stringtranslate.com

ARN ribosómico 16S

Estructura molecular de la subunidad 30S de Thermus thermophilus . Las proteínas se muestran en azul y la hebra única de ARN en un color naranja-marrón pálido. [1]

El ARN ribosómico 16 S (o ARNr 16 S ) es el componente de ARN de la subunidad 30S de un ribosoma procariota ( ARNr SSU ). Se une a la secuencia Shine-Dalgarno y proporciona la mayor parte de la estructura SSU.

Los genes que lo codifican se denominan genes ARNr 16S y se utilizan para reconstruir filogenias , debido a las lentas tasas de evolución de esta región del gen. [2] Carl Woese y George E. Fox fueron dos de las personas que fueron pioneras en el uso del ARNr 16S en filogenia en 1977. [3] Pueden existir múltiples secuencias del gen ARNr 16S dentro de una sola bacteria . [4]

Funciones

Estructura

SSU ARN ribosómico, bacterias y arqueas. Tomado de Woese 1987. [6]

Cebadores universales

El gen 16S rRNA se utiliza para estudios filogenéticos [7] ya que está altamente conservado entre diferentes especies de bacterias y arqueas. [8] Carl Woese fue pionero en este uso de 16S rRNA en 1977. [2] Se sugiere que el gen 16S rRNA se puede utilizar como un reloj molecular confiable porque se ha demostrado que las secuencias de 16S rRNA de linajes bacterianos distantemente relacionados tienen funcionalidades similares. [9] Algunas arqueas termófilas (por ejemplo, el orden Thermoproteales ) contienen intrones del gen 16S rRNA que se encuentran en regiones altamente conservadas y pueden afectar la hibridación de cebadores "universales" . [10] El ARNr mitocondrial y cloroplástico también se amplifica. [11]

El par de cebadores más común fue ideado por Weisburg et al. (1991) [7] y actualmente se lo conoce como 27F y 1492R; sin embargo, para algunas aplicaciones pueden ser necesarios amplicones más cortos , por ejemplo, para la secuenciación 454 con química de titanio, el par de cebadores 27F-534R cubre V1 a V3. [12] A menudo se utiliza 8F en lugar de 27F. Los dos cebadores son casi idénticos, pero 27F tiene una M en lugar de una C. AGAGTTTGATC M TGGCTCAG en comparación con 8F. [13]

Aplicaciones de PCR y NGS

Además de los sitios de unión de cebadores altamente conservados, las secuencias del gen ARNr 16S contienen regiones hipervariables que pueden proporcionar secuencias distintivas específicas de especies útiles para la identificación de bacterias. [21] [22] Como resultado, la secuenciación del gen ARNr 16S se ha vuelto frecuente en la microbiología médica como una alternativa rápida y barata a los métodos fenotípicos de identificación bacteriana. [23] Aunque originalmente se utilizó para identificar bacterias, posteriormente se descubrió que la secuenciación 16S era capaz de reclasificar bacterias en especies completamente nuevas , [24] o incluso géneros . [7] [25] También se ha utilizado para describir nuevas especies que nunca se han cultivado con éxito. [26] [27] Con la secuenciación de tercera generación llegando a muchos laboratorios, la identificación simultánea de miles de secuencias de ARNr 16S es posible en cuestión de horas, lo que permite estudios metagenómicos , por ejemplo de la flora intestinal . [28] En muestras recolectadas de pacientes con infecciones confirmadas, la secuenciación de próxima generación (NGS) del ARNr 16S demostró una detección mejorada en el 40% de los casos en comparación con los métodos de cultivo tradicionales; además, el consumo de antibióticos antes del muestreo no afectó significativamente la sensibilidad de la NGS 16S. [29]

