[1]​ William Whewell es especialmente conocido por su investigación en el campo de la historia de la ciencia (History of the Inductive Sciences, 1837) y la filosofía de la ciencia (Philosophy of the Inductive Sciences, 1840).

Desde una óptica neokantiana y tomando como modelo a la física newtoniana, Whewell considera que el método científico se sustenta en la "confluencia de inducciones".

El avance del conocimiento científico depende de la adecuación progresiva entre los hechos y las ideas que los ponen en conexión.

Las ideas, para Whewell, son los conceptos genéricos de espacio, tiempo y causa y otros propios de algunas ciencias: "afinidad electiva", en química; "fuerza vital", en biología, y "tipo natural", en taxonomía.

Su concepción de la relación entre forma y función orgánica correspondió con la teoría del diseño inteligente, a cuya divulgación colaboró activamente al ser elegido para la redacción de uno de los ocho Bridgewater Treatises.