Durante muchos años, Zinjibar consistió en un centro de comercio establecido con el Lejano Oriente.

[1]​ Sin embargo, en 1163, la ciudad fue quemada y destruida por Abdel Nabi Ali Mahdi Yoosuf.

En mayo de 2011, militantes islamitas tomaron la ciudad durante la Revolución yemení.

[4]​ También recuperaron la ciudad vecina de Jaʿār, 15 kilómetros al norte.

Además, sufrió bombardeos por parte de la intervención militar aprobada por Hadi.