Regiones hipervariables

El gen bacteriano 16S contiene nueve regiones hipervariables (V1-V9), que van desde aproximadamente 30 a 100 pares de bases de longitud, que están involucradas en la estructura secundaria de la subunidad ribosomal pequeña . [30] El grado de conservación varía ampliamente entre regiones hipervariables, con regiones más conservadas correlacionadas con una taxonomía de nivel superior y regiones menos conservadas con niveles inferiores, como género y especie. [31] Si bien la secuencia completa de 16S permite la comparación de todas las regiones hipervariables, con aproximadamente 1500 pares de bases de longitud, puede ser prohibitivamente costosa para estudios que buscan identificar o caracterizar diversas comunidades bacterianas. [31] Estos estudios comúnmente utilizan la plataforma Illumina , que produce lecturas a tasas 50 veces y 12 000 veces menos costosas que la pirosecuenciación 454 y la secuenciación de Sanger , respectivamente. [32] Si bien es más económica y permite una cobertura más profunda de la comunidad, la secuenciación de Illumina solo produce lecturas de 75 a 250 pares de bases de longitud (hasta 300 pares de bases con Illumina MiSeq) y no tiene un protocolo establecido para ensamblar de manera confiable el gen completo en muestras de la comunidad. [33] Sin embargo, las regiones hipervariables completas se pueden ensamblar a partir de una sola ejecución de Illumina, lo que las convierte en objetivos ideales para la plataforma. [33]

Si bien las regiones hipervariables 16S pueden variar drásticamente entre bacterias, el gen 16S en su conjunto mantiene una mayor homogeneidad de longitud que su contraparte eucariota ( ARN ribosómico 18S ), lo que puede facilitar las alineaciones . [34] Además, el gen 16S contiene secuencias altamente conservadas entre regiones hipervariables, lo que permite el diseño de cebadores universales que pueden producir de manera confiable las mismas secciones de la secuencia 16S en diferentes taxones . [35] Aunque ninguna región hipervariable puede clasificar con precisión todas las bacterias desde el dominio hasta la especie, algunas pueden predecir de manera confiable niveles taxonómicos específicos. [31] Muchos estudios comunitarios seleccionan regiones hipervariables semiconservadas como la V4 por esta razón, ya que puede proporcionar resolución a nivel de filo con tanta precisión como el gen 16S completo. [31] Si bien las regiones menos conservadas luchan por clasificar nuevas especies cuando se desconoce la taxonomía de orden superior, a menudo se utilizan para detectar la presencia de patógenos específicos. En un estudio de Chakravorty et al. En 2007, los autores caracterizaron las regiones V1-V8 de una variedad de patógenos para determinar qué regiones hipervariables serían más útiles para incluir en ensayos amplios y específicos de la enfermedad . [36] Entre otros hallazgos, notaron que la región V3 era la mejor para identificar el género de todos los patógenos evaluados, y que la V6 era la más precisa para diferenciar especies entre todos los patógenos evaluados y observados por los CDC , incluido el ántrax . [36]

Si bien el análisis de la región hipervariable 16S es una herramienta poderosa para los estudios taxonómicos bacterianos, tiene dificultades para diferenciar entre especies estrechamente relacionadas. [35] En las familias Enterobacteriaceae , Clostridiaceae y Peptostreptococcaceae , las especies pueden compartir hasta un 99% de similitud de secuencia en todo el gen 16S. [37] Como resultado, las secuencias V4 pueden diferir en solo unos pocos nucleótidos , lo que deja a las bases de datos de referencia incapaces de clasificar de manera confiable estas bacterias en niveles taxonómicos más bajos. [37] Al limitar el análisis 16S para seleccionar regiones hipervariables, estos estudios pueden no observar diferencias en taxones estrechamente relacionados y agruparlos en unidades taxonómicas individuales, subestimando así la diversidad total de la muestra. [35] Además, los genomas bacterianos pueden albergar múltiples genes 16S, y las regiones V1, V2 y V6 contienen la mayor diversidad intraespecie. [8] Si bien no es el método más preciso para clasificar las especies bacterianas, el análisis de las regiones hipervariables sigue siendo una de las herramientas más útiles disponibles para los estudios de la comunidad bacteriana. [37]

