Unida al continente hasta el final de la última glaciación, allí se desarrollaron las famosas estructuras que, en tiempos actuales, son todavía objeto de polémica.
La mayoría de las Islas Sakishima cayeron bajo control del Reino de Ryūkyū a finales del siglo XV.
Yonaguni, sin embargo, se mantuvo independiente hasta 1522.
En el siglo XVII (1609), fue anexada al feudo japonés de Satsuma.
El artista puertorriqueño Bad Bunny lanzó un sencillo titulado Yonaguni.