También se involucró en política, asociándose con John Hancock, Samuel Adams y otros líderes del amplio movimiento denominado Hijos de la Libertad.
Fue nombrado presidente del Congreso Provincial de Massachusetts, la posición más alta en el gobierno revolucionario.
Se sabía desde hacía semanas que el General Gage en Boston tenía planes de destruir las municiones almacenadas en Concord por los colonos, y también se sabía que tomarían una ruta a través de Lexington.
Warren se ofreció voluntario para unirse a la lucha como soldado raso en contra de los deseos del general Putnam y el coronel William Prescott, quienes solicitaron que él sirviera como su comandante.
Warren rechazó el comando en la creencia de que Putnam y Prescott tenían más experiencia con la guerra.
Fue asesinado instantáneamente por una bala de mosquete en la cabeza por un oficial británico (posiblemente el teniente Lord Rawdon) que lo reconoció.
[cita requerida] El capitán británico Walter Laurie, que había sido derrotado en Old North Bridge, dijo luego que «metió al sinvergüenza con otro rebelde en un agujero, y allí él y sus principios sediciosos pueden permanecer».
[12] Su cuerpo fue exhumado diez meses después de su muerte por sus hermanos y Paul Revere, quien identificó los restos por el diente artificial que había colocado en la mandíbula.
[cita requerida] Estimuló la causa revolucionaria porque fue visto por muchos estadounidenses como un acto de martirio.
[cita requerida] Hay al menos cuatro estatuas de Joseph Warren en exhibición pública.
Fort Warren en George's Island en el puerto de Boston, comenzado en 1833, fue nombrado en su honor.
En 1840, se construyó la primera escuela Warren en la calle Salem en Charlestown, cerca de Bunker Hill.
La Gran Logia de Massachusetts tiene un premio en su nombre para los masones que han servido a la fraternidad, el país o la humanidad con distinción.
Es el segundo honor más alto conferido por la Gran Logia, solo superado por la medalla Henry Price.
[20] Warren también apareció en los episodios 5 y 9 del programa de televisión animado 2002 Liberty's Kids.