Ese mismo año fue nombrado Primer Consejero y director general de las Indias Orientales Neerladesas.

Por lo general, tales solicitudes no estaban permitidas, por temor a que los gobernadores retirados interfirieran con el trabajo de sus sucesores.

Sin embargo, debido a que estaba enfermo y tenía más de 70 años, le permitieron quedarse.

Como la VOC no reconoció a su hijo como sucesor, estalló una larga guerra justo antes de que Van Outhoorn dejara el cargo.

La corrupción y el nepotismo, en los que también estuvo involucrado, se hicieron más flagrantes durante su tiempo.

Su yerno Joan van Hoorn, casado con su hija Susanna, lo sucedió en el cargo de gobernador general.