PubMed Central ( PMC ) es un repositorio digital gratuito que archiva artículos académicos en texto completo de acceso abierto que se han publicado en revistas biomédicas y de ciencias biológicas . Como una de las principales bases de datos de investigación desarrollada por el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), PubMed Central es más que un depósito de documentos. Los envíos a PMC están indexados y formateados para metadatos mejorados , ontología médica e identificadores únicos que enriquecen los datos estructurados XML de cada artículo. [1] El contenido dentro de PMC se puede vincular a otras bases de datos del NCBI y se puede acceder a él a través de los sistemas de búsqueda y recuperación de Entrez , lo que mejora aún más la capacidad del público para descubrir, leer y aprovechar su conocimiento biomédico. [2]
PubMed Central es distinto de PubMed . [3] PubMed Central es un archivo digital gratuito de artículos completos, accesible para cualquier persona desde cualquier lugar a través de un navegador web (con distintas disposiciones para su reutilización). Por el contrario, aunque PubMed es una base de datos con capacidad de búsqueda de citas y resúmenes biomédicos, el artículo de texto completo se encuentra en otro lugar (impreso o en línea, gratuito o detrás de un muro de pago para suscriptores ).
En diciembre de 2018 [actualizar], el archivo de PMC contenía más de 5,2 millones de artículos, [4] con contribuciones provenientes de editores o autores que depositaron sus manuscritos en el repositorio según la Política de acceso público de los NIH . Datos anteriores muestran que entre enero de 2013 y enero de 2014 los depósitos iniciados por los autores superaron los 103.000 artículos durante un período de 12 meses. [5] PMC identifica alrededor de 4.000 revistas que participan de alguna manera para depositar su contenido publicado en el repositorio de PMC. [6] Algunos editores retrasan la publicación de sus artículos en PubMed Central durante un tiempo determinado después de la publicación, denominado "período de embargo", que va desde unos pocos meses hasta algunos años, dependiendo de la revista. (Los embargos de seis a doce meses son los más comunes.) PubMed Central es un ejemplo clave de "distribución externa sistemática por parte de un tercero", [7] que todavía está prohibida por los acuerdos de colaboración de muchos editores.
PubMed Central comenzó como E-biomed , propuesto inicialmente en mayo de 1999 por el entonces director de los NIH, Harold Varmus . [8] La idea se le ocurrió "bruscamente" en diciembre de 1998, inspirada por el uso inicial de arXiv para preimpresiones después de una presentación de Pat Brown de Stanford y David Lipman , director del NCBI : [9] [10]
Pero mis puntos de vista se ampliaron abruptamente una mañana de diciembre de 1998 cuando me encontré con Pat Brown para tomar un café, en el café que antes era la famosa Tassajara Bakery, en la esquina de Cole y Parnassus, durante una visita a San Francisco. [...] Unas semanas antes de nuestro café, Pat había aprendido sobre los métodos utilizados por el físico Paul Ginsparg y sus colegas en Los Alamos para permitir que físicos y matemáticos compartieran su trabajo entre sí a través de Internet. Estaban publicando "preimpresiones" (artículos aún no enviados ni aceptados para su publicación) en un sitio web de acceso público (llamado LanX o arXiv) para que cualquiera pudiera leerlo y criticarlo. [...] Cuanto más pensaba en esto, más me convencía de que una reestructuración radical de los métodos para publicar, transmitir, almacenar y utilizar informes de investigación biomédica podría ser posible y beneficiosa. Con un espíritu de entusiasmo e inocencia política, escribí un extenso manifiesto proponiendo la creación de un sistema en línea respaldado por los NIH, llamado E-biomed.
El objetivo de E-biomed era proporcionar acceso gratuito a toda la investigación biomédica. Los artículos enviados a E-biomed podrían tomar una de dos rutas: publicarse inmediatamente como preimpresión o mediante un proceso tradicional de revisión por pares . El proceso de revisión por pares debía parecerse a las revistas superpuestas contemporáneas , con un consejo editorial externo que conservaba el control sobre el proceso de revisión, curación y listado de artículos que de otro modo serían de libre acceso en el servidor central de E-biomed. Varmus tenía la intención de hacer realidad las nuevas posibilidades que presenta la comunicación digital de resultados científicos, imaginando una conversación continua sobre trabajos publicados, documentos versionados y formatos enriquecidos "en capas" que permiten múltiples niveles de detalle. [8]
La propuesta de crear un índice central de investigación biomédica supuso un alejamiento radical de las normas editoriales predominantes. Antes de Internet, los índices de publicaciones funcionaban en gran medida como ISBN : asignados por las agencias de registro a editores secundarios. La idea de que cualquiera pudiera poseer su propio espacio de direcciones a través de un nombre de dominio y crear su propio sistema de indexación era una idea completamente nueva. [11] [12] Las principales editoriales comerciales habían comenzado a experimentar con un sistema de indexación de artículos científicos compartidos entre editoriales ya en 1993, y se vieron impulsadas a actuar tras la propuesta de E-biomed. En la Conferencia Anual de Frankfurt de STM de octubre de 1999 , varias editoriales lideradas por Springer-Verlag llegaron a un apresurado consenso en la sala de conferencias para lanzar el prototipo de su competidor: [13]
En la reunión de la junta directiva de la asociación STM, celebrada la tarde del lunes 11 de octubre, antes de la inauguración de la feria el miércoles, la discusión se centró en una iniciativa emergente de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) de EE. UU. llamada E-Biomed (más tarde PubMed Central) que había sido propuesto por Harold Varmus de los Institutos Nacionales de Salud en la primavera de 1999. Varmus imaginó un archivo digital de revistas, accesible de forma gratuita y con el valor añadido de la vinculación de referencias. "Nuestro consenso fue que los editores deberían ser quienes establecieran los enlaces", dijo Bob Campbell, quien presidió la reunión. "Dado que estábamos 'más arriba en la corriente', por así decirlo, deberíamos poder vincular nuestros artículos antes que la NLM como parte del proceso de producción. Luego, Stefan von Holtzbrinck puso en marcha la iniciativa ofreciéndose a vincular las publicaciones de Nature. con nadie más. Decidimos publicar un anuncio de una amplia iniciativa de vinculación de referencias STM. Fue, por supuesto, sólo un movimiento estratégico, ya que no teníamos ni plan ni prototipo."
