De hecho, en las novelas ligeras se menciona numerosas veces que Kyon describe su piel literalmente como "blanca".
También se describe en ella una omnipresente aura de misterio por poder caminar silenciosamente, con lo que logra sorprender a Kyon cuando estudia en la biblioteca.
Vive sola en el mismo complejo de apartamentos que Ryoko Asakura, en la habitación 708.
Solía usar gafas inicialmente, pero se rompieron en su enfrentamiento contra Asakura; y si bien pensó en crear otros nuevos, Kyon le dijo que estaba mejor sin ellos por lo que a partir de ese momento deja de usarlos.
La primera vez que luce ropa diferente al uniforme es cuando la Brigada SOS se va de vacaciones a una isla remota.
Yuki Nagato es introvertida y estoica, prefiriendo el lenguaje corporal simple en vez de hablar.
En todo caso habla muy raramente, y suele ser siempre dirigida a Kyon o Haruhi.
Esta Yuki es buena amiga de Ryoko Asakura y varios indicios apuntan a que le gusta Kyon.
En palabras de Haruhi, es "La típica chica silenciosa y misteriosa" otro estereotipo según ella indispensable.
En la película amateur producida por la Brigada SOS, Yuki interpretó a la antagonista principal del filme, una bruja malvada alienígena.
Yuki reveló haber sido la responsable del mundo en el que se encontró Kyon, donde Ryoko, Yuki, Mikuru, Itsuki y Haruhi eran todos humanos normales (es decir, que no existían ni la Agencia, ni la Entidad de Integración de Datos ni la facción del futuro), y los dos últimos nunca asistieron a la Preparatoria Norte, por lo que no existía la Brigada SOS.