Tras caer gravemente enferma en 1543, Magdalena confesó una larga carrera de engaños e hipocresía, atribuyendo la mayor parte de las maravillas que se le atribuían a la acción de los demonios por los que se consideraba poseída.
Fue condenada por la Inquisición, en un auto de fe celebrado en Córdoba en 1546, a cadena perpetua en un convento de su orden en Andújar, donde se cree que murió.
[1] Durante las primeras décadas del siglo XVI fue considerada santa y afirmaba estar en comunicación constante e íntima con Dios.
De hecho, en el nacimiento del futuro Felipe II en 1527, «los hábitos de esta monja fueron enviados como un objeto sagrado para que el infante pudiera ser envuelto en ellas y así parecer ser blindado y protegido de los ataques del Diablo».
Sólo en 1546, y después de muchas falsas profecías, visiones y milagros, incluyendo un controvertido embarazo, la Inquisición cordobesa comenzó su investigación, que condujo al auto de fe.