Un pequeño grupo liderado por Arnoud de Kemp de Springer-Verlag se reunió en una sala adyacente inmediatamente después de la reunión de la Junta Directiva para redactar el anuncio, que se distribuyó a todos los asistentes a la reunión anual de STM al día siguiente y se publicó en una publicación para miembros de STM. [...] El beneficio potencial del servicio que se convertiría en CrossRef fue inmediatamente evidente. Organizaciones como AIP y IOP (Instituto de Física) habían comenzado a vincular sus publicaciones entre sí, y la imposibilidad de replicar acuerdos únicos en toda la industria era obvia. Como dijo más tarde Tim Ingoldsby: "Todos esos acuerdos de vinculación nos iban a matar".
Bajo la presión de un vigoroso lobby de editores comerciales y sociedades científicas que temían pérdida de ganancias, [14] los funcionarios del NIH anunciaron una propuesta revisada de PubMed Central en agosto de 1999. [9] PMC recibiría presentaciones de los editores, en lugar de los autores como en E- biomédico. A las publicaciones se les permitieron límites de pago con restricciones de tiempo de hasta un año. PMC solo permitiría trabajos revisados por pares, no preimpresiones. [15] El entonces anónimo sistema de enlaces dirigido por editores poco después se convirtió en CrossRef y el sistema DOI más grande . Varmus, Brown y otros, incluido Michael Eisen, fundaron la Biblioteca Pública de Ciencias ( PLoS ) en 2001, llegando a la conclusión "de que si realmente queremos cambiar la publicación de la investigación científica, debemos publicarla nosotros mismos". [dieciséis]
Lanzado en febrero de 2000, el repositorio ha crecido rápidamente a medida que la Política de Acceso Público de los NIH está diseñada para hacer que todas las investigaciones financiadas por los Institutos Nacionales de Salud (NIH) sean de libre acceso para cualquier persona y, además, muchos editores están trabajando en cooperación con los NIH. para proporcionar acceso gratuito a sus obras. [ cita necesaria ] A finales de 2007, la Ley de Asignaciones Consolidadas de 2008 (HR 2764) se convirtió en ley e incluyó una disposición que requería que los NIH modificaran sus políticas y exigieran la inclusión en PubMed Central de copias electrónicas completas de sus investigaciones y hallazgos revisados por pares. de una investigación financiada por los NIH. Estos artículos deben incluirse dentro de los 12 meses posteriores a su publicación. Esta es la primera vez que el gobierno de EE. UU. exige que una agencia proporcione acceso abierto a la investigación y es una evolución de la política de 2005, en la que el NIH pidió a los investigadores que agregaran voluntariamente sus investigaciones a PubMed Central. [17]
Wellcome Trust y la Biblioteca Británica han desarrollado una versión británica del sistema PubMed Central, UK PubMed Central (UKPMC) , como parte de un grupo de nueve financiadores de investigación del Reino Unido. Este sistema entró en funcionamiento en enero de 2007. El 1 de noviembre de 2012, se convirtió en Europe PubMed Central . El miembro canadiense de la red PubMed Central International, PubMed Central Canada , se lanzó en octubre de 2009.
El lenguaje de marcado de artículos de revista "NLM Journal Publishing Tag Set" de la Biblioteca Nacional de Medicina está disponible gratuitamente. [18] La Association of Learned and Professional Society Publishers comenta que "es probable que se convierta en el estándar para preparar contenido académico tanto para libros como para revistas". [19] Hay disponible una DTD relacionada para libros. [20] La Biblioteca del Congreso y la Biblioteca Británica han anunciado su apoyo al NLM DTD. [21] También ha sido popular entre los proveedores de servicios de revistas. [22]
Con la publicación de planes de acceso público para muchas agencias más allá de los NIH, PMC está en proceso de convertirse en el depósito de una variedad más amplia de artículos. [23] Esto incluye contenido de la NASA, con la interfaz denominada "PubSpace". [24] [25]
Los editores envían los artículos a PubMed Central en XML o SGML , utilizando una variedad de DTD de artículos . Las editoriales más antiguas y más grandes pueden tener sus propias DTD internas establecidas, pero muchas editoriales utilizan la DTD de NLM Journal Publishing (ver arriba).
