Dada su experiencia como ingeniero militar, en 1977 el presidente Jimmy Carter le ofreció en bandeja la entrada en el Departamento de Defensa, donde iría trepando puestos como sevicial fontanero.

Tras mes y medio sin ser capaz de encontrar un sustituto a Les Aspin, el presidente Clinton terminó ofreciendo el puesto a William Perry, que era en esos momentos el número dos del Departamento de Defensa.

Tenía gran experiencia en temas de Seguridad Nacional, tanto en la industria como en el Gobierno, y siempre contó con el apoyo de la industria militar a la que había estado tan unido.

Las discusiones sobre los recortes que estaban previstos en el presupuesto militar para el periodo 1995-2000 habían sido en gran parte el motivo por el que la autoridad del anterior Secretario de Defensa, Les Aspin, había sido minada.

Pero cualquier asignación suplementaria para la defensa sería cubierta recortando programas de gastos internos.

UU. en Somalia, que tantos problemas le acarreó a Les Aspin, había finalizado en marzo de 1994.

Una Junta Militar encabezada por Raoul Cédras había derrocado en 1991 al presidente Jean-Bertrand Aristide.

En el extremo opuesto, el Departamento de Estado, presionó al presidente para que diera el visto bueno a la intervención militar.

La reunión, llevada con gran sigilo, desató los rumores de una inminente intervención militar.

De vuelta tras una fugaz visita a Ruanda, William Perry reunió a sus más estrechos colaboradores y pidió audiencia urgente con el presidente Clinton para dejarle caer las serias reticencias de su departamento.

En febrero de 1996 las tropas norteamericanas abandonaron Haití y tanto la administración Clinton, como William Perry en particular como jefe del Pentágono, pudieron apuntarse la actuación en el país antillano como un éxito.