Hija de Peter Long y Anna Theron, estudió con Henri Fissot en el Conservatorio de París, ganando el premier prix en 1891, y privadamente con Antoine Marmontel.
Fue amiga de Gabriel Fauré, Claude Debussy, Pierre Vellones o Maurice Ravel.
Entre sus alumnos destacan Lucette Descaves, Bruno Gelber, Jacques Février, Samson François y Miguel Ángel Estrella.
En 1914 su marido murió en la Primera Guerra Mundial, y Claude Debussy le ofreció que trabajara junto a él, convirtiéndose entonces en una de las figuras que más información aportaría sobre este compositor.
Este compuso Le tombeau de Couperin en honor a sus amigos muertos en batalla, y la última de las piezas que las conforman se la dedicaría Marguerite Long a su marido, Joseph Marliave.