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Ángulo de Bürgi-Dunitz

Los nucleófilos de Bürgi-Dunitz y Flippin-Lodge abordan los ángulos de trayectoria y , por analogía, con los tipos de parámetros de altitud y acimut en el sistema de coordenadas celestes (horizontales) . Tanto en este sistema de coordenadas celestes como en el sistema para describir un nucleófilo que se acerca a un electrófilo plano, el problema es describir de forma única la ubicación de un punto fuera de un plano, en relación con un punto específico en el plano. Por lo tanto, en ambos casos, el problema se puede abordar utilizando dos ángulos, un ángulo de tipo altitud y un ángulo de tipo acimut. Tenga en cuenta que, si bien la elevación en aplicaciones celestes se mide más fácilmente como la altitud específica que se muestra, la elevación del nucleófilo, , se mide más fácilmente como el ángulo suplementario , Nu-CO, por lo que sus valores suelen ser >90° (ver texto y siguiente imagen).

El ángulo de Bürgi-Dunitz (ángulo BD) es uno de los dos ángulos que definen completamente la geometría de "ataque" (aproximación mediante colisión) de un nucleófilo a un centro trigonal insaturado en una molécula , originalmente el centro carbonilo en una cetona orgánica , pero extendiéndose ahora a aldehídos , ésteres y amidas carbonilos, y también a alquenos (olefinas). [1] [2] [3] El ángulo lleva el nombre de los cristalógrafos Hans-Beat Bürgi y Jack D. Dunitz , sus primeros investigadores senior.

En la práctica, los ángulos de Bürgi-Dunitz y Flippin-Lodge fueron fundamentales para el desarrollo de la comprensión de la síntesis química quiral , y específicamente del fenómeno de la inducción asimétrica durante el ataque nucleofílico en los centros carbonílicos obstaculizados (ver Cram-Felkin-Anh y Nguyen [ aclaración necesaria ] modelos). [4] [5]

Además, los principios estereoelectrónicos que subyacen a los nucleófilos que adoptan un rango prohibido de ángulos de Bürgi-Dunitz pueden contribuir a la estabilidad conformacional de las proteínas [6] [7] y se invocan para explicar la estabilidad de conformaciones particulares de moléculas en una hipótesis de origen químico. de vida . [8]

Definición

En la adición de un ataque de nucleófilo (Nu) a un carbonilo, el ángulo BD se define como el ángulo del enlace Nu-CO. El ángulo BD adoptado durante el acercamiento de un nucleófilo a un electrófilo trigonal insaturado depende principalmente de las formas y ocupaciones de los orbitales moleculares (MO) del centro de carbono insaturado (p. ej., centro carbonilo), y sólo secundariamente de los orbitales moleculares del nucleófilo. [1]

De los dos ángulos que definen la geometría del "ataque" nucleofílico, el segundo describe el "desplazamiento" del acercamiento del nucleófilo hacia uno de los dos sustituyentes unidos al carbono carbonilo u otro centro electrófilo, y fue denominado ángulo Flippin-Lodge ( Ángulo FL) de Clayton Heathcock en honor a sus colaboradores Lee A. Flippin y Eric P. Lodge. [4]

Estos ángulos generalmente se interpretan como el ángulo medido o calculado para un sistema determinado, y no el rango de valores históricamente observado para las aminocetonas originales de Bürgi-Dunitz, o un valor idealizado calculado para un sistema particular (como la adición de hidruro al formaldehído , imagen a la izquierda). Es decir, los ángulos BD y FL del sistema hidruro-formadehído producen un par de valores dado, mientras que los ángulos observados para otros sistemas pueden variar en relación con este sistema químico más simple. [1] [3] [9]

Medición

Las mediciones originales de Bürgi-Dunitz fueron de una serie de interacciones intramoleculares amina - cetona carbonilo, en cristales de compuestos que portaban ambas funcionalidades, por ejemplo, metadona y protopina . Estos dieron un rango estrecho de valores de ángulo BD (105 ± 5°); Los cálculos correspondientes ( cálculos de orbitales moleculares del tipo SCF-LCAO) que describen la aproximación del orbital s de un anión hidruro (H ) al sistema pi del aldehído más simple, el formaldehído (H 2 C = O), dieron como resultado un valor de ángulo BD de 107°. [2] [ se necesita fuente no primaria ]

Por lo tanto, Bürgi, Dunitz y posteriormente muchos otros observaron que las mediciones cristalográficas de las aminocetonas y la estimación computacional para el sistema nucleófilo-electrófilo más simple estaban bastante cerca de un ideal teórico, el ángulo tetraédrico (ángulos internos de un tetraedro , 109,5°). , y por lo tanto consistente con una geometría que se entiende que es importante para desarrollar estados de transición en ataques nucleofílicos en centros trigonales. [ cita necesaria ]

En la estructura de la L -metadona (arriba, izquierda), observe la amina terciaria que se proyecta hacia la parte inferior derecha y el grupo carbonilo (C=O) en el centro, que participan en una interacción intramolecular en la estructura cristalina (después de la rotación alrededor los enlaces simples que los conectan, durante el proceso de cristalización ).

