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Amos Bairoch

Amos Bairoch (nacido el 22 de noviembre de 1957) [1] es un bioinformático suizo [3] [6] [7] y profesor de Bioinformática en el Departamento de Ciencias de la Proteína Humana de la Universidad de Ginebra , donde dirige el grupo CALIPHO [8] en el Instituto Suizo de Bioinformática (SIB) que combina bioinformática, curación y esfuerzos experimentales para caracterizar funcionalmente proteínas humanas. [9]

Su padre era el historiador económico Paul Bairoch .

Educación

Su primer proyecto como estudiante de doctorado fue el desarrollo de PC/Gene, [10] un paquete de software basado en MS-DOS para el análisis de secuencias de proteínas y nucleótidos. PC/Gene fue comercializado, primero por una empresa suiza (Genofit) y luego por Intelligenetics en Estados Unidos, que más tarde fue comprada por Oxford Molecular. [ cita necesaria ]

Investigación

Su principal trabajo [2] se centra en el campo del análisis de secuencias de proteínas y más particularmente en el desarrollo de bases de datos y herramientas informáticas para este fin. Su contribución más importante es el aporte de conocimiento humano mediante una cuidadosa anotación manual de datos relacionados con proteínas. [11]

Mientras trabajaba en PC/Gene, comenzó a desarrollar una base de datos de secuencias de proteínas anotadas que se convirtió en Swiss-Prot y se publicó por primera vez en julio de 1986. [12] Desde 1988 en adelante ha sido un proyecto de colaboración con el grupo de Biblioteca de Datos de la Biología Molecular Europea. Laboratorio que luego evolucionó hasta convertirse en el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI).

La base de datos Swiss-Prot es el principal recurso de secuencias de proteínas del mundo y ha sido un instrumento de investigación clave tanto para bioinformáticos como para científicos de laboratorio en una amplia gama de aplicaciones. [13] Una medida de su éxito es el reciente desarrollo de UniProt, el catálogo de información sobre proteínas más completo del mundo. [14] UniProt es un recurso de información central de secuencias y funciones de proteínas creado al unir la información contenida en las bases de datos Swiss-Prot , TrEMBL y American Protein Information Resource (PIR) .

En 1988, comenzó a desarrollar PROSITE , [15] una base de datos de familias y dominios de proteínas. Poco tiempo después creó ENZYME, [16] [17] [18] [19] [20] una base de datos de nomenclatura de enzimas, así como SeqAnalRef, [21] una base de datos de referencia bibliográfica de análisis de secuencias. [22] [23]

En colaboración con Ron Appel inició, en agosto de 1993, el primer servidor WWW de biología molecular, ExPASy . [24] Lo que pretendía ser un prototipo creció rápidamente hasta convertirse en un importante sitio que proporciona acceso a las numerosas bases de datos producidas parcial o totalmente en Ginebra, así como a numerosas herramientas para el análisis de proteínas (proteómica).

En 1998, con colegas en Ginebra y Lausana, fue uno de los fundadores del Instituto Suizo de Bioinformática SIB, cuya misión es establecer en Suiza un centro de excelencia en el campo de la bioinformática con énfasis en investigación, educación, servicios y los desarrollos de bases de datos y herramientas. [25]

En noviembre de 1997, junto con Ron Appel y Denis Hochstrasser, fundó GeneBio (Geneva Bioinformatics SA), una empresa dedicada al conocimiento biológico. En abril de 2000, las personas mencionadas anteriormente, junto con Keith Rose y Robin Offord, fundaron GeneProt (Geneva Proteomics), una empresa de proteómica de alto rendimiento que cesó sus operaciones en 2005. [26]

Desde 2009, en el marco del grupo CALIPHO, dirigido por él mismo y Lydie Lane, participa en el desarrollo de neXtProt [27] [28] [29], un recurso que tiene como objetivo proporcionar a los científicos de la vida un amplio espectro de conocimientos sobre todas las proteínas humanas.

También participa en el desarrollo de Cellosaurus, un recurso de conocimiento sobre líneas celulares.

