparaciones Q ST –F ST .

Cálculo de QCALLE

Ecuaciones

Q ST representa la proporción de varianza entre subpoblaciones, y su cálculo es sinónimo de F ST desarrollado por Sewall Wright . [4] Sin embargo, en lugar de utilizar la diferenciación genética, Q ST se calcula encontrando la varianza de un rasgo cuantitativo dentro y entre subpoblaciones, y para la población total. [1] La varianza de un rasgo cuantitativo entre poblaciones (σ 2 GB ) se describe como:

Y la varianza de un rasgo cuantitativo dentro de las poblaciones (σ 2 GW ) se describe como:

Donde σ 2 T es la varianza genética total en todas las poblaciones. Por tanto, Q ST se puede calcular con la siguiente ecuación:

Suposiciones

El cálculo de Q ST está sujeto a varios supuestos: las poblaciones deben estar en equilibrio de Hardy-Weinberg , se supone que la variación observada se debe únicamente a efectos genéticos aditivos , el desequilibrio de selección y ligamiento no está presente, [5] y las subpoblaciones existen dentro de una isla modelo. [6]

qCALLE-FCALLEcomparaciones

Los análisis Q ST –F ST a menudo implican cultivar organismos en condiciones ambientales consistentes, conocidos como experimentos de jardín comunes , [7] y comparar la variación fenotípica con la variación genética. Si se descubre que Q ST excede a F ST , esto se interpreta como evidencia de selección divergente, porque indica una mayor diferenciación en el rasgo de la que podría producirse únicamente por deriva genética . Si Q ST es menor que F ST , se espera que esté presente la selección de equilibrio . Si los valores de Q ST y F ST son equivalentes, la diferenciación de rasgos observada podría deberse a una deriva genética. [6]

La comparación adecuada de Q ST y F ST está sujeta a múltiples supuestos ecológicos y evolutivos, [8] [9] [10] y desde el desarrollo de Q ST , múltiples estudios han examinado las limitaciones y constricciones de los análisis Q ST -F ST . Leinonen et al. notas F ST debe calcularse con loci neutrales; sin embargo, el filtrado excesivo de loci no neutrales puede reducir artificialmente los valores de F ST . [7] Cubry et al. Se encontró que Q ST se reduce en presencia de dominancia , lo que da como resultado estimaciones conservadoras de selección divergente cuando Q ST es alta y resultados no concluyentes de selección equilibrada cuando Q ST es baja. [5] Además, la estructura de la población puede afectar significativamente las proporciones Q ST -F ST . Los modelos de trampolín, que pueden generar más ruido evolutivo que los modelos de islas, tienen más probabilidades de experimentar errores de tipo 1 . [6] Si un subconjunto de poblaciones actúa como fuente, como durante la invasión , ponderar las contribuciones genéticas de cada población puede aumentar la detección de adaptación. [11] Para mejorar la precisión de los análisis Q ST , se deben incluir más poblaciones (>20) en los análisis. [12]

qCALLEaplicaciones en la literatura

Múltiples estudios han incorporado Q ST para separar los efectos de la selección natural y la deriva genética, y a menudo se observa que Q ST excede a F ST , lo que indica una adaptación local. [13] En un estudio de restauración ecológica , Bower y Aitken utilizaron Q ST para evaluar poblaciones adecuadas para la transferencia de semillas de pino de corteza blanca . Encontraron valores altos de Q ST en muchas poblaciones, lo que sugiere una adaptación local para las características adaptadas al frío. [14] Durante una evaluación de las especies invasoras, Brachypodium sylvaticum , Marchini et al. encontraron divergencia entre las poblaciones nativas e invasoras durante el establecimiento inicial en el área de distribución invadida, pero una divergencia mínima durante la expansión del área de distribución . [11] En un examen de la boca de dragón común ( Antirrhinum majus ) a lo largo de un gradiente de elevación, los análisis Q ST -F ST revelaron diferentes tendencias de adaptación entre dos subespecies ( A. m. pseudomajus y A. m. striatum ). Si bien ambas subespecies se encuentran en todas las elevaciones, A. m. striatum tuvo valores altos de Q ST para rasgos asociados con la adaptación a la altitud: altura de la planta, número de ramas y longitud de entrenudos. Soy. pseudomajus tuvo valores de Q ST más bajos que F ST para el tiempo de germinación. [15]