Promiscuidad de los genes del ARNr 16S

Bajo el supuesto de que la evolución es impulsada por la transmisión vertical , durante mucho tiempo se ha creído que los genes 16S rRNA son específicos de la especie e infalibles como marcadores genéticos que infieren relaciones filogenéticas entre procariotas . Sin embargo, un número creciente de observaciones sugieren la ocurrencia de transferencia horizontal de estos genes. Además de las observaciones de ocurrencia natural, la transferibilidad de estos genes se apoya experimentalmente utilizando un sistema genético especializado de Escherichia coli . Usando un mutante nulo de E. coli como huésped, se demostró que el crecimiento de la cepa mutante se complementaba con genes 16S rRNA extraños que eran filogenéticamente distintos de E. coli a nivel de filo. [38] [39] Dicha compatibilidad funcional también se vio en Thermus thermophilus . [40] Además, en T. thermophilus , se observó transferencia genética tanto completa como parcial. La transferencia parcial resultó en la generación espontánea de quimeras aparentemente aleatorias entre el huésped y los genes bacterianos extraños. Por lo tanto, los genes 16S rRNA pueden haber evolucionado a través de múltiples mecanismos, incluyendo la herencia vertical y la transferencia genética horizontal ; La frecuencia de este último puede ser mucho mayor de lo que se creía anteriormente. [41]

Bases de datos del ribosoma 16S

El gen ARNr 16S se utiliza como estándar para la clasificación e identificación de microbios, porque está presente en la mayoría de los microbios y muestra cambios adecuados. [42] Las cepas tipo de secuencias del gen ARNr 16S para la mayoría de las bacterias y arqueas están disponibles en bases de datos públicas, como NCBI . Sin embargo, la calidad de las secuencias que se encuentran en estas bases de datos a menudo no está validada. Por lo tanto, se utilizan ampliamente bases de datos secundarias que recopilan solo secuencias de ARNr 16S.

MIMt

MIMt es una base de datos 16S compacta y no redundante para la identificación rápida de muestras metagenómicas. Está compuesta por 39.940 secuencias 16S completas pertenecientes a 17.625 especies de bacterias y arqueas bien clasificadas. Todas las secuencias se obtuvieron de genomas completos depositados en NCBI y para cada una de las secuencias se proporciona una jerarquía taxonómica completa. No contiene redundancia, por lo que solo se consideró un representante para cada especie, evitando las mismas secuencias de diferentes cepas, aislados o patovares, lo que resulta en una herramienta muy rápida para la identificación de microorganismos, compatible con cualquier software de clasificación (QIIME, Mothur, DADA, etc.). [43]

Nube EzBio

La base de datos EzBioCloud, anteriormente conocida como EzTaxon , consiste en un sistema taxonómico jerárquico completo que contiene 62.988 especies/filotipos de bacterias y arqueas que incluyen 15.290 nombres válidos publicados a septiembre de 2018. Según la relación filogenética, como la máxima verosimilitud y OrthoANI, todas las especies/subespecies están representadas por al menos una secuencia del gen 16S rRNA. La base de datos EzBioCloud se cura y actualiza sistemáticamente de forma regular, e incluye también nuevas especies candidatas. Además, el sitio web proporciona herramientas bioinformáticas como la calculadora ANI, ContEst16S y 16S rRNA DB para QIIME y Mothur pipeline. [44] ^^

Proyecto de base de datos de ribosomas

El Ribosomal Database Project (RDP) es una base de datos curada que ofrece datos de ribosomas junto con programas y servicios relacionados. Las ofertas incluyen alineaciones ordenadas filogenéticamente de secuencias de ARN ribosómico (ARNr), árboles filogenéticos derivados, diagramas de estructura secundaria de ARNr y varios paquetes de software para manejar, analizar y mostrar alineaciones y árboles. Los datos están disponibles a través de FTP y correo electrónico. El servidor de correo electrónico también proporciona ciertos servicios analíticos. [45] Debido a su gran tamaño, la base de datos RDP se utiliza a menudo como base para el desarrollo de herramientas bioinformáticas y la creación de bases de datos curadas manualmente. [46]

