En 1991, la un poco obsoleta XT 600Z Ténéré fue reemplazada por la enfriada por agua Yamaha XTZ 660, la cual ya no tuvo las mismas capacidades off-road que su predecesora.

En los años en que estuvo en producción se fabricaron 600 diferentes variantes de la motocicleta que, sin embargo, en la mayoría de los casos solo fueron cambios estéticos.

Debido a la demanda, la XT 600 K, la cual tenía arranque de pedal pero que era estructuralmente idéntica a la XT 600 E, fue introducida en el mercado; la serie se fabricó hasta 1995.

Debido a reglas anticontaminantes más estrictas, la potencia de la XT 600 E, que se había convertido en el único modelo disponible, se redujo 4 kW hasta 29 kW (38,9 caballos), y se volvió a poner el tacómetro.

La fiabilidad de la XT no se vio comprometida, ya que motocicletas con kilometrajes mayores a 100.000km sin necesidad de abrir el motor son comunes.