De manera similar, en la estructura de la protopina (arriba, centro), observe la amina terciaria en el centro de la molécula, parte de un anillo de diez miembros, y el grupo C=O opuesto en el anillo; estos participan en una interacción intramolecular permitida por cambios en los ángulos de torsión de los átomos del anillo.

Teoría

Adición de hidruro al formaldehído
(Izquierda) Se muestra el ataque nucleofílico del nucleófilo cargado (Nu), anión hidruro, en el centro trigonal insaturado del aldehído electrófilo, formaldehído (R,R'=H). Se indica el valor calculado como óptimo para este sistema, 107°, y es representativo de los valores obtusos observados en la mayoría de los sistemas químicos experimentales.
(Derecha) Caricatura del acercamiento de un orbital molecular ocupado más alto (HOMO) de tipo p de un nucleófilo como el ion cloruro (esfera verde) y el orbital molecular desocupado más bajo (LUMO) del centro trigonal de un carbonilo electrófilo de formaldehído. (esfera negra de carbono, esfera roja de oxígeno, esferas blancas de hidrógeno). La vista es casi lateral y, por simplicidad, se omite la distorsión fuera del plano que se desarrolla en el átomo de carbono del carbonilo.

Se puede considerar que la convergencia de los ángulos BD observados surge de la necesidad de maximizar la superposición entre el orbital molecular ocupado más alto ( HOMO ) del nucleófilo y el orbital molecular desocupado más bajo ( LUMO ) del centro trigonal insaturado del electrófilo. [1] (Ver, en comparación, el concepto de química inorgánica relacionado del modelo de superposición angular. [11] [12] [13] [ página necesaria ] )

En el caso de la adición a un carbonilo, el HOMO es a menudo un orbital de tipo p (por ejemplo, en un nitrógeno de amina o un anión haluro ), y generalmente se entiende que el LUMO es el orbital molecular antienlazante π* perpendicular al plano que contiene el enlace cetona C=O y sus sustituyentes (ver figura arriba a la derecha). Se cree que el ángulo BD observado para el ataque nucleofílico se acerca al ángulo que produciría una superposición óptima entre HOMO y LUMO (basado en el principio de la disminución de las nuevas energías orbitales moleculares resultantes después de dicha mezcla de orbitales de energía y simetría similares de los reactivos participantes). ). Al mismo tiempo, el nucleófilo evita la superposición con otros orbitales del grupo electrófilo que son desfavorables para la formación de enlaces (no evidente en la imagen de la derecha, arriba, debido a la simplicidad de R=R'=H en formaldehído). [ cita necesaria ]

Complicaciones

Interacciones electrostáticas y de Van der Waals.

Para comprender casos de reacciones químicas reales, la visión centrada en HOMO-LUMO se modifica mediante la comprensión de otras interacciones electrostáticas y de Van der Waals , repulsivas y atractivas, complejas, específicas de electrófilos , que alteran el ángulo BD altitudinal y sesgan el ángulo azimutal de Flippin-Lodge. hacia un sustituyente u otro (ver gráfico arriba). [14] [ se necesita fuente no primaria ]

Dinámica lineal y rotacional.

La teoría del ángulo BD se desarrolló basándose en interacciones "congeladas" en cristales donde los impactos de la dinámica en juego en el sistema (por ejemplo, ángulos de torsión que se cambian fácilmente ) pueden ser insignificantes. Sin embargo, gran parte de la química de interés y uso general se lleva a cabo mediante colisiones de moléculas que giran en solución ; en consecuencia, en tales casos se tiene en cuenta la dinámica.

Entornos restringidos en enzimas y nanomateriales.