SILVA

SILVA proporciona conjuntos de datos completos, de calidad comprobada y actualizados periódicamente de secuencias de ARN ribosómico (ARNr) alineadas de subunidades pequeñas (16S/ 18S , SSU ) y grandes ( 23S / 28S , LSU ) para los tres dominios de la vida, así como un conjunto de herramientas de búsqueda, diseño de cebadores y alineación (Bacteria, Archaea y Eukarya). [47]

Genes verdes

GreenGenes es una base de datos de referencia de genes ARNr 16S integral y de calidad controlada, y una taxonomía basada en una filogenia de novo que proporciona conjuntos de unidades taxonómicas operativas estándar. Tenga en cuenta que utiliza términos taxonómicos propuestos a partir de métodos filogenéticos aplicados hace años entre 2012 y 2013. Desde entonces, se han propuesto diversos métodos filogenéticos novedosos para arqueas y bacterias. [48] [49]

Referencias

  1. ^ Schluenzen F, Tocilj A, Zarivach R, Harms J, Gluehmann M, Janell D, et al. (septiembre de 2000). "Estructura de la subunidad ribosomal pequeña funcionalmente activada con una resolución de 3,3 angstroms". Cell . 102 (5): 615–623. doi : 10.1016/S0092-8674(00)00084-2 . PMID  11007480. S2CID  1024446.
  2. ^ ab Woese CR , Fox GE (noviembre de 1977). "Estructura filogenética del dominio procariota: los reinos primarios". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 74 (11): 5088–5090. Bibcode :1977PNAS...74.5088W. doi : 10.1073/pnas.74.11.5088 . PMC 432104 . PMID  270744. Icono de acceso abierto
  3. ^ Woese CR , Kandler O, Wheelis ML (junio de 1990). "Hacia un sistema natural de organismos: propuesta para los dominios Archaea, Bacteria y Eucarya". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 87 (12): 4576–4579. Bibcode :1990PNAS...87.4576W. doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159. PMID  2112744 . 
  4. ^ Case RJ, Boucher Y, Dahllöf I, Holmström C, Doolittle WF, Kjelleberg S (enero de 2007). "Uso de los genes 16S rRNA y rpoB como marcadores moleculares para estudios de ecología microbiana". Applied and Environmental Microbiology . 73 (1): 278–288. Bibcode :2007ApEnM..73..278C. doi :10.1128/AEM.01177-06. PMC 1797146 . PMID  17071787. 
  5. ^ Czernilofsky AP, Kurland CG , Stöffler G (octubre de 1975). "Proteínas ribosomales 30S asociadas con el extremo 3' del ARN 16S". FEBS Letters . 58 (1): 281–284. Bibcode :1975FEBSL..58..281C. doi : 10.1016/0014-5793(75)80279-1 . PMID  1225593. S2CID  22941368.
  6. ^ Woese CR (junio de 1987). "Evolución bacteriana". Microbiological Reviews . 51 (2): 221–271. doi :10.1128/MR.51.2.221-271.1987. PMC 373105 . PMID  2439888. 
  7. ^ abc Weisburg WG, Barns SM, Pelletier DA, Lane DJ (enero de 1991). "Amplificación del ADN ribosomal 16S para el estudio filogenético". Journal of Bacteriology . 173 (2): 697–703. doi :10.1128/jb.173.2.697-703.1991. PMC 207061 . PMID  1987160. 
  8. ^ ab Coenye T, Vandamme P (noviembre de 2003). "Heterogeneidad intragenómica entre múltiples operones de ARN ribosomal 16S en genomas bacterianos secuenciados". FEMS Microbiology Letters . 228 (1): 45–49. doi : 10.1016/S0378-1097(03)00717-1 . PMID  14612235.
