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A. Murat Eren

A. Murat Eren (Meren) es un científico informático conocido por su trabajo en ecología microbiana y por el desarrollo de nuevas herramientas computacionales de código abierto para el análisis de grandes conjuntos de datos.

Vida temprana y educación

Eren creció en el valle de Barhal en Turquía y estudió criptografía como estudiante de pregrado en Canakkale Onsekiz Mart Universitesi [1], donde obtuvo una licenciatura en 2002. [2] Se mudó a los Estados Unidos y comenzó su doctorado en la Universidad de Nueva Orleans . Mientras trabajaba en el Hospital de Niños de Nueva Orleans, Eren conoció la microbiología gracias a Michael Ferris. En 2011, Eren completó su doctorado; su disertación se tituló Evaluación de la diversidad microbiana a través de la variación de nucleótidos . [3]

Carrera e investigación

La investigación de doctorado de Eren implicó el desarrollo de oligotipado , [4] un método computacional para examinar la diversidad de microorganismos dentro de conjuntos de datos de secuenciación de alto rendimiento. Después de su doctorado, Eren se unió al Laboratorio de Biología Marina como científico postdoctoral, durante el cual aplicó el oligotipado a los microbios que viven en el tracto genitourinario humano, [5] la cavidad oral, [6] [7] y las aguas residuales. [8] En 2015 se unió a la Universidad de Chicago como profesor asistente, [9] donde comenzó a utilizar la metagenómica para investigar la ecología y la evolución de los microbios que se encuentran en el intestino humano, [10] la boca humana, [11] [12] y la superficie del océano. [13] En 2022, Eren fue nombrado profesor de Ciencia de Datos de Ecosistemas en la Universidad de Oldenburg y el Instituto Alfred Wegener de Investigación Polar y Marina . [14]

Eren es un defensor del software de código abierto [9] y lidera el desarrollo comunitario de anvi'o, [15] una plataforma que permite el análisis y la visualización de grandes conjuntos de datos. [16]

Ejemplo de salida del software Anvi'o

Publicaciones seleccionadas

Premios y honores

Referencias

  1. ^ Tarcy, Brian (22 de febrero de 2014). "A. Murat Eren, el pastor de la autoridad en la MBL: la historia única de un científico". Cape Cod Wave . Archivado desde el original el 16 de octubre de 2015. Consultado el 4 de agosto de 2021 .
  2. ^ "A. Murat Eren (Meren), Ph.D." ASM.org . Consultado el 4 de agosto de 2021 .
  3. ^ Eren, Ahmet Murat (mayo de 2011). Evaluación de la diversidad microbiana a través de la variación de nucleótidos (tesis doctoral). Universidad de Nueva Orleans.
  4. ^ Eren, A. Murat; Maignien, Loïs; Sul, Woo Jun; Murphy, Leslie G.; Grim, Sharon L.; Morrison, Hilary G.; Sogin, Mitchell L. (2013). "Oligotipado: diferenciación entre taxones microbianos estrechamente relacionados utilizando datos del gen 16S rRNA". Métodos en ecología y evolución . 4 (12): 1111–1119. doi :10.1111/2041-210X.12114. ISSN  2041-210X. PMC 3864673 . PMID  24358444. 
  5. ^ Eren, A. Murat; Zozaya, Marcela; Taylor, Christopher M.; Dowd, Scot E.; Martin, David H.; Ferris, Michael J. (25 de octubre de 2011). "Explorando la diversidad de Gardnerella vaginalis en la microbiota del tracto genitourinario de parejas monógamas a través de una variación sutil de nucleótidos". PLOS ONE . ​​6 (10): e26732. Bibcode :2011PLoSO...626732E. doi : 10.1371/journal.pone.0026732 . ISSN  1932-6203. PMC 3201972 . PMID  22046340. 
  6. ^ Eren, A. Murat; Borisy, Gary G.; Huse, Susan M.; Mark Welch, Jessica L. (15 de julio de 2014). "Análisis de oligotipificación del microbioma oral humano". Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 111 (28): E2875–E2884. doi : 10.1073/pnas.1409644111 . PMC 4104879 . PMID  24965363. 
  7. ^ Zimmer, Carl (25 de junio de 2014). «El zoológico en la boca». Ciencia . Archivado desde el original el 4 de agosto de 2021 . Consultado el 4 de agosto de 2021 .
  8. ^ "Las aguas residuales permiten comprender el microbioma humano". ScienceDaily . Consultado el 4 de agosto de 2021 .
  9. ^ ab "A. Murat Eren". www.mbl.edu . Consultado el 4 de agosto de 2021 .
  10. ^ Lee, Sonny TM; Kahn, Stacy A.; Delmont, Tom O.; Shaiber, Alon; Esen, Özcan C.; Hubert, Nathaniel A.; Morrison, Hilary G.; Antonopoulos, Dionysios A.; Rubin, David T.; Eren, A. Murat (4 de mayo de 2017). "Seguimiento de la colonización microbiana en experimentos de trasplante de microbiota fecal mediante metagenómica resuelta en el genoma". Microbioma . 5 (1): 50. doi : 10.1186/s40168-017-0270-x . ISSN  2049-2618. PMC 5418705 . PMID  28473000. 
  11. ^ Lim, Joseph (10 de julio de 2021). «Comunidades microbianas». www.panaynews.net . Consultado el 4 de agosto de 2021 .
  12. ^ Shaiber, Alon; Willis, Amy D.; Delmont, Tom O.; Roux, Simon; Chen, Lin-Xing; Schmid, Abigail C.; Yousef, Mahmoud; Watson, Andrea R.; Lolans, Karen; Esen, Özcan C.; Lee, Sonny TM; Downey, Nora; Morrison, Hilary G.; Dewhirst, Floyd E.; Mark Welch, Jessica L.; Eren, A. Murat (16 de diciembre de 2020). "Marcadores funcionales y genéticos de la partición de nichos entre miembros enigmáticos del microbioma oral humano". Biología del genoma . 21 (1): 292. doi : 10.1186/s13059-020-02195-w . ISSN  1474-760X. PMC 7739484 . PMID  33323122. 
  13. ^ "Un estudio a gran escala indica la presencia de nuevos y abundantes microbios fijadores de nitrógeno en la superficie del océano". EurekAlert! . Consultado el 4 de agosto de 2021 .
  14. ^ "A. Murat Eren". uol.de . Consultado el 14 de febrero de 2022 .
  15. ^ "Anvi'o punto org". Anvi'o punto org . Consultado el 14 de febrero de 2022 .
  16. ^ Eren, A. Murat; Kiefl, Evan; Shaiber, Alon; Veseli, Iva; Miller, Samuel E.; Schechter, Matthew S.; Fink, Isaac; Pan, Jessica N.; Yousef, Mahmoud; Fogarty, Emily C.; Trigodet, Florian (2021). "Multiómica integrada, reproducible y liderada por la comunidad con anvi'o". Nature Microbiology . 6 (1): 3–6. doi :10.1038/s41564-020-00834-3. ISSN  2058-5276. PMC 8116326 . PMID  33349678. 
  17. ^ "Tres científicos de la Universidad de Chicago nombrados becarios Sloan 2020 | Noticias de la Universidad de Chicago". news.uchicago.edu . Consultado el 4 de agosto de 2021 .
  18. ^ "A. Murat Eren recibió el premio 2021 de la Sociedad Estadounidense de Microbiología | Microbiología". micro.uchicago.edu . Consultado el 4 de agosto de 2021 .
  19. ^ https://researchparasite.com/#past-recipients

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