Los artículos recibidos se convierten a través de XSLT al muy similar NLM Archiving and Interchange DTD. Este proceso puede revelar errores que se informan al editor para su corrección. Los gráficos también se convierten a formatos y tamaños estándar. Los formularios originales y convertidos se archivan. El formulario convertido se mueve a una base de datos relacional, junto con los archivos asociados para gráficos, multimedia u otros datos asociados. Muchos editores también proporcionan archivos PDF de sus artículos, que están disponibles sin cambios. [26]
Las citas bibliográficas se analizan y vinculan automáticamente a los resúmenes relevantes en PubMed, artículos en PubMed Central y recursos en los sitios web de los editores. Los enlaces de PubMed también conducen a PubMed Central. Las referencias irresolubles, como revistas o artículos particulares que aún no están disponibles en una de estas fuentes, se rastrean en la base de datos y se activan automáticamente cuando los recursos están disponibles.
Un sistema de indexación interno proporciona capacidad de búsqueda y tiene en cuenta la terminología biológica y médica , como nombres de medicamentos genéricos o patentados , y nombres alternativos de organismos, enfermedades y partes anatómicas.
Cuando un usuario accede al número de una revista, se genera automáticamente una tabla de contenidos al recuperar todos los artículos, cartas, editoriales, etc. de ese número. Cuando se llega a un elemento real, como un artículo, PubMed Central convierte el marcado NLM a HTML para su entrega y proporciona enlaces a objetos de datos relacionados. Esto es factible porque la variedad de datos entrantes se ha convertido primero a DTD y formatos gráficos estándar.
En un flujo de envío separado, los autores financiados por los NIH pueden depositar artículos en PubMed Central utilizando el Envío de manuscritos de los NIH (NIHMS). Los artículos así enviados normalmente pasan por el marcado XML para poder convertirse a NLM DTD.
Las reacciones a PubMed Central entre la comunidad editorial académica varían entre un entusiasmo genuino por parte de algunos, [27] y una preocupación cautelosa por parte de otros. [28]
Si bien PMC es un socio bienvenido para los editores de acceso abierto en su capacidad de aumentar el descubrimiento y la difusión del conocimiento biomédico, esa misma verdad hace que otros se preocupen por el desvío del tráfico de la versión publicada del registro , las consecuencias económicas de un menor número de lectores, así como como el efecto sobre el mantenimiento de una comunidad de académicos dentro de las sociedades científicas. [29] [30] Un análisis de 2013 encontró pruebas sólidas de que los repositorios públicos de artículos publicados eran responsables de "ahuyentar a un número significativo de lectores de los sitios web de revistas" y que "el efecto de PMC está creciendo con el tiempo". [31]
Bibliotecas, universidades, partidarios del acceso abierto, grupos de defensa de la salud del consumidor y organizaciones de derechos de los pacientes han aplaudido a PubMed Central y esperan ver repositorios de acceso público similares desarrollados por otras agencias de financiación federal para compartir libremente cualquier publicación de investigación que haya sido resultado del apoyo de los contribuyentes. . [32]
El estudio de Antelman sobre publicaciones en acceso abierto encontró que en filosofía, ciencias políticas, ingeniería eléctrica y electrónica y matemáticas, los artículos en acceso abierto tuvieron un mayor impacto en la investigación. [33] Un ensayo aleatorio encontró un aumento en las descargas de contenido de artículos de acceso abierto, sin ninguna ventaja de citación sobre el acceso por suscripción un año después de la publicación. [34]
La política de los NIH y el trabajo del repositorio de acceso abierto han inspirado una directiva presidencial de 2013 que también ha provocado acciones en otras agencias federales.
En marzo de 2020, PubMed Central aceleró sus procedimientos de depósito del texto completo de las publicaciones sobre coronavirus . La NLM lo hizo a pedido de la Oficina de Política Científica y Tecnológica de la Casa Blanca y de científicos internacionales para mejorar el acceso de científicos, proveedores de atención médica, innovadores de minería de datos , investigadores de atención médica de inteligencia artificial y el público en general. [35]
El PMCID ( identificador de PubMed Central ), también conocido como número de referencia de PMC, es un identificador bibliográfico para la base de datos de acceso abierto PubMed Central, al igual que el PMID es el identificador bibliográfico de la base de datos PubMed . Sin embargo, los dos identificadores son distintos. Consiste en "PMC" seguido de una cadena de números. El formato es: [36]
Los autores que soliciten premios NIH deben incluir el PMCID en su solicitud.
Para respaldar esta iniciativa, la NLM está adaptando sus procedimientos estándar para depositar artículos en PMC para brindar una mayor flexibilidad que garantice que la investigación sobre el coronavirus esté fácilmente disponible.
PMCID (P932) (ver usos )