  9. ^ Tsukuda M, Kitahara K, Miyazaki K (agosto de 2017). "El análisis comparativo de la función del ARN revela una gran similitud funcional entre ARNr 16 S bacterianos distantemente relacionados". Scientific Reports . 7 (1): 9993. Bibcode :2017NatSR...7.9993T. doi :10.1038/s41598-017-10214-3. PMC 5577257 . PMID  28855596. 
  10. ^ Jay ZJ, Inskeep WP (julio de 2015). "Distribución, diversidad e importancia de los intrones del gen ARNr 16S en el orden Thermoproteales". Biology Direct . 10 (35): 35. doi : 10.1186/s13062-015-0065-6 . PMC 4496867 . PMID  26156036. 
  11. ^ Caminante, Sidney P.; Barrett, Mauricio; Hogan, Glenn; Flores Bueso, Yensi; Claesson, Marco J.; Tangney, Mark (1 de octubre de 2020). "La amplificación no específica del ADN humano es un desafío importante para el análisis de la secuencia del gen 16S rRNA". Informes científicos . 10 (1): 16356. doi : 10.1038/s41598-020-73403-7. ISSN  2045-2322. PMC 7529756 . PMID  33004967. 
  12. ^ "Proyecto Microbioma Humano DACC - Página de inicio". www.hmpdacc.org . Archivado desde el original el 30 de octubre de 2010.
  13. ^ ab "Primers, 16S ribosomal DNA - François Lutzoni's Lab". lutzonilab.net . Archivado desde el original el 27 de diciembre de 2012.
  14. ^ ab Eden PA, Schmidt TM, Blakemore RP, Pace NR (abril de 1991). "Análisis filogenético de Aquaspirillum magnetotacticum utilizando ADN específico del ARNr 16S amplificado mediante reacción en cadena de la polimerasa". Revista internacional de bacteriología sistemática . 41 (2): 324–325. doi : 10.1099/00207713-41-2-324 . PMID  1854644.
  15. ^ ab James, Greg (15 de mayo de 2018). "Identificación bacteriana universal mediante PCR y secuenciación de ADN del gen ARNr 16S". PCR para microbiología clínica . Springer, Dordrecht. págs. 209–214. doi :10.1007/978-90-481-9039-3_28. ISBN 978-90-481-9038-6.
  16. ^ ab Weidner S, Arnold W, Puhler A (marzo de 1996). "Diversidad de microorganismos no cultivados asociados con la pradera marina Halophila stipulacea estimada mediante análisis de polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción de genes de ARNr 16S amplificados por PCR" (PDF) . Applied and Environmental Microbiology . 62 (3): 766–771. Bibcode :1996ApEnM..62..766W. doi :10.1128/AEM.62.3.766-771.1996. PMC 167844 . PMID  8975607. Archivado (PDF) desde el original el 2011-07-15. 
  17. ^ Park, Changwoo; Kim, Seung Bum; Choi, Sang Ho; Kim, Seil (2021). "Comparación de la caracterización microbiana basada en el gen ARNr 16S utilizando cinco secuenciadores de próxima generación y varios cebadores". Frontiers in Microbiology . 12 . doi : 10.3389/fmicb.2021.715500 . ISSN  1664-302X. PMC 8552068 . PMID  34721319. 
  18. ^ Eloe-Fadrosh EA, Ivanova NN, Woyke T, Kyrpides NC (febrero de 2016). "La metagenómica descubre lagunas en la detección de la diversidad microbiana basada en amplicones". Nature Microbiology . 1 (4): 15032. doi :10.1038/nmicrobiol.2015.32. OSTI  1379258. PMID  27572438. S2CID  27232975.
  19. ^ Bergmann GT, Bates ST, Eilers KG, Lauber CL, Caporaso JG, Walters WA, et al. (julio de 2011). "El predominio poco reconocido de Verrucomicrobia en las comunidades bacterianas del suelo". Soil Biology & Biochemistry . 43 (7): 1450–1455. Bibcode :2011SBiBi..43.1450B. doi :10.1016/j.soilbio.2011.03.012. PMC 3260529 . PMID  22267877. 
