La trayectoria del Yagüe fue tradicionalmente en las categorías regionales hasta que en 1987 consiguió el ascenso a la Tercera División iniciando una etapa, que duró hasta 1996, de conjunto ascensor que se movió entre el grupo XV de Tercera y la Regional Preferente.
Posteriormente, tras 10 temporadas consecutivas en la Regional Preferente de La Rioja, ascendió de categoría para vivir cuatro años seguidos en Tercera División, para volver a convertirse en un equipo ascensor.
Desde el año 2017 hasta 2023, el equipo logró su mejor racha histórica de temporadas seguidas en Tercera División, renombrada a Tercera Federación en 2021.
El Yagüe actualmente disputa sus partidos en el campo de fútbol El Salvador situado las afueras del barrio, que fue inaugurado en 2010.
Anteriormente el equipo ha jugado en el viejo campo de fútbol El Salvador (1983-2004) y La Estrella (2004-2010).