Es cuando aparece el cuarto álbum de estudio del dúo Niun Niggung, lanzado por Domino Records el 2000 y en donde los instrumentos en vivo comienzan a tener mayor protagonismo.
En ambos álbumes se ve incrementada la presencia de voces, principalmente las del baterista que los acompaña en la gira Dodo Nkishi.
En sus presentaciones en vivo, en Mouse on Mars normalmente tocan tres músicos, con Toma y St.
Por la misma época, el dúo coprodujo el álbum Time Pie de Yamo, el nuevo proyecto del ex Kraftwerk Wolfgang Flür.
Werner ha lanzado un proyecto solista bajo el nombre Lithops, y trabaja junto a Markus Popp en el grupo Oval.