Según Google Scholar [2] y Scopus , [6] A partir de 2015, sus artículos revisados ​​por pares más citados en revistas científicas se publicaron en Nucleic Acids Research , [30] [31] [32] [33] [34] el Biochemical Journal , [35] [36] Nature , [37] Briefings in Bioinformatics , [38] y Database . [39]

Premios y honores

Bairoch recibió el premio Friedrich Miescher de la Sociedad Suiza de Bioquímica en 1993, el premio de incentivo de la Fundación Helmut Horten en 1995, el premio Pehr Edman en 2004, el premio europeo Latsis en 2004 , el premio Otto Naegeli en 2010 y el premio HUPO al Logro Distinguido en 2011. Proteomic Sciences., [40] el premio pionero en proteómica de la EUPA 2013, [1] y en 2018 el premio ABRF .

Citas

A medida que el proceso avanza, llegamos al punto en el que se secuenciará cada genoma que pueda secuenciarse. [41]

Referencias

  1. ^ abcd Lisacek, F.; Carril, L. (2014). "Premio Pionero en Proteómica 2013: Profesor Amos Bairoch, Universidad de Ginebra, Suiza". Proteómica abierta EuPA . 2 : 34. doi : 10.1016/j.euprot.2013.12.002 .
  2. ^ Publicaciones de abc Amos Bairoch indexadas por Google Scholar
  3. ^ ab "Página de inicio de Amos Bairoch". ExPASy. Archivado desde el original el 14 de febrero de 2014.
  4. ^ Bairoch, A.; Boeckmann, B. (1991). "El banco de datos de secuencias de proteínas SWISS-PROT". Investigación de ácidos nucleicos . 19 Suplemento (Suplemento): 2247–2249. doi : 10.1093/nar/19.suppl.2247. PMC 331359 . PMID  2041811. 
  5. ^ Gasteiger, E.; Gattiker, A.; Hoogland, C.; Ivanyi, I.; Appel, RD; Bairoch, A. (2003). "ExPASy: el servidor de proteómica para un conocimiento y análisis en profundidad de proteínas". Investigación de ácidos nucleicos . 31 (13): 3784–3788. doi : 10.1093/nar/gkg563. PMC 168970 . PMID  12824418. 
  6. ^ ab Publicaciones de Amos Bairoch indexadas por la base de datos bibliográfica Scopus . (requiere suscripción)
  7. ^ Publicaciones de Amos Bairoch de Europa PubMed Central
  8. ^ "Página del grupo CALIPHO (Análisis informático e investigación de laboratorio de proteínas de origen humano) en el sitio web de SIB". Archivado desde el original el 20 de abril de 2013.
  9. ^ "Bairoch de SIB dejará su cargo de director de Swiss-Prot para lanzar un nuevo recurso de proteína humana". GenomeWeb.com. Archivado desde el original el 20 de febrero de 2012.
  10. ^ Moore, J.; Engelberg, A.; Bairoch, A. (1988). "Uso de PC/GENE para análisis de proteínas y ácidos nucleicos". BioTécnicas . 6 (6): 566–572. PMID  3273189.
  11. ^ Lima, T.; Auchincloss, AH; Coudert, E.; Keller, G.; Michoud, K.; Rivoire, C.; Bulliard, V.; De Castro, E.; Lachaize, C.; Baratin, D.; Phan, I.; Bougueleret, L.; Bairoch, A. (2009). "HAMAP: una base de datos de conjuntos de proteomas microbianos completamente secuenciados y familias de proteínas microbianas seleccionadas manualmente en UniProtKB/Swiss-Prot". Investigación de ácidos nucleicos . 37 (Problema de la base de datos): D471–D478. doi : 10.1093/nar/gkn661. PMC 2686602 . PMID  18849571. 