Además, en entornos de reacción restringidos, como en los sitios de unión de enzimas y nanomateriales, la evidencia preliminar sugiere que los ángulos BD para la reactividad pueden ser bastante distintos, ya que los conceptos de reactividad que suponen superposiciones orbitales durante una colisión aleatoria no son directamente aplicables. [15] [9]

Por ejemplo, el valor BD determinado para la escisión enzimática de una amida mediante una serina proteasa ( subtilisina ) fue de 88°, bastante distinto del valor de hidruro-formaldehído de 107°; Además, la compilación de los valores de ángulo BD cristalográficos de la literatura para la misma reacción mediada por diferentes catalizadores proteicos agrupados a 89 ± 7° (es decir, sólo ligeramente desplazados directamente por encima o por debajo del carbono carbonilo). Al mismo tiempo, el valor FL de subtilisina fue de 8°, y los valores del ángulo FL de la compilación cuidadosa se agruparon en 4 ± 6° (es decir, solo ligeramente desplazados directamente detrás del carbonilo; consulte el artículo sobre el ángulo Flippin-Lodge ). [9] [ se necesita fuente no primaria ]

Ver también

Referencias

  1. ^ abcd Fleming, I. (2010) Orbitales moleculares y reacciones químicas orgánicas: edición de referencia , John Wiley & Sons, págs.
  2. ^ ab Bürgi, H.-B.; Dunitz, JD; Lehn. J.-M.; Wipff, G. (1974). "Estereoquímica de vías de reacción en centros carbonilo". Tetraedro . 30 (12): 1563-1572. doi :10.1016/S0040-4020(01)90678-7.
  3. ^ ab Cieplak, AS (2008) Reacciones orgánicas de adición y eliminación: rutas de transformación de derivados carbonílicos en correlación estructural, vol. 1 (H.-B. Bürgi y JD Dunitz, eds.), Nueva York: John Wiley & Sons, págs. 205–302, esp. 216-218. [doi:10.1002/9783527616091.ch06; ISBN 9783527616091
  4. ^ ab Heathcock, CH (1990) Comprensión y control de la selectividad diastereofacial en reacciones de formación de enlaces carbono-carbono, Aldrichimica Acta 23 (4): 94-111, esp. pag. 101, ver [1], consultado el 9 de junio de 2014.
  5. ^ Gawley, RE y Aube, J. 1996, Principios de síntesis asimétrica (Serie de química orgánica del tetraedro, Vo. 14), págs. 121-130, esp. págs. 127 y sigs.
  6. ^ Bartlett, GJ; Choudhary, A.; Raines, RT; Woolfson, DN (2010). "Interacciones n → π * en proteínas". Nat. Química. Biol . 6 (8): 615–620. doi :10.1038/nchembio.406. PMC 2921280 . PMID  20622857. 
  7. ^ Fufezan, C. (2010). "El papel de las interacciones Buergi-Dunitz en la estabilidad estructural de las proteínas". Proteínas . 78 (13): 2831–2838. doi :10.1002/prot.22800. PMID  20635415. S2CID  41838636.
  8. ^ Choudhary, A.; Kamer, KJ; propietario, MW; Sutherland, JD; Raines, RT (2010). "Un efecto estereoelectrónico en la síntesis de nucleótidos prebióticos". Química ACS. Biol . 5 (7): 655–657. doi :10.1021/cb100093g. PMC 2912435 . PMID  20499895. 
  9. ^ abc Radisky, ES y Koshland, DE (2002), Un mecanismo de canal obstruido para inhibidores de proteasa, Proc. Nacional. Acad. Ciencia. USA , 99 (16):10316-10321, véase [2], consultado el 28 de noviembre de 2014.
  10. ^ Salón, SR; Ahmed, Francia (1968). "La estructura cristalina de la protopina, C 20 H 19 O 5 N". Acta Crystallogr. B . 24 (3): 337–346. doi :10.1107/S0567740868002347.
  11. ^ Hoggard, PE (2004) Parámetros del modelo de superposición angular, Estructura. Vínculo. 106 , 37.
  12. ^ Burdett, JK (1978) Una nueva mirada a la estructura y el enlace en complejos de metales de transición, Adv. Inorg. Química. 21 , 113.
  13. ^ Purcell, KF y Kotz, JC (1979) Química inorgánica , Filadelfia, PA: Saunders Company. [ página necesaria ]
  14. ^ Lodge, EP y Heathcock, CH (1987) Los efectos estéricos, así como las energías orbitales sigma *, son importantes en la diferenciación de diastereofaces, además de los aldehídos quirales, J. Am. Química. Soc. , 109 :3353-3361.
  15. ^ Véase, por ejemplo, Light, SH; Minasov, G.; Duban, M.-E. & Anderson, WF (2014) La adherencia a los principios estereoquímicos de Bürgi-Dunitz requiere reordenamientos estructurales significativos en la formación de bases de Schiff: conocimientos de los complejos de transaldolasa, Acta Crystallogr. D 70 (Pt 2):544-52, DOI: 10.1107/S1399004713030666, ver [3], consultado el 10 de junio de 2014.