  20. ^ Jiang H, Dong H, Zhang G, Yu B, Chapman LR, Fields MW (junio de 2006). "Diversidad microbiana en el agua y los sedimentos del lago Chaka, un lago atalasohalino en el noroeste de China". Applied and Environmental Microbiology . 72 (6): 3832–3845. Bibcode :2006ApEnM..72.3832J. doi :10.1128/AEM.02869-05. PMC 1489620 . PMID  16751487. 
  21. ^ Pereira F, Carneiro J, Matthiesen R, van Asch B, Pinto N, Gusmão L, Amorim A (diciembre de 2010). "Identificación de especies mediante análisis multiplex de secuencias de longitud variable". Investigación de ácidos nucleicos . 38 (22): e203. doi : 10.1093/nar/gkq865. PMC 3001097 . PMID  20923781. 
  22. ^ Kolbert CP, Persing DH (junio de 1999). "Secuenciación del ADN ribosómico como herramienta para la identificación de patógenos bacterianos". Current Opinion in Microbiology . 2 (3): 299–305. doi :10.1016/S1369-5274(99)80052-6. PMID  10383862.
  23. ^ Clarridge JE (octubre de 2004). "Impacto del análisis de la secuencia del gen ARNr 16S para la identificación de bacterias en microbiología clínica y enfermedades infecciosas". Clinical Microbiology Reviews . 17 (4): 840–62, tabla de contenidos. doi :10.1128/CMR.17.4.840-862.2004. PMC 523561 . PMID  15489351. 
  24. ^ Lu T, Stroot PG, Oerther DB (julio de 2009). "Transcripción inversa de ARNr 16S para monitorear poblaciones bacterianas sintetizadoras de ribosomas en el ambiente". Applied and Environmental Microbiology . 75 (13): 4589–4598. Bibcode :2009ApEnM..75.4589L. doi :10.1128/AEM.02970-08. PMC 2704851 . PMID  19395563. 
  25. ^ Brett PJ, DeShazer D, Woods DE (enero de 1998). "Burkholderia thailandensis sp. nov., una especie similar a Burkholderia pseudomallei". Revista internacional de bacteriología sistemática . 48 Pt 1 (1): 317–320. doi : 10.1099/00207713-48-1-317 . PMID  9542103.
  26. ^ Schmidt TM, Relman DA (1994). "Identificación filogenética de patógenos no cultivados utilizando secuencias de ARN ribosómico" . Patogénesis bacteriana, parte A: identificación y regulación de factores de virulencia . Métodos en enzimología. Vol. 235. págs. 205–222. doi :10.1016/0076-6879(94)35142-2. ISBN . 978-0-12-182136-4. PMID  7520119.
  27. ^ Gray JP, Herwig RP (noviembre de 1996). "Análisis filogenético de las comunidades bacterianas en sedimentos marinos". Applied and Environmental Microbiology . 62 (11): 4049–4059. Bibcode :1996ApEnM..62.4049G. doi :10.1128/AEM.62.11.4049-4059.1996. PMC 168226 . PMID  8899989. 
  28. ^ Sanschagrin S, Yergeau E (agosto de 2014). "Secuenciación de próxima generación de amplicones del gen del ARN ribosomal 16S". Journal of Visualized Experiments (90). doi :10.3791/51709. PMC 4828026. PMID 25226019  . 
  29. ^ Botán, Alexandru; Campisciano, Giuseppina; Zerbato, Verena; Di Bella, Stefano; Simonetti, Omar; Busetti, Marina; Toc, Dan Alexandru; Luzzati, Roberto; Comar, Manola (21/06/2024). "Rendimiento de la secuenciación de próxima generación del gen 16S rRNA y el método de cultivo en la detección de bacterias en muestras clínicas". Diagnóstico . 14 (13): 1318. doi : 10.3390/diagnostics14131318 . ISSN  2075-4418. PMC 11240331 . 