  12. ^ Bairoch, A. (2000). "Serendipia en bioinformática, ¡las tribulaciones de un bioinformático suizo en tiempos apasionantes!". Bioinformática . 16 (1): 48–64. doi : 10.1093/bioinformática/16.1.48 . PMID  10812477.– un relato histórico de Bairoch.
  13. ^ Persson, B. (2000). "Bioinformática en el análisis de proteínas". EXS . 88 : 215–231. doi :10.1007/978-3-0348-8458-7_14. ISBN 978-3-0348-9576-7. PMID  10803381.
  14. ^ Wu, CH; Apweiler, R.; Bairoch, A.; Natale, DA; Barker, WC; Boeckmann, B.; Ferro, S.; Gasteiger, E.; Huang, H.; López, R.; Magrané, M.; Martín, MJ; Mazumder, R.; O'Donovan, C.; Redaschi, N.; Suzek, B. (2006). "El recurso proteico universal (UniProt): un universo en expansión de información sobre proteínas". Investigación de ácidos nucleicos . 34 (90001): D187–D191. doi : 10.1093/nar/gkj161. PMC 1347523 . PMID  16381842. 
  15. ^ Hofmann, K.; Bucher, P.; Falquet, L.; Bairoch, A. (1999). "La base de datos PROSITE, su estado en 1999". Investigación de ácidos nucleicos . 27 (1): 215–219. doi :10.1093/nar/27.1.215. PMC 148139 . PMID  9847184. 
  16. ^ Bairoch, A (2000). "La base de datos ENZYME en 2000". Investigación de ácidos nucleicos . 28 (1): 304–5. doi :10.1093/nar/28.1.304. PMC 102465 . PMID  10592255. 
  17. ^ Bairoch, A (1999). "El banco de datos ENZYME en 1999". Investigación de ácidos nucleicos . 27 (1): 310–1. doi :10.1093/nar/27.1.310. PMC 148167 . PMID  9847212. 
  18. ^ Bairoch, A (1996). "El banco de datos ENZYME en 1995". Investigación de ácidos nucleicos . 24 (1): 221-2. doi :10.1093/nar/24.1.221. PMC 145615 . PMID  8594586. 
  19. ^ Bairoch, A (1994). "El banco de datos ENZIMA". Investigación de ácidos nucleicos . 22 (17): 3626–7. doi :10.1093/nar/22.17.3626. PMC 308334 . PMID  7937072. 
  20. ^ Bairoch, A (1993). "El banco de datos ENZIMA". Investigación de ácidos nucleicos . 21 (13): 3155–6. doi :10.1093/nar/21.13.3155. PMC 309744 . PMID  8332535. 
  21. ^ Bairoch, A. (1991). "SEQANALREF: un banco de datos de referencia bibliográfica de análisis de secuencias" (PDF) . Aplicaciones Informáticas en las Biociencias . 7 (2): 268. doi :10.1093/bioinformatics/7.2.268. PMID  2059856.
  22. ^ Bairoch, A. (1991). "PROSITE: Diccionario de sitios y patrones en proteínas". Investigación de ácidos nucleicos . 19 Suplemento (Suplemento): 2241–2245. doi :10.1093/nar/19.suppl.2241. PMC 331358 . PMID  2041810. 
  23. ^ Hulo, N.; Bairoch, A.; Bulliard, V.; Cerutti, L.; Cuche, BA; De Castro, E.; Lachaize, C.; Langendijk-Genevaux, PS; Sigrist, CJA (2007). "Los 20 años de PROSITE". Investigación de ácidos nucleicos . 36 (Problema de base de datos): D245 – D249. doi : 10.1093/nar/gkm977. PMC 2238851 . PMID  18003654. 
  24. ^ Appel, RD; Bairoch, A.; Hochstrasser, DF (1994). "Una nueva generación de herramientas de recuperación de información para biólogos: el ejemplo del servidor WWW ExPASy". Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 19 (6): 258–260. doi :10.1016/0968-0004(94)90153-8. PMID  8073505.
