La caja de cambios tiene cinco marchas y el motor está disponible en todas las velocidades con un consumo medio cercano a 7 l/100 km.El diseño del carenado varió ligeramente con la integración de las luces intermitentes frontales y nuevos colores disponibles.Se agregó un diente al piñón fuera de la caja, lo que permitía "estirar" un poco más el motor (2.7%).La parte trasera vio cómo el sillín y el diseño del carenado cambiaban para recibir un aspecto más agresivo.Finalmente, el ABS se hizo compatible con el sistema UBS (Unified Brake System), un dispositivo de frenado gestionado por una centralita electrónica.Este proceso permite que la motocicleta se asiente correctamente al limitar la transferencia de masas durante el frenado.La FJR 1300 logró una amplia cuota de mercado entre diversas administraciones públicas, atraídas por el rendimiento del motor y especialmente por los contenidos precios que ofrecía Yamaha frente al líder de este mercado, BMW.
La FJR 1300 equipa en particular a la gendarmería nacional y a la policía nacional francesa
FJR1300A de la Policía Belga
FJR1300 de la
Royal Marechaussee
neerlandesa
Policía de St George en el Parque Nacional Zion (
Utah
)