  30. ^ Gray MW, Sankoff D, Cedergren RJ (julio de 1984). "Sobre la descendencia evolutiva de organismos y organelos: una filogenia global basada en un núcleo estructural altamente conservado en el ARN ribosómico de subunidades pequeñas". Nucleic Acids Research . 12 (14): 5837–5852. doi :10.1093/nar/12.14.5837. PMC 320035 . PMID  6462918. 
  31. ^ abcd Yang B, Wang Y, Qian PY (marzo de 2016). "Sensibilidad y correlación de regiones hipervariables en genes de ARNr 16S en análisis filogenético". BMC Bioinformatics . 17 (1): 135. doi : 10.1186/s12859-016-0992-y . PMC 4802574 . PMID  27000765. 
  32. ^ Bartram AK, Lynch MD, Stearns JC, Moreno-Hagelsieb G, Neufeld JD (junio de 2011). "Generación de bibliotecas de genes de ARNr 16S de varios millones de secuencias a partir de comunidades microbianas complejas mediante el ensamblaje de lecturas de Illumina de extremos emparejados". Applied and Environmental Microbiology . 77 (11): 3846–3852. Bibcode :2011ApEnM..77.3846B. doi :10.1128/AEM.02772-10. PMC 3127616 . PMID  21460107. 
  33. ^ ab Burke CM, Darling AE (20 de septiembre de 2016). "Un método para la secuenciación de alta precisión de genes de ARNr 16S de longitud casi completa en un MiSeq de Illumina". PeerJ . 4 : e2492. doi : 10.7717/peerj.2492 . PMC 5036073 . PMID  27688981. 
  34. ^ Van de Peer Y, Chapelle S, De Wachter R (septiembre de 1996). "Un mapa cuantitativo de las tasas de sustitución de nucleótidos en el ARNr bacteriano". Nucleic Acids Research . 24 (17): 3381–3391. doi :10.1093/nar/24.17.3381. PMC 146102 . PMID  8811093. 
  35. ^ abc Větrovský T, Baldrian P (27 de febrero de 2013). "La variabilidad del gen ARNr 16S en genomas bacterianos y sus consecuencias para los análisis de la comunidad bacteriana". PLOS ONE . ​​8 (2): e57923. Bibcode :2013PLoSO...857923V. doi : 10.1371/journal.pone.0057923 . PMC 3583900 . PMID  23460914. 
  36. ^ ab Chakravorty S, Helb D, Burday M, Connell N, Alland D (mayo de 2007). "Un análisis detallado de los segmentos del gen ARN ribosomal 16S para el diagnóstico de bacterias patógenas". Journal of Microbiological Methods . 69 (2): 330–339. doi :10.1016/j.mimet.2007.02.005. PMC 2562909 . PMID  17391789. 
  37. ^ abc Jovel J, Patterson J, Wang W, Hotte N, O'Keefe S, Mitchel T, et al. (1 de enero de 2016). "Caracterización del microbioma intestinal mediante 16S o metagenómica de escopeta". Frontiers in Microbiology . 7 : 459. doi : 10.3389/fmicb.2016.00459 . PMC 4837688 . PMID  27148170. 
  38. ^ Kitahara K, Yasutake Y, Miyazaki K (noviembre de 2012). "Robustez mutacional del ARN ribosomal 16S, demostrada por transferencia horizontal experimental de genes en Escherichia coli". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 109 (47): 19220–19225. Bibcode :2012PNAS..10919220K. doi : 10.1073/pnas.1213609109 . PMC 3511107 . PMID  23112186. 
