Posteriormente McLellin rompió relaciones con el fundador del movimiento, Joseph Smith.

Entre 1832 y 1833, McLellin sirvió en una misión para la iglesia, viajando con Parley P. Pratt.

Sin embargo, en una revelación a Joseph Smith el 8 de marzo de 1833, se dijo que el Señor «no estoy contento con mi siervo William E.

[4]​ McLellin, quien fue entrenado como maestro de escuela, fue seleccionado por los críticos para el desafío.

Según la historia de Smith, McLellin no pudo producir un texto creíble, y la controversia se extinguió.

McLellin pidió a David Whitmer que asumiera la presidencia, aseverando que Whitmer había sido ordenado por Smith como su sucesor el 8 de julio de 1834.

McLellin también estuvo brevemente asociado con el movimiento liderado por James J. Strang, y más estrechamente asociado en las últimas dos décadas de su vida con el movimiento dirigido por Granville Hedrick.

Debido a que era una persona destacada en la iglesia primitiva, estos diarios y cuadernos fueron de gran interés para los historiadores SUD.

[9]​ A raíz de estos crímenes, la iglesia SUD descubrió que los escritos de McLellin ya estaban en su propia posesión, los que habían sido adquiridos y olvidados en 1908.