Desde temprana edad, Juan empezó a interesarse por los cómics y por la creación de los mismos.
Dicho interés fue progresando y abarcando también a las películas de animación.
En 1996 funda, junto con otros tres artistas, la compañía Tridente Animation.
Durante este periodo conoció a Juanjo Guarnido, con quien Canales decidió crear cómics basados en un investigador privado, Blacksad.
Tras ponerse en contacto con varios editores, Guarnido y Canales llegaron a firmar un acuerdo con la editorial francesa Dargaud, y en noviembre de 2000 se publicó Quelque part entre les ombres (Algún lugar entre las sombras).