  25. ^ Hoogland, C.; Mostaguir, K.; Appel, R.; Lisaček, F. (2008). "La constelación World-2DPAGE para promover y publicar datos de proteómica basados ​​en gel a través del servidor ExPASy". Revista de proteómica . 71 (2): 245–248. doi : 10.1016/j.jprot.2008.02.005 . PMID  18617148.
  26. ^ "Sin nuevos acuerdos, GeneProt cerrará sus puertas". GenomeWeb.com. Junio ​​de 2005. Archivado desde el original el 11 de febrero de 2011.
  27. ^ Carril, L; Argoud-Puy, G; Británico, A; Cusin, yo; Duek, PD; Evalet, O; Pastel, A; Gaudet, P; Gleizes, A; Masselot, A; Zwahlen, C; Bairoch, A (2012). "Ne Xt Prot: una plataforma de conocimiento sobre proteínas humanas". Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de base de datos): D76-83. doi : 10.1093/nar/gkr1179. PMC 3245017 . PMID  22139911. 
  28. ^ Gaudet, P; Michel, PA; Zahn-Zabal, M; Cusin, yo; Duek, PD; Evalet, O; Pastel, A; Gleizes, A; Pereira, M; Teixeira, D; Zhang, Y; Carril, L; Bairoch, A (2015). "La base de conocimientos de neXtProt sobre proteínas humanas: estado actual". Investigación de ácidos nucleicos . 43 (Problema de base de datos): D764-70. doi : 10.1093/nar/gku1178. PMC 4383972 . PMID  25593349. 
  29. ^ Gaudet, P; Argoud-Puy, G; Cusin, yo; Duek, P; Evalet, O; Pastel, A; Gleizes, A; Pereira, M; Zahn-Zabal, M; Zwahlen, C; Bairoch, A; Carril, L (2013). "Ne Xt Prot : Organización del conocimiento sobre proteínas en el contexto de proyectos de proteoma humano". Revista de investigación del proteoma . 12 (1): 293–8. doi :10.1021/pr300830v. PMID  23205526.
  30. ^ Bairoch, A.; Apweiler, R.; Wu, CH; Barker, WC; Boeckmann, B.; Ferro, S.; Gasteiger, E.; Huang, H.; López, R.; Magrané, M.; Martín, MJ; Natale, DA; O'Donovan, C.; Redaschi, N.; Sí, LS (2004). "El recurso proteico universal (UniProt)". Investigación de ácidos nucleicos . 33 (Problema de la base de datos): D154 – D159. doi : 10.1093/nar/gki070. PMC 540024 . PMID  15608167. 
  31. ^ Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, MC; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martín, MJ; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. (2003). "La base de conocimientos de proteínas SWISS-PROT y su suplemento TrEMBL en 2003". Investigación de ácidos nucleicos . 31 (1): 365–370. doi :10.1093/nar/gkg095. PMC 165542 . PMID  12520024. 
  32. ^ Apweiler, R .; Attwood, TK ; Bairoch, A.; Bateman, A .; Birney, E .; Biswas, M.; Bucher, P.; Cerutti, L.; Corpet, F.; Croning, MD; Durbin, R.; Falquet, L.; Fleischmann, W.; Gouzy, J.; Hermjakob, H.; Hulo, N.; Jonassen, I.; Kahn, D.; Kanapin, A.; Karavidopoulou, Y.; López, R.; Marx, B.; Mulder, Nueva Jersey; Oinn, TM; Pagni, M.; Siervo, F.; Sigrist, CJ; Zdobnov, EM (2001). "La base de datos InterPro, un recurso de documentación integrado para familias, dominios y sitios funcionales de proteínas". Investigación de ácidos nucleicos . 29 (1): 37–40. doi :10.1093/nar/29.1.37. PMC 29841 . PMID  11125043. 