Ver también

Referencias

  1. ^ ab Spitze K (octubre de 1993). "Estructura de la población en Daphnia obtusa: variación genética y alozímica cuantitativa". Genética . 135 (2): 367–374. doi :10.1093/genética/135.2.367. PMC  1205642 . PMID  8244001.
  2. ^ Whitlock MC (abril de 2008). "Inferencia evolutiva de QST". Ecología Molecular . 17 (8): 1885–1896. doi : 10.1111/j.1365-294X.2008.03712.x . PMID  18363667.
  3. ^ McKay JK, Latta RG (junio de 2002). "Divergencia poblacional adaptativa: marcadores, QTL y rasgos". Tendencias en ecología y evolución . 17 (6): 285–291. doi :10.1016/S0169-5347(02)02478-3.
  4. ^ Wright S (1949). "La estructura genética de las poblaciones". Anales de la eugenesia . 15 (4): 323–354. doi :10.1111/j.1469-1809.1949.tb02451.x. PMID  24540312.
  5. ^ ab Cubry P, Scotti I, Oddou-Muratorio S, Lefèvre F (noviembre de 2017). "Generalización del marco QST en poblaciones estructuradas jerárquicamente: impactos de la endogamia y la dominancia" (PDF) . Recursos de ecología molecular . 17 (6): e76-e83. doi :10.1111/1755-0998.12693. PMID  28681534. S2CID  206947951.
  6. ^ abc de Villemereuil P, Gaggiotti OE, Goudet J (2022). "Los experimentos de jardines comunes para estudiar la adaptación local deben tener en cuenta la estructura de la población". Revista de Ecología . 110 (5): 1005-1009. doi :10.1111/1365-2745.13528. hdl : 10023/24327 . ISSN  0022-0477. S2CID  225136876.
  7. ^ ab Leinonen T, McCairns RJ, O'Hara RB, Merilä J (marzo de 2013). "Comparaciones Q (ST) -F (ST): conocimientos evolutivos y ecológicos a partir de la heterogeneidad genómica". Reseñas de la naturaleza. Genética . 14 (3): 179-190. doi :10.1038/nrg3395. PMID  23381120. S2CID  6312222.
  8. ^ Pujol B, Wilson AJ, Ross RI, Pannell JR (noviembre de 2008). "¿Son significativas las comparaciones Q (ST) -F (ST) para poblaciones naturales?". Ecología Molecular . 17 (22): 4782–4785. doi :10.1111/j.1365-294X.2008.03958.x. PMID  19140971. S2CID  11707577.
  9. ^ Leinonen T, O'Hara RB, Cano JM, Merilä J (enero de 2008). "Estudios comparativos de divergencia de rasgos cuantitativos y marcadores neutros: un metanálisis". Revista de biología evolutiva . 21 (1): 1–17. doi : 10.1111/j.1420-9101.2007.01445.x . PMID  18028355. S2CID  1037769.
  10. ^ Miller JR, Wood BP, Hamilton MB (octubre de 2008). "F (ST) y Q (ST) bajo neutralidad". Genética . 180 (2): 1023-1037. doi :10.1534/genética.108.092031. PMC 2567353 . PMID  18780742. 
  11. ^ ab Marchini GL, Arredondo TM, Cruzan MB (noviembre de 2018). "Diferenciación selectiva durante la colonización y establecimiento de una especie recientemente invasora". Revista de biología evolutiva . 31 (11): 1689-1703. doi : 10.1111/jeb.13369 . PMID  30120791. S2CID  52031406.
  12. ^ O'Hara RB, Merilä J (noviembre de 2005). "Sesgo y precisión en las estimaciones QST: problemas y algunas soluciones". Genética . 171 (3): 1331-1339. doi :10.1534/genética.105.044545. PMC 1456852 . PMID  16085700. 
  13. ^ Merilä, J.; Crnokrak, P. (2001). "Comparación de diferenciación genética en loci marcadores y rasgos cuantitativos: selección natural y diferenciación genética". Revista de biología evolutiva . 14 (6): 892–903. doi : 10.1046/j.1420-9101.2001.00348.x . S2CID  83979407.
  14. ^ Bower, Andrew D.; Aitken, Sally N. (2008). "Pautas de genética ecológica y transferencia de semillas de Pinus albicaulis (Pinaceae)". Revista americana de botánica . 95 (1): 66–76. doi : 10.3732/ajb.95.1.66 . PMID  21632316.
  15. ^ Marín, Sara; Gibert, Anaïs; Archambeau, Julieta; Bonhomme, Vicente; Lascoste, Mylène; Pujol, Benoit (2020). "Posible divergencia adaptativa entre subespecies y poblaciones de plantas boca de dragón inferida de comparaciones Q ST - F ST". Ecología Molecular . 29 (16): 3010–3021. doi :10.1111/mec.15546. ISSN  0962-1083. PMC 7540467 . PMID  32652730.