Waterstone's ha adquirido desde entonces las librerías Ottakars, después de convertirse ella misma en una filial del grupo HMV en 1998.Desde 2003, Waterstone's financia Dyslexia Action UK como organización benéfica para promover la comprensión y el entendimiento de la dislexia.En 1989, W H Smith compró acciones en la cadena, y Tim Waterstone se lo vendió en 1993.En 1998, Smiths vendió la cadena por £300(junto con el patrimonio neto de la empresa Advent International) a HMV Media (ahora HMV), una nueva empresa en la cual EMI era un accionista importante y que ya poseía la cadena rival Dillons.En 1999 la mayoría de tiendas Dillons fueron rebautizadas como Waterstone's y otras, vendidas a su rival Ottakar's.En 2006, Tim Waterstone intentó recomprar su empresa a HMV, pero más tarde retiró su oferta."[8] Waterstone fue la primera librería en el Reino Unido que empezó a vender el primer Sony Reader en septiembre de 2008.En agosto del año 2008, Waterstone´s absorbió ocho tiendas Books etc de la cadena Borders UK incrementando así su presencia en Londres.[17] A las tiendas de Fleet Street, London Wall, Holborn, Wandsworth, Uxbridge, Finchley y Canary Wharf se les cambió la marca fusionándolas con la cadena Waterstone´s.[20] La organización Christian Voice (UK) había descrito el libro como "obsceno y blasfemo" y comentaron que "el mero hecho de saber que estábamos en camino, ha sido suficiente para infundir el miedo a Dios en nuestros adversarios.[21] Sin embargo, otras fuentes sugerían que fue debido a un artículo publicado por The Bookseller en el que se daba publicidad negativa a la actuación del nuevo "Book Hub" como centro neurálgico de distribución.
