Se localiza entre los paralelos 18°10′ y 19°6′ latitud Norte y los meridianos 87°33′ y 88°5′ longitud Oeste colindando al Norte con la Reserva de la Biosfera de Sian Ka’an, al Este con el mar Caribe, al Sur con la frontera México-Belice y al Oeste con la Bahía de Chetumal.
[8] La península de Xcalak está formada por rocas sedimentarias marinas de carbonato autigenico y anhidritas, cuyo origen corresponde al Mioceno y Plioceno, mientras que la plataforma continental data del Holoceno.
El agua pluvial se absorbe rápidamente, el escurrimiento es nulo y la evaporación es máxima debido a la elevada temperatura, sin embargo se verifica una circulación hídrica subterránea con dirección NW-SE, aflorando en una serie de cavernas de diversas dimensiones.
[6][9] El tipo de clima en la zona corresponde a un cálido subhúmedo, con lluvias en verano y parte del invierno.
Los tipos de vegetación corresponden a selva media subcaducifolia, selva media subperennifolia, selva baja inundable, manglar y algunas asociaciones como peténes, tuláres, duna costera, pantanos y tasitales[6].