  39. ^ Tsukuda M, Kitahara K, Miyazaki K (agosto de 2017). "El análisis comparativo de la función del ARN revela una gran similitud funcional entre ARNr 16 S bacterianos distantemente relacionados". Scientific Reports . 7 (1): 9993. Bibcode :2017NatSR...7.9993T. doi :10.1038/s41598-017-10214-3. PMC 5577257 . PMID  28855596. 
  40. ^ Miyazaki K, Tomariguchi N (agosto de 2019). "La presencia de genes funcionales de ARNr 16S recombinados aleatoriamente en Thermus thermophilus sugiere interoperabilidad genética y promiscuidad de los ARNr 16S bacterianos". Scientific Reports . 9 (1): 11233. Bibcode :2019NatSR...911233M. doi :10.1038/s41598-019-47807-z. PMC 6677816 . PMID  31375780. 
  41. ^ Miyazaki, Kentaro; Tomariguchi, Natsuki (2019-08-02). "La presencia de genes funcionales de ARNr 16S recombinados aleatoriamente en Thermus thermophilus sugiere interoperabilidad genética y promiscuidad de los ARNr 16S bacterianos". Scientific Reports . 9 (1): 11233. Bibcode :2019NatSR...911233M. doi :10.1038/s41598-019-47807-z. ISSN  2045-2322. PMC 6677816 . PMID  31375780. 
  42. ^ Yarza P, Yilmaz P, Pruesse E, Glöckner FO, Ludwig W, Schleifer KH, et al. (septiembre de 2014). "Unificación de la clasificación de bacterias y arqueas cultivadas y no cultivadas mediante secuencias del gen 16S rRNA". Nature Reviews. Microbiology . 12 (9): 635–645. doi :10.1038/nrmicro3330. PMID  25118885. S2CID  21895693.
  43. ^ "MIMt - (Pruebas de identificación masiva de metagenómica)". mimt.bu.biopolis.pt . Consultado el 11 de febrero de 2024 .
  44. ^ Yoon, SH, Ha, SM, Kwon, S., Lim, J., Kim, Y., Seo, H. y Chun, J. (2017). Presentación de EzBioCloud: una base de datos taxonómicamente unificada de ARNr 16S y ensamblajes de genoma completo. Int J Syst Evol Microbiol. 67:1613–1617
  45. ^ Larsen N, Olsen GJ, Maidak BL, McCaughey MJ, Overbeek R, Macke TJ, Marsh TL, Woese CR. (1993) El proyecto de base de datos ribosomal. Nucleic Acids Res. 1 de julio;21(13):3021-3.
  46. ^ Allard G, Ryan FJ, Jeffery IB, Claesson MJ (octubre de 2015). "SPINGO: un clasificador rápido de especies para secuencias de amplicones microbianos". BMC Bioinformatics . 16 (1): 324. doi : 10.1186/s12859-015-0747-1 . PMC 4599320 . PMID  26450747. 
  47. ^ Elmar Pruesse, Christian Quast, Katrin Knittel, Bernhard M. Fuchs, Wolfgang Ludwig, Jörg Peplies, Frank Oliver Glöckner (2007) Ácidos nucleicos Res. SILVA: un recurso integral en línea para datos de secuencias de ARN ribosomal alineados y verificados de calidad compatibles con ARB. Diciembre; 35(21): 7188–7196.
  48. ^ DeSantis TZ, Hugenholtz P, Larsen N, Rojas M, Brodie EL, Keller K, et al. (julio de 2006). "Greengenes, una base de datos de genes de ARNr 16S verificada por quimera y un banco de trabajo compatible con ARB". Applied and Environmental Microbiology . 72 (7): 5069–5072. Bibcode :2006ApEnM..72.5069D. doi :10.1128/aem.03006-05. PMC 1489311 . PMID  16820507. 
  49. ^ McDonald D, Price MN, Goodrich J, Nawrocki EP, DeSantis TZ, Probst A, et al. (marzo de 2012). "Una taxonomía mejorada de Greengenes con rangos explícitos para análisis ecológicos y evolutivos de bacterias y arqueas". The ISME Journal . 6 (3): 610–618. Bibcode :2012ISMEJ...6..610M. doi :10.1038/ismej.2011.139. PMC 3280142 . PMID  22134646. 

Enlaces externos