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Base de datos de ARN ribosómico de SILVA

SILVA es una base de datos de ARN ribosómico [1] [2] [3] establecida en colaboración entre el Grupo de Genómica Microbiana del Instituto Max Planck de Microbiología Marina en Bremen, Alemania, el Departamento de Microbiología de la Universidad Técnica de Múnich y Ribocon. [4] [5]

La versión 117 de la base de datos (enero de 2014) contenía más de 4.000.000 de secuencias de subunidades pequeñas (SSU - 16S / 18S ) y 400.000 de secuencias de subunidades grandes (LSU - 23S / 28S ). [6] [ verificación fallida ] Las secuencias se proporcionan como archivos para el entorno de software ARB. [4]

Véase también

Referencias

  1. ^ Christian Quast, Elmar Pruesse, Pelin Yilmaz, Jan Gerken, Timmy Schweer, Pablo Yarza, Jörg Peplies, Frank Oliver Glöckner (2013). Proyecto de base de datos de genes de ARN ribosomal SILVA: procesamiento de datos mejorado y herramientas basadas en la web. Nucleic Acids Research 41 (D1): D590-D596. doi :10.1093/nar/gks1219 [ se necesita una fuente de terceros ]
  2. ^ Pelin Yilmaz; Laura Wegener Parfrey ; Pablo Yarza; Jan Gerken; Elmar Pruesse; Christian Quast; Timmy Schweer; Jörg Peplies; Wolfgang Ludwig; Frank Oliver Glöckner (2014). "Los marcos taxonómicos SILVA y el" All-species Living Tree Project (LTP) ". Investigación de ácidos nucleicos . 42 (D1): D643–D648. doi : 10.1093/nar/gkt1209 . PMC 3965112 . PMID  24293649. 
  3. ^ Elmar Pruesse, Christian Quast, Katrin Knittel, Bernhard M. Fuchs, Wolfgang Ludwig, Jörg Peplies, Frank Oliver Glöckner (2007). SILVA: un recurso en línea completo para datos de secuencias de ARN ribosómico alineadas y de calidad verificada compatibles con ARB. Nucleic Acids Research 35 (21): 7188-7196. doi :10.1093/nar/gkm864 [ se necesita una fuente de terceros ]
  4. ^ ab Silva. Ribocon GmbH. Consultado en noviembre de 2016.
  5. ^ Bioinformática ambiental. Grupo de bioinformática y genómica microbiana, Instituto Max Planck de microbiología marina. Consultado en noviembre de 2016. [ Se necesita una fuente externa ]
  6. ^ Marc P. Hoeppner, Lars E. Barquist, Paul P. Gardner (2014). Introducción a las bases de datos de ARN. Métodos en biología molecular 1097 : 107–123. doi :10.1007/978-1-62703-709-9_6.

Enlaces externos