Esta institución es de iniciativa y gestión privada: fue fundada por José Ignacio Pardo de Santayana en 1977, quien lo dirige y además preside la Fundación Zoo de Santillana, entidad que gestiona los programas de conservación, investigación y educación ambiental desde 2007.
Se encuentra en el municipio de Santillana del Mar, a la entrada de Santillana por la carretera de Puente San Miguel.
Fue abierto en 1977 por José Ignacio Pardo de Santayana, su propietario y director y su esposa Maribel Angulo.
Su directora es Andrea González Pardo de Santayana desde 2020.
Más de 2000 animales de 450 especies diferentes pueden verse en este zoológico y muchas de ellas se han reproducido con éxito.