  33. ^ Mulder, Nueva Jersey; Apweiler, R ; Attwood, TK ; Bairoch, A; Barril, D; Bateman, A ; Binns, D; Biswas, M; Bradley, P; Bork, P ; Bucher, P; Copley, RR; Courcelle, E; Das, U; Durbin, R ; Falquet, L; Fleischmann, W; Griffiths-Jones, S; Haft, D; Harte, N; Hulo, N; Kahn, D; Kanapin, A; Krestyaninova, M; López, R; Letunico, yo; Lonsdale, D; Silventoinen, V.; Huerto, SE; Pagni, M.; Pagni, Marco; Peyruc, D.; Ponting, CP ; Selengut, JD; Siervo, F.; Sigrist, CJA; Vaughan, R.; Zdobnov, EM (2003). "La base de datos InterPro, 2003 ofrece una mayor cobertura y nuevas funciones". Investigación de ácidos nucleicos . 31 (1): 315–8. doi :10.1093/nar/gkg046. PMC 165493 . PMID  12520011. 
  34. ^ Mulder, Nueva Jersey; Apweiler, R ; Attwood, TK ; Bairoch, A; Bateman, A ; Binns, D; Bradley, P; Bork, P ; Bucher, P; Cerutti, L; Copley, R; Courcelle, E; Das, U; Durbin, R ; Fleischmann, W; Gough, J ; Haft, D; Harte, N; Hulo, N; Kahn, D; Kanapin, A; Krestyaninova, M; Lonsdale, D; López, R; Letunico, yo; Madera, M; Maslen, J; McDowall, J; Mitchell, A; et al. (2005). "InterPro, avances y situación en 2005". Investigación de ácidos nucleicos . 33 (Problema de base de datos): D201-5. doi : 10.1093/nar/gki106. PMC 540060 . PMID  15608177.  Icono de acceso abierto
  35. ^ Henrissat, B; Bairoch, A (1996). "Actualización de la clasificación basada en secuencias de glicosilhidrolasas". La revista bioquímica . 316 (2): 695–6. doi :10.1042/bj3160695. PMC 1217404 . PMID  8687420. 
  36. ^ Henrissat, B; Bairoch, A (1993). "Nuevas familias en la clasificación de glicosilhidrolasas basadas en similitudes de secuencia de aminoácidos". La revista bioquímica . 293 (3): 781–8. doi :10.1042/bj2930781. PMC 1134435 . PMID  8352747. 
  37. ^ Freiberg, C.; Fellay, RM; Bairoch, A.; Broughton, WJ; Rosenthal, A.; Perret, X. (1997). "Base molecular de la simbiosis entre Rhizobium y leguminosas". Naturaleza . 387 (6631): 394–401. Código Bib :1997Natur.387..394F. doi :10.1038/387394a0. PMID  9163424. S2CID  4336941.
  38. ^ Sigrist, CJ; Cerutti, L; Hulo, N; Gattiker, A; Falquet, L; Pagni, M; Bairoch, A; Bucher, P (2002). "PROSITE: una base de datos documentada que utiliza patrones y perfiles como descriptores de motivos". Sesiones informativas en Bioinformática . 3 (3): 265–74. doi : 10.1093/bib/3.3.265 . PMID  12230035.
  39. ^ Gaudet, P.; Bairoch, A.; Campo, D.; Sansone, S.-A.; Taylor, C.; Attwood, TK ; Bateman, A .; Blake, JA; Bult, CJ; Cereza, JM; Chisholm, RL; Cochrane, G.; Cocinero, CE; Eppig, JT; Galperín, MI; Caballero, R .; Goble, California ; Gojobori, T .; Hancock, JM; Howe, director general; Imanishi, T.; Kelso, J.; Landsman, D.; Lewis, SE ; Karsch Mizrachi, I.; Huerto, S.; Ouellette, mejor amiga; Ranganathan, S.; Richardson, L.; Rocca-Serra, P. (2011). "Hacia BioDBcore: una especificación de información definida por la comunidad para bases de datos biológicas". Base de datos . 2011 : baq027. doi : 10.1093/database/baq027. PMC 3017395 . PMID  21205783. 
  40. ^ "Premios Distinguidos HUPO". HUPO. Archivado desde el original el 5 de junio de 2013.
  41. ^ Waldrop, M. (2008). "Big data: Wikiómica". Naturaleza . 455 (7209): 22–5. doi : 10.1038/455